9nw9

CA117v2v8 Fab bound to HLA-E-RL9HIV

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 137.5 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E

Homo sapiens

UniProt P13747

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–295 未记录 Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) CA117v2v8 heavy chain × 1 CA117v2v8 light chain × 1 RL9HIV peptide × 1 (P03366) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M magnesium chloride, 20% PEG 3350 分辨率 2.30 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 28 个其他 PDB 条目、57 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HLAE_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–275; UniProt 22–295

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–119 片段:UNP residues 21-119 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) CA117v2v8 heavy chain × 1 CA117v2v8 light chain × 1 RL9HIV peptide × 1 (P03366) X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M magnesium chloride, 20% PEG 3350 分辨率 2.30 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1313 个其他 PDB 条目、1998 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B2MG_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–100; UniProt 21–119

RL9HIV peptide

物种未注明

UniProt P03366

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 P; UniProt 275–283 未记录 HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 (P13747) Beta-2-microglobulin × 1 (P61769) CA117v2v8 heavy chain × 1 CA117v2v8 light chain × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M magnesium chloride, 20% PEG 3350 分辨率 2.30 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 383 个其他 PDB 条目、469 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 POL_HV1B1
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 P; PDB构建体 1–9; UniProt 275–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9nw9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9nw9
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9nw9
沉积日期 deposition_date2025-03-21
最后修订 last_revision2026-03-25
结构标题 titleCA117v2v8 Fab bound to HLA-E-RL9HIV
关键词 keywordsHLA-E, antibody, NKG2a, CD94, HIV-1, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier38.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron38.84
零角强度 I(0) i0132109000.00
分子量 molecular_weight90686.0 kDa
排除体积 excluded_volume112540 ų
包络体积 envelope_volume151760 ų
水化壳体积 shell_volume36456 ų
包络直径 envelope_diameter143.7
壳层 Rg shell_rg39.21
包络 Rg envelope_rg39.27
形状 Rg shape_rg38.81
总 Rg total_rg38.98
总原子数 total_atoms6395
残基数 n_residues803
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax137.5
Rg (实空间) rg_real38.93
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.77
I(0) (实空间) i0_real1.3210e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal38.46
I(0) (倒空间) i0_reciprocal132000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7430
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary33.5
偏度 Skewness skewness0.705
峰度 Kurtosis kurtosis-0.096
角度范围 angular_range— – 0.2050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha13600000.0000
实空间数据点数 n_real_points42
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.520; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.521; Smooth: 0.575

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)