SAXSdb — 9o5s

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o5s
沉积日期 deposition_date	2025-04-10
结构标题 title	minibinder-antigen complex BXMart1-3-MART1-HLA*A02
关键词 keywords	minibinder, pMHC, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.85 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.16 Å
零角强度 I(0) i0	1226900000.00
分子量 molecular_weight	281090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	347840 Å³
包络体积 envelope_volume	489950 Å³
水化壳体积 shell_volume	87636 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.9 Å
壳层 Rg shell_rg	52.61 Å
包络 Rg envelope_rg	43.98 Å
形状 Rg shape_rg	45.13 Å
总 Rg total_rg	45.54 Å
总原子数 total_atoms	19810
残基数 n_residues	2416
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	144.4 Å
Rg (实空间) rg_real	45.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2270e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9620e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1227000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8809
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.137
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.372
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	68180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.885; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.959; Smooth: 0.834

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain
分子量 formula_weight	32256.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,H,L
原子数 atom_count	20183

MGSHSMRYFFTSVSRPGRGEPRFIAVGYVDDTQFVRFDSDAASQRMEPRAPWIEQEGPEYWDGETRKVKAHSQTHRVDLGTLRGYYNQSEAGSHTVQRMYGCDVGSDWRFLRGYHQYAYDGKDYIALKEDLRSWTAADMAAQTTKHKWEAAHVAEQLRAYLEGTCVEWLRRYLENGKETLQRTDAPKTHMTHHAVSDHEATLRCWALSFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGQEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWEPSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11748.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,I,M

IQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Melanoma antigen recognized by T-cells 1
分子量 formula_weight	985.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,E,J,N

ELAGIGILTV

Entity 4 polymer

描述 description	antibody AD01
分子量 formula_weight	12593.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,F,K,O

EVKLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGSIFSINTMGWYRQTPGKQRDLVADISSGGSTKYGDSVKGRFTISRDNTKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCYGLSYSNDDYWGQGTQVTVSSG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	BXMart1-3 minibinder
分子量 formula_weight	12120.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S,T

DPLKRLTELALEALRDEPHVPPEDRPLVTLLQIALNLAINVVVNRRHLGRTDPEHDRKLLEELEEIRKLPREEAEKRLEELIERLEEENEKLAEEEVKQFRS

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	45

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	291

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.955 Å
晶胞边长 b length_b	95.863 Å
晶胞边长 c length_c	99.133 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.72 °
晶胞夹角 β angle_beta	69.93 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	73.90 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.270 Å
最低分辨率 resolution_low	48.120 Å
R 因子 r_factor	0.2073
R_work r_work	0.2069
R_free r_free	0.2342

fit	/app/data/saxs_computation/o5/9o5s/9o5s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o5/9o5s/9o5s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o5/9o5s/9o5s.dat

minibinder-antigen complex BXMart1-3-MART1-HLA*A02

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)