SAXSdb — 9o6k

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9o6k
沉积日期 deposition_date	2025-04-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of AMT1-AMT7-AMTP1-AMTP2 complex
关键词 keywords	6mA methyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.86 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.25 Å
零角强度 I(0) i0	111005000.00
分子量 molecular_weight	83012.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103710 Å³
包络体积 envelope_volume	151160 Å³
水化壳体积 shell_volume	37732 Å³
包络直径 envelope_diameter	109.5 Å
壳层 Rg shell_rg	40.01 Å
包络 Rg envelope_rg	33.20 Å
形状 Rg shape_rg	34.24 Å
总 Rg total_rg	34.77 Å
总原子数 total_atoms	5847
残基数 n_residues	755
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.5 Å
Rg (实空间) rg_real	34.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1100e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7550e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	111000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8965
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	50.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.121
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.679
角度范围 angular_range	— – 0.2250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17260000.0000
实空间数据点数 n_real_points	46
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.914; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.922

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	AMT7
分子量 formula_weight	52083.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5847

MGAPKKQEQEPIRLSTRTASKKVDYLQLSNGKLEDFFDDLEEDNKPARNRSRSKKRGRKPLKKADSRSKTPSRVSNARGRSKSLGPRKTYPRKKNLSPDNQLSLLLKWRNDKIPLKSASETDNKCKVVNVKNIFKSDLSKYGANLQALFINALWKVKSRKEKEGLNINDLSNLKIPLSLMKNGILFIWSEKEILGQIVEIMEQKGFTYIENFSIMFLGLNKCLQSINHKDEDSQNSTASTNNTNNEAITSDLTLKDTSKFSDQIQDNHSEDSDQARKQQTPDDITQKKNKLLKKSSVPSIQKLFEEDPVQTPSVNKPIEKSIEQVTQEKKFVMNNLDILKSTDINNLFLRNNYPYFKKTRHTLLMFRRIGDKNQKLELRHQRTSDVVFEVTDEQDPSKVDTMMKEYVYQMIETLLPKAQFIPGVDKHLKMMELFASTDNYRPGWISVIEK

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	mRNA m(6)A methyltransferase
分子量 formula_weight	42696.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.348
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSKAVNKKGLRPRKSDSILDHIKNKLDQEFLEDNENGEQSDEDYDQKSLNKAKKPYKKRQTQNGSELVISQQKTKAKASANNKKSAKNSQKLDEEEKIVEEEDLSPQKNGAVSEDDQQQEASTQEDDYLDRLPKSKKGLQGLLQDIEKRILHYKQLFFKEQNEIANGKRSMVPDNSIPICSDVTKLNFQALIDAQMRHAGKMFDVIMMDPPWQLSSSQPSRGVAIAYDSLSDEKIQNMPIQSLQQDGFIFVWAINAKYRVTIKMIENWGYKLVDEITWVKKTVNGKIAKGHGFYLQHAKESCLIGVKGDVDNGRFKKNIASDVIFSERRGQSQKPEEIYQYINQLCPNGNYLEIFARRNNLHDNWVSIGNEL

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Myb-like domain-containing protein
分子量 formula_weight	41602.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSLKKGKFQHNQSKSLWNYTLSPGWREEEVKILKSALQLFGIGKWKKIMESGCLPGKSIGQIYMQTQRLLGQQSLGDFMGLQIDLEAVFNQNMKKQDVLRKNNCIINTGDNPTKEERKRRIEQNRKIYGLSAKQIAEIKLPKVKKHAPQYMTLEDIENEKFTNLEILTHLYNLKAEIVRRLAEQGETIAQPSIIKSLNNLNHNLEQNQNSNSSTETKVTLEQSGKKKYKVLAIEETELQNGPIATNSQKKSINGKRKNNRKINSDSEGNEEDISLEDIDSQESEINSEEIVEDDEEDEQIEEPSKIKKRKKNPEQESEEDDIEEDQEEDELVVNEEEIFEDDDDDEDNQDSSEDDDDDED

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 4 polymer

描述 description	AMTP2
分子量 formula_weight	16612.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MKKNGKSQNQPLDFTQYAKNMRKDLSNQDICLEDGALNHSYFLTKKGQYWTPLNQKALQRGIELFGVGNWKEINYDEFSGKANIVELELRTCMILGINDITEYYGKKISEEEQEEIKKSNIAKGKKENKLKDNIYQKLQQMQ

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 5 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE
分子量 formula_weight	384.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.59 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	66922

fit	/app/data/saxs_computation/o6/9o6k/9o6k.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o6/9o6k/9o6k.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o6/9o6k/9o6k.dat

Cryo-EM structure of AMT1-AMT7-AMTP1-AMTP2 complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)