9ofr

CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN IGA1 FC FRAGMENT-FC-ALPHA RECEPTOR (CD89) COMPLEX

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 168.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant alpha 1

Homo sapiens

UniProt P01876

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 123–335 链 B; UniProt 123–335 片段:FC fragment, UNP residues 123-335 Immunoglobulin alpha Fc receptor × 2 (P24071) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;294 K;0.15M sodium chloride 0.1M Tris-HCl pH 8.0 8% PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.264
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 123–335 链 G; UniProt 123–335 片段:FC fragment, UNP residues 123-335 Immunoglobulin alpha Fc receptor × 2 (P24071) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;294 K;0.15M sodium chloride 0.1M Tris-HCl pH 8.0 8% PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 14 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IGHA1_HUMAN
Isoform P01876-1
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–214; UniProt 123–335 作者链 B; PDB构建体 2–214; UniProt 123–335 作者链 E; PDB构建体 2–214; UniProt 123–335 作者链 G; PDB构建体 2–214; UniProt 123–335

Immunoglobulin alpha Fc receptor

Homo sapiens

UniProt P24071

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 1 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 22–216 链 D; UniProt 22–216 未记录 Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant alpha 1 × 2 (P01876) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;294 K;0.15M sodium chloride 0.1M Tris-HCl pH 8.0 8% PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.264
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 22–216 链 H; UniProt 22–216 未记录 Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant alpha 1 × 2 (P01876) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;294 K;0.15M sodium chloride 0.1M Tris-HCl pH 8.0 8% PEG 6000 分辨率 2.65 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FCAR_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–195; UniProt 22–216 作者链 D; PDB构建体 1–195; UniProt 22–216 作者链 F; PDB构建体 1–195; UniProt 22–216 作者链 H; PDB构建体 1–195; UniProt 22–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9ofr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9ofr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9ofr
沉积日期 deposition_date2025-04-30
最后修订 last_revision2026-05-06
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN IGA1 FC FRAGMENT-FC-ALPHA RECEPTOR (CD89) COMPLEX
关键词 keywordsIMMUNOGLOBULIN, IGA1, IMMUNE SYSTEM, IMMUNOGLOBULIN-LIKE BETA SANDWICH, FC FRAGMENT, FC ALPHA RECEPTOR, CD89; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron48.08
零角强度 I(0) i0497249000.00
分子量 molecular_weight183350.0 kDa
排除体积 excluded_volume229520 ų
包络体积 envelope_volume354710 ų
水化壳体积 shell_volume64993 ų
包络直径 envelope_diameter181.0
壳层 Rg shell_rg48.16
包络 Rg envelope_rg47.34
形状 Rg shape_rg48.10
总 Rg total_rg48.05
总原子数 total_atoms12908
残基数 n_residues1624
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax168.5
Rg (实空间) rg_real48.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.90
I(0) (实空间) i0_real4.9720e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0110e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.94
I(0) (倒空间) i0_reciprocal497100000.0000
解质量估计 total_estimate0.8515
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary56.2
偏度 Skewness skewness0.458
峰度 Kurtosis kurtosis0.044
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha20280000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.735; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.860

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)