9ohd

CryoEM structure of Toxin B (TcdB) from clostridioides difficile complexed with methyl cholate

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 195.7 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Toxin B

Clostridioides difficile

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–2366	未记录	A1CBA methyl cholate × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8；200 micromolar of methyl cholate was added before freezing. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE；30s preblot incubation on grid. 2-3s blot time.	分辨率 2.87 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9OHD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BVL Crystal structure of the catalytic domain of toxin B from Clostridium difficile in complex with UDP, Glc and manganese ion 提交 2005-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–542（542 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-543	突变：YES	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1 TBR HEXATANTALUM DODECABROMIDE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.20 Å R-free 0.244
2BVM Crystal structure of the catalytic domain of toxin B from Clostridium difficile in complex with UDP, Glc and manganese ion 提交 2005-06-30	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–541（541 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 1-541	突变：YES	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.50	分辨率 2.55 Å R-free 0.245
4NC2 Crystal structure of TcdB-B1 bound to B39 VHH 提交 2013-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2248–2366（119 aa）片段：UNP residues 2248-2366	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；295 K；0.86 M Sodium citrate, pH 6.7, 0.6 M TMAO, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.50 Å R-free 0.229
4NP4 Clostridium difficile toxin B CROP domain in complex with FAB domains of neutralizing antibody bezlotoxumab 提交 2013-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1834–2099（266 aa）片段：CROP domain(UNP residues 1834-2099)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；277 K；4% PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 277K	分辨率 2.89 Å R-free 0.232
5UQM Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain in complex with U2F 提交 2017-02-08	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–543（543 aa）片段：residues 1-543	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 U2F URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；0.1 M MES, 0.2 ammonium sulfate, PEG 8k 16-34%	分辨率 2.03 Å R-free 0.228
5UQN Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain in complex with U2F 提交 2017-02-08	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–543（543 aa）片段：residues 1-543	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 U2F URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-2-DEOXY-2-FLUORO-ALPHA-D-GLUCOSE × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；0.1 M MES, 0.2 M ammonium sulfate, PEG 8k 16-34%	分辨率 2.06 Å R-free 0.234
5UQT Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain co-crystallized with apigenin 提交 2017-02-08	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–543（543 aa）片段：residues 1-543	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M HEPES pH 7.5-8.5, 0.2 M Mg(CH3CHOO)2, PEG 3350 5-25%	分辨率 2.75 Å R-free 0.236
5UQT Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase domain co-crystallized with apigenin 提交 2017-02-08	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–543（543 aa）片段：residues 1-543	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 AGI 5,7-dihydroxy-2-(4-hydroxyphenyl)-4H-chromen-4-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1 M HEPES pH 7.5-8.5, 0.2 M Mg(CH3CHOO)2, PEG 3350 5-25%	分辨率 2.75 Å R-free 0.236
6AR6 Clostridioides difficile toxinB with DLD-4 darpin 提交 2017-08-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–1799（1796 aa）链 A 1834–2099（266 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 9.00 Å
6OQ8 Structure of the GTD domain of Clostridium difficile toxin B in complex with VHH 7F 提交 2019-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–542（542 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Tris, pH 8.8, 0.4 M ammonium sulfate, and 24% PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.220
6OQ8 Structure of the GTD domain of Clostridium difficile toxin B in complex with VHH 7F 提交 2019-04-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–542（542 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1M Tris, pH 8.8, 0.4 M ammonium sulfate, and 24% PEG 3350	分辨率 2.20 Å R-free 0.220
7LOU Crystal structure of Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase in complex with UDP and isofagomine 提交 2021-02-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–543（542 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IFM 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Ammonium phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.82 Å R-free 0.252
7LOU Crystal structure of Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase in complex with UDP and isofagomine 提交 2021-02-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–543（542 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 IFM 5-HYDROXYMETHYL-3,4-DIHYDROXYPIPERIDINE × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；200 mM Ammonium phosphate monobasic, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350	分辨率 1.82 Å R-free 0.252
7LOV Crystal structure of Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase in complex with UDP and noeuromycin 提交 2021-02-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–545（544 aa）	未记录	NOY (2R,3S,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-2,3,4-TRIOL × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 3 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；85 mM Sodium Citrate pH 5.6, 170 mM Ammonium Acetate, 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 %(v/v) Glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
7LOV Crystal structure of Clostridium difficile Toxin B (TcdB) glucosyltransferase in complex with UDP and noeuromycin 提交 2021-02-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–545（544 aa）	未记录	NOY (2R,3S,4R,5R)-5-(HYDROXYMETHYL)PIPERIDINE-2,3,4-TRIOL × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 2 MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；295 K；85 mM Sodium Citrate pH 5.6, 170 mM Ammonium Acetate, 25.5 % (w/v) PEG 4000, 15 %(v/v) Glycerol	分辨率 2.50 Å R-free 0.248
7ML7 Structural basis for CSPG4 as a receptor for TcdB and a therapeutic target in Clostridioides difficile infection 提交 2021-04-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1967（1967 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.17 Å
7N8X Partial C. difficile TcdB and CSPG4 fragment 提交 2021-06-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 374–1876（1503 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7N95 state 1 of TcdB and FZD2 at pH5 提交 2021-06-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7N97 State 2 of TcdB and FZD2 at pH5 提交 2021-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–2366（2365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.10 Å
7N9Q State 3 of TcdB and FZD2 at pH5 提交 2021-06-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–2366（2365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7N9R state 4 of TcdB and FZD2 at pH5 提交 2021-06-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.90 Å
7N9S TcdB and frizzled-2 CRD complex 提交 2021-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–2366（2365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.10 Å
7N9Y Full-length TcdB and CSPG4 (401-560) complex 提交 2021-06-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–2366（2365 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
7S0Y Structures of TcdB in complex with Cdc42 提交 2021-08-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–540（540 aa）	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 11 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；0.1 M sodium cacodylate (pH 6.6), 2.4 M ammonium sulfate, and 2.5% (v/v) Jeffamine M-600 (pH 7.0)	分辨率 2.79 Å R-free 0.259
7SO5 Novel structural insights for a pair of monoclonal antibodies recognizing non-overlapping epitopes of the glucosyltransferase domain of Clostridium difficile toxin B 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 3–543（541 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1 M TRIS pH 8.2 and 39% polyethylene glycol 400	分辨率 1.80 Å R-free 0.223
7SO7 Novel structural insights for a pair of monoclonal antibodies recognizing non-overlapping epitopes of the glucosyltransferase domain of Clostridium difficile toxin B 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–538（538 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Na cacodylate, 0.2M CaCl2, 40% PEG400	分辨率 3.59 Å R-free 0.258
7SO7 Novel structural insights for a pair of monoclonal antibodies recognizing non-overlapping epitopes of the glucosyltransferase domain of Clostridium difficile toxin B 提交 2021-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–538（538 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Na cacodylate, 0.2M CaCl2, 40% PEG400	分辨率 3.59 Å R-free 0.258
8QEN cryo-EM structure of apo Clostridioides difficile toxin B 提交 2023-09-01	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；100 mM TRIS-HCl pH 7.5 200 mM NaCl 0.002% LMNG 0.0002% CHS 0.0002% GDN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
8QEO cryo-EM structure complex of Frizzled-7 and Clostridioides difficile toxin B 提交 2023-09-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；100 mM TRIS-HCl pH 7.5 200 mM NaCl 0.002% LMNG 0.0002% CHS 0.0002% GDN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.26 Å
8Y2L The Crystal Structure of Glucosyltransferase TcdB from Clostridioides difficile 提交 2024-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–543（542 aa）链 B 2–543（542 aa）链 C 2–543（542 aa）	突变：Y59C, E244G, S452A 突变：Y59C, E244G, S452A 突变：Y59C, E244G, S452A	MN MANGANESE (II) ION × 3 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.01M RbCl, 0.01M SrAc2, 0.01M CsAc, 0.01M BaAc2, 0.1M BES, TEA pH7.5, 12.5% PEG4,000, 20% 1,2,6- Hexanetriol	分辨率 3.95 Å R-free 0.300
8Y9B TcdB1 in complex with mini-binder 提交 2024-02-06	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–2366（2366 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9BJA C. difficile Tcdb cysteine protease domain in complex with IP6 提交 2024-04-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 544–797（254 aa）片段：Cysteine protease domain 链 B 544–797（254 aa）片段：Cysteine protease domain	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；295 K；0.1 M Tris HCl, pH 8.2, 36% (w/v) PEG2000 monomethyl ether	分辨率 2.10 Å R-free 0.257
9CM5 CryoEM Strucuture of TcdB in complex with De Novo Minibinder fzd48 提交 2024-07-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2100（2100 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.61 Å
9MF4 De novo designed minibinder complexed with Clostridioides difficile Toxin B 提交 2024-12-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30s preblot incubation on grid. 2-3s blot time.	分辨率 3.02 Å
9NFU CryoEM Structure of De Novo Antibody Fragment scFv 6 with C. difficile Toxin B (TcdB) 提交 2025-02-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–2100（2100 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；150 mM NaCl, 40 mM Tris/ HCl pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
9OHC CryoEM structure of Toxin B (TcdB) from clostridioides difficile complexed with taurochenodeoxycholic acid (TCDCA) 提交 2025-05-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	TUD TAUROCHENODEOXYCHOLIC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；500 micromolar of TCDCA was added before freezing. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30s preblot incubation on grid. 2-3s blot time.	分辨率 3.28 Å
9OHE CryoEM structure of apo Toxin B (TcdB) from Clostridioides difficile in the closed CROP state 提交 2025-05-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；4% DMSO was added before freezing. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30s preblot incubation on grid. 2-3s blot time.	分辨率 3.59 Å
9OHF CryoEM structure of apo Toxin B (TcdB) from Clostridioides difficile in the open CROP state 提交 2025-05-04	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–2366（2366 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；4% DMSO was added before freezing. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；30s preblot incubation on grid. 2-3s blot time.	分辨率 3.19 Å

共 33 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TCDB_CLODI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–2366； UniProt 1–2366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ohd
沉积日期 deposition_date	2025-05-04
结构标题 title	CryoEM structure of Toxin B (TcdB) from clostridioides difficile complexed with methyl cholate
关键词 keywords	clostridioides difficile, Toxin B, TcdB, Bile acid, methyl cholate, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.14 Å
零角强度 I(0) i0	996440000.00
分子量 molecular_weight	270780.0 kDa
排除体积 excluded_volume	340840 Å³
包络体积 envelope_volume	519960 Å³
水化壳体积 shell_volume	74900 Å³
包络直径 envelope_diameter	208.2 Å
壳层 Rg shell_rg	54.61 Å
包络 Rg envelope_rg	62.41 Å
形状 Rg shape_rg	61.78 Å
总 Rg total_rg	63.20 Å
总原子数 total_atoms	37632
残基数 n_residues	2366
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	195.7 Å
Rg (实空间) rg_real	62.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.90 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.9640e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2610e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	60.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	993600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	47.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.538
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.544
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	57720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.895; Smooth: 0.005

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Toxin B
分子量 formula_weight	270767.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	37632

MSLVNRKQLEKMANVRFRTQEDEYVAILDALEEYHNMSENTVVEKYLKLKDINSLTDIYIDTYKKSGRNKALKKFKEYLVTEVLELKNNNLTPVEKNLHFVWIGGQINDTAINYINQWKDVNSDYNVNVFYDSNAFLINTLKKTVVESAINDTLESFRENLNDPRFDYNKFFRKRMEIIYDKQKNFINYYKAQREENPELIIDDIVKTYLSNEYSKEIDELNTYIEESLNKITQNSGNDVRNFEEFKNGESFNLYEQELVERWNLAAASDILRISALKEIGGMYLDVDMLPGIQPDLFESIEKPSSVTVDFWEMTKLEAIMKYKEYIPEYTSEHFDMLDEEVQSSFESVLASKSDKSEIFSSLGDMEASPLEVKIAFNSKGIINQGLISVKDSYCSNLIVKQIENRYKILNNSLNPAISEDNDFNTTTNTFIDSIMAEANADNGRFMMELGKYLRVGFFPDVKTTINLSGPEAYAAAYQDLLMFKEGSMNIHLIEADLRNFEISKTNISQSTEQEMASLWSFDDARAKAQFEEYKRNYFEGSLGEDDNLDFSQNIVVDKEYLLEKISSLARSSERGYIHYIVQLQGDKISYEAACNLFAKTPYDSVLFQKNIEDSEIAYYYNPGDGEIQEIDKYKIPSIISDRPKIKLTFIGHGKDEFNTDIFAGFDVDSLSTEIEAAIDLAKEDISPKSIEINLLGCNMFSYSINVEETYPGKLLLKVKDKISELMPSISQDSIIVSANQYEVRINSEGRRELLDHSGEWINKEESIIKDISSKEYISFNPKENKITVKSKNLPELSTLLQEIRNNSNSSDIELEEKVMLTECEINVISNIDTQIVEERIEEAKNLTSDSINYIKDEFKLIESISDALCDLKQQNELEDSHFISFEDISETDEGFSIRFINKETGESIFVETEKTIFSEYANHITEEISKIKGTIFDTVNGKLVKKVNLDTTHEVNTLNAAFFIQSLIEYNSSKESLSNLSVAMKVQVYAQLFSTGLNTITDAAKVVELVSTALDETIDLLPTLSEGLPIIATIIDGVSLGAAIKELSETSDPLLRQEIEAKIGIMAVNLTTATTAIITSSLGIASGFSILLVPLAGISAGIPSLVNNELVLRDKATKVVDYFKHVSLVETEGVFTLLDDKIMMPQDDLVISEIDFNNNSIVLGKCEIWRMEGGSGHTVTDDIDHFFSAPSITYREPHLSIYDVLEVQKEELDLSKDLMVLPNAPNRVFAWETGWTPGLRSLENDGTKLLDRIRDNYEGEFYWRYFAFIADALITTLKPRYEDTNIRINLDSNTRSFIVPIITTEYIREKLSYSFYGSGGTYALSLSQYNMGINIELSESDVWIIDVDNVVRDVTIESDKIKKGDLIEGILSTLSIEENKIILNSHEINFSGEVNGSNGFVSLTFSILEGINAIIEVDLLSKSYKLLISGELKILMLNSNHIQQKIDYIGFNSELQKNIPYSFVDSEGKENGFINGSTKEGLFVSELPDVVLISKVYMDDSKPSFGYYSNNLKDVKVITKDNVNILTGYYLKDDIKISLSLTLQDEKTIKLNSVHLDESGVAEILKFMNRKGNTNTSDSLMSFLESMNIKSIFVNFLQSNIKFILDANFIISGTTSIGQFEFICDENDNIQPYFIKFNTLETNYTLYVGNRQNMIVEPNYDLDDSGDISSTVINFSQKYLYGIDSCVNKVVISPNIYTDEINITPVYETNNTYPEVIVLDANYINEKINVNINDLSIRYVWSNDGNDFILMSTSEENKVSQVKIRFVNVFKDKTLANKLSFNFSDKQDVPVSEIILSFTPSYYEDGLIGYDLGLVSLYNEKFYINNFGMMVSGLIYINDSLYYFKPPVNNLITGFVTVGDDKYYFNPINGGAASIGETIIDDKNYYFNQSGVLQTGVFSTEDGFKYFAPANTLDENLEGEAIDFTGKLIIDENIYYFDDNYRGAVEWKELDGEMHYFSPETGKAFKGLNQIGDYKYYFNSDGVMQKGFVSINDNKHYFDDSGVMKVGYTEIDGKHFYFAENGEMQIGVFNTEDGFKYFAHHNEDLGNEEGEEISYSGILNFNNKIYYFDDSFTAVVGWKDLEDGSKYYFDEDTAEAYIGLSLINDGQYYFNDDGIMQVGFVTINDKVFYFSDSGIIESGVQNIDDNYFYIDDNGIVQIGVFDTSDGYKYFAPANTVNDNIYGQAVEYSGLVRVGEDVYYFGETYTIETGWIYDMENESDKYYFNPETKKACKGINLIDDIKYYFDEKGIMRTGLISFENNNYYFNENGEMQFGYINIEDKMFYFGEDGVMQIGVFNTPDGFKYFAHQNTLDENFEGESINYTGWLDLDEKRYYFTDEYIAATGSVIIDGEEYYFDPDTAQLVISEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1496
宿主生物 host_organism	Priestia megaterium

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	methyl cholate
分子量 formula_weight	422.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.87 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	339310

fit	/app/data/saxs_computation/oh/9ohd/9ohd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oh/9ohd/9ohd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oh/9ohd/9ohd.dat