SAXSdb — 9oir

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P2X purinoceptor 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–471 链 B； UniProt 1–471 链 C； UniProt 1–471	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9OIR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9DDV Cryo-EM structure of the human P2X2 receptor in the apo closed state 提交 2024-08-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.71 Å
9DDW Cryo-EM structure of the human P2X2 receptor in conformation I of the ATP-bound desensitized state 提交 2024-08-28	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.49 Å
9DDX Cryo-EM structure of the human P2X2 receptor in conformation II of the ATP-bound desensitized state 提交 2024-08-28	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 43–361（319 aa）链 B 43–361（319 aa）链 C 43–361（319 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.55 Å
9OGH Human P2X2 apo structure in lipid nanodiscs 提交 2025-04-30	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 POV (2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate × 24 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å
9OHK Human P2X2 receptor channel in lipid nanodiscs with 0.5mM Suramin 提交 2025-05-05	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 SVR 8,8'-[CARBONYLBIS[IMINO-3,1-PHENYLENECARBONYLIMINO(4-METHYL-3,1-PHENYLENE)CARBONYLIMINO]]BIS-1,3,5-NAPHTHALENETRISULFON IC ACID × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9OJK The open state structure of human P2X2 receptor channel in lipid nanodiscs with free ATP and sodium 提交 2025-05-07	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9OM0 The pre-desensitized state structure of human P2X2 receptor channel in lipid nanodiscs with free ATP and sodium 提交 2025-05-13	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å
9OMR The desensitized state structure of human P2X2 receptor channel in lipid nanodiscs with free ATP and sodium 提交 2025-05-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
9ON5 The pre-open state 1 structure of human P2X2 receptor channel in lipid nanodiscs with free ATP and sodium 提交 2025-05-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9ON6 The pre-open state 2 structure of human P2X2 receptor channel in lipid nanodiscs with free ATP and sodium 提交 2025-05-14	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.60 Å
9UWW Cryo-EM structure of the human P2X2 receptor in the apo closed state 提交 2025-05-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PG8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-[PHOSPHO-RAC-(1-GLYCEROL) × 3 NA SODIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.19 Å
9UWX Cryo-EM structure of the human P2X2 receptor in the ATP-bound open state 提交 2025-05-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.41 Å
9UWY Cryo-EM structure of the human P2X2 receptor in the ATP-bound desensitised state 提交 2025-05-13	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–471（471 aa）链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.48 Å
9UX1 Cryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor - class 1 (1:2) 提交 2025-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.98 Å
9UX2 Cryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor - class 2 (2:1) 提交 2025-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.73 Å
9UX3 Cryo-EM structure of the human P2X2/3 heteromer receptor bound to AF-219 提交 2025-05-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–471（471 aa）链 C 1–471（471 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 AF9 5-[2,4-bis(azanyl)pyrimidin-5-yl]oxy-2-methoxy-4-propan-2-yl-benzenesulfonamide × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.64 Å
9Z32 The structure of short splice variant (Q9UBL9-2) of human P2X2 receptor channel in lipid nanodiscs with Mg-ATP 提交 2025-11-05	构建体不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–404（404 aa）链 B 1–404（404 aa）链 C 1–404（404 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.83 Å

共 17 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	P2RX2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 B； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471 作者链 C； PDB构建体 1–471； UniProt 1–471

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oir
沉积日期 deposition_date	2025-05-06
结构标题 title	Human P2X2 receptor channel in detergent with residual ATP
关键词 keywords	ATP-gated ion channel, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.65 Å
零角强度 I(0) i0	190594000.00
分子量 molecular_weight	111850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	140590 Å³
包络体积 envelope_volume	193040 Å³
水化壳体积 shell_volume	48475 Å³
包络直径 envelope_diameter	119.5 Å
壳层 Rg shell_rg	39.50 Å
包络 Rg envelope_rg	34.31 Å
形状 Rg shape_rg	33.60 Å
总 Rg total_rg	34.29 Å
总原子数 total_atoms	7869
残基数 n_residues	978
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.7 Å
Rg (实空间) rg_real	33.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9480e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	190600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8611
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.500
峰度 Kurtosis kurtosis	0.042
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30940000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.777; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.867

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	P2X purinoceptor 2
分子量 formula_weight	51815.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,B
原子数 atom_count	7869

MAAAQPKYPAGATARRLARGCWSALWDYETPKVIVVRNRRLGVLYRAVQLLILLYFVWYVFIVQKSYQESETGPESSIITKVKGITTSEHKVWDVEEYVKPPEGGSVFSIITRVEATHSQTQGTCPESIRVHNATCLSDADCVAGELDMLGNGLRTGRCVPYYQGPSKTCEVFGWCPVEDGASVSQFLGTMAPNFTILIKNSIHYPKFHFSKGNIADRTDGYLKRCTFHEASDLYCPIFKLGFIVEKAGESFTELAHKGGVIGVIINWDCDLDLPASECNPKYSFRRLDPKHVPASSGYNFRFAKYYKINGTTTRTLIKAYGIRIDVIVHGQAGKFSLIPTIINLATALTSVGVGSFLCDWILLTFMNKNKVYSHKKFDKVCTPSHPSGSWPVTLARVLGQAPPEPGHRSEDQHPSPPSGQEGQQGAECGPAFPPLRPCPISAPSEQMVDTPASEPAQASTPTDPKGLAQL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	189160

fit	/app/data/saxs_computation/oi/9oir/9oir.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oi/9oir/9oir.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oi/9oir/9oir.dat

Human P2X2 receptor channel in detergent with residual ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

P2X purinoceptor 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D