9owx

Structure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in complex with the precursor tRNA with loop-back 5' leader (sub-conformation 1 of tRNA anticodon arm tilted)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 151.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease P protein component

Geobacillus stearothermophilus

UniProt A0A150N245

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–RNA 单体 蛋白 × 1 RNA 2 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 1–115 未记录 RNase P RNA (417-MER) × 1 precursor RNA (108-MER) × 1 CALCIUM ION × 27 ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 27 个其他 PDB 条目、27 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 A0A150N245_GEOSE
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–116; UniProt 1–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9owx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9owx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9owx
沉积日期 deposition_date2025-06-02
结构标题 titleStructure of Geobacillus stearothermophilus RNase P holoenzyme in complex with the precursor tRNA with loop-back 5' leader (sub-conformation 1 of tRNA anticodon arm tilted)
关键词 keywordsribozyme, RNA, RNase P., RNA-Hydrolase complex; RNA/Hydrolase
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.65
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.50
零角强度 I(0) i01434820000.00
分子量 molecular_weight185120.0 kDa
排除体积 excluded_volume177360 ų
包络体积 envelope_volume303390 ų
水化壳体积 shell_volume59630 ų
包络直径 envelope_diameter162.7
壳层 Rg shell_rg46.37
包络 Rg envelope_rg44.04
形状 Rg shape_rg44.49
总 Rg total_rg44.56
总原子数 total_atoms12229
残基数 n_residues641
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax151.8
Rg (实空间) rg_real44.73
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.33
I(0) (实空间) i0_real1.4350e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.7620e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.65
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1435000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6431
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.7
偏度 Skewness skewness0.390
峰度 Kurtosis kurtosis-0.226
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha41000000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.865; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.010; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.752

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)