SAXSdb — 9oxe

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 3 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–1443	未记录	;pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 ; × 1 （Q9C0J8） Isoform 2 of Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 × 1 （O95639） ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPAPAP*C)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9OXE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6BLY Cryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33 complex at 3.36A resolution 提交 2017-11-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；25 mM Tris-HCl, pH 7.9, 380 mM NaCl, 5mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
6BM0 Cryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33 complex at 3.8 A resolution 提交 2017-11-12	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；25 mM Tris-HCl, pH 7.9, 300 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6DNH Cryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33-CPSF-30-PAS RNA complex at 3.4 A resolution 提交 2018-06-06	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；25 mM Tris-HCl, pH 7.9, 380 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6F9N CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CPSF160-WDR33 COMPLEX 提交 2017-12-14	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；11% w/v PEG3400 37.5 mM Ammonium Formate 112.5 mM Magnesium Formate	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
6FUW Cryo-EM structure of the human CPSF160-WDR33-CPSF30 complex bound to the PAS AAUAAA motif at 3.1 Angstrom resolution 提交 2018-02-28	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；15 seconds wait time prior to blotting	分辨率 3.07 Å
6URG Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-CPSF100 PIM complex 提交 2019-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6URO Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS RNA-CstF77 complex 提交 2019-10-23	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8E3I CRYO-EM STRUCTURE OF the human MPSF IN COMPLEX WITH THE AUUAAA poly(A) signal 提交 2022-08-17	实验环境不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris (pH 8.0), 150 mM NaCl, and 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8E3Q CRYO-EM STRUCTURE OF the human MPSF 提交 2022-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris (pH 8.0), 150 mM NaCl, and 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
8R8R Cryo-EM structure of the human mPSF with PAPOA C-terminus peptide (PAPOAc) 提交 2023-11-29	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.79 Å
9OXS CRYO-EM STRUCTURE OF the human mPSF IN COMPLEX WITH THE AAUAAU poly(A) signal 提交 2025-06-04	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
9T3X cryo-EM structure of CPSF160-WDR33-ZC3H18 提交 2025-10-30	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–1443（1443 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 5mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.10 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPSF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1443； UniProt 1–1443

;pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 ;

Homo sapiens

UniProt Q9C0J8

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 3 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 2–572	未记录	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 × 1 （Q10570） Isoform 2 of Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4 × 1 （O95639） ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPAPAP*C)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9OXE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6BLY Cryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33 complex at 3.36A resolution 提交 2017-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–572（572 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；25 mM Tris-HCl, pH 7.9, 380 mM NaCl, 5mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.36 Å
6BM0 Cryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33 complex at 3.8 A resolution 提交 2017-11-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–572（572 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；25 mM Tris-HCl, pH 7.9, 300 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6DNH Cryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33-CPSF-30-PAS RNA complex at 3.4 A resolution 提交 2018-06-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–572（572 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；25 mM Tris-HCl, pH 7.9, 380 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6F9N CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN CPSF160-WDR33 COMPLEX 提交 2017-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 35–410（376 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；11% w/v PEG3400 37.5 mM Ammonium Formate 112.5 mM Magnesium Formate	分辨率 2.50 Å R-free 0.263
6FUW Cryo-EM structure of the human CPSF160-WDR33-CPSF30 complex bound to the PAS AAUAAA motif at 3.1 Angstrom resolution 提交 2018-02-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–410（410 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；15 seconds wait time prior to blotting	分辨率 3.07 Å
6URG Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-CPSF100 PIM complex 提交 2019-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–572（572 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6URO Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS RNA-CstF77 complex 提交 2019-10-23	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 B 1–572（572 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8E3I CRYO-EM STRUCTURE OF the human MPSF IN COMPLEX WITH THE AUUAAA poly(A) signal 提交 2022-08-17	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–572（572 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris (pH 8.0), 150 mM NaCl, and 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8E3Q CRYO-EM STRUCTURE OF the human MPSF 提交 2022-08-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–572（572 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris (pH 8.0), 150 mM NaCl, and 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
8R8R Cryo-EM structure of the human mPSF with PAPOA C-terminus peptide (PAPOAc) 提交 2023-11-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 B 1–413（413 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.79 Å
9OXS CRYO-EM STRUCTURE OF the human mPSF IN COMPLEX WITH THE AAUAAU poly(A) signal 提交 2025-06-04	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 B 2–572（571 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
9T3X cryo-EM structure of CPSF160-WDR33-ZC3H18 提交 2025-10-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–413（413 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES pH 7.5, 150mM NaCl, 5mM MgCl2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.10 Å

共 12 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	WDR33_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–574； UniProt 2–572

Isoform 2 of Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4

Homo sapiens

UniProt O95639

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 3 RNA 1 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 1–244	未记录	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1 × 1 （Q10570） ;pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 ; × 1 （Q9C0J8） ;RNA (5'-R(PAPGPUPAPAPAP*C)-3') ; × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9OXE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2D9N Solution structure of CCCH type zinc-finger domain 2 in Cleavage and polyadenylation specificity factor 提交 2005-12-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 61–126（66 aa）片段：CCCH-type zinc finger motif	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient NMR样品组成 20mM d-Tris-HCl(pH7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 50uM ZnCl2+1mM IDA, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RHK Crystal structure of influenza A NS1A protein in complex with F2F3 fragment of human cellular factor CPSF30, Northeast Structural Genomics Targets OR8C and HR6309A 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 61–121（61 aa）片段：F2F3 Zinc-binding domains (UNP residues 61-121) 链 D 61–121（61 aa）片段：F2F3 Zinc-binding domains (UNP residues 61-121)	突变：P94S 突变：P94S	NO3 NITRATE ION × 5 ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；0.5 M KNO3, 10% sucroes, 0.1M sodium acitate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K, pH 5.50	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
2RHK Crystal structure of influenza A NS1A protein in complex with F2F3 fragment of human cellular factor CPSF30, Northeast Structural Genomics Targets OR8C and HR6309A 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 61–121（61 aa）片段：F2F3 Zinc-binding domains (UNP residues 61-121) 链 D 61–121（61 aa）片段：F2F3 Zinc-binding domains (UNP residues 61-121)	突变：P94S 突变：P94S	NO3 NITRATE ION × 9 ZN ZINC ION × 6 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；0.5 M KNO3, 10% sucroes, 0.1M sodium acitate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K, pH 5.50	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
2RHK Crystal structure of influenza A NS1A protein in complex with F2F3 fragment of human cellular factor CPSF30, Northeast Structural Genomics Targets OR8C and HR6309A 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 61–121（61 aa）片段：F2F3 Zinc-binding domains (UNP residues 61-121) 链 D 61–121（61 aa）片段：F2F3 Zinc-binding domains (UNP residues 61-121)	突变：P94S 突变：P94S	NO3 NITRATE ION × 5 ZN ZINC ION × 4 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；0.5 M KNO3, 10% sucroes, 0.1M sodium acitate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K, pH 5.50	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
2RHK Crystal structure of influenza A NS1A protein in complex with F2F3 fragment of human cellular factor CPSF30, Northeast Structural Genomics Targets OR8C and HR6309A 提交 2007-10-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 61–121（61 aa）片段：F2F3 Zinc-binding domains (UNP residues 61-121)	突变：P94S	NO3 NITRATE ION × 4 ZN ZINC ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；293 K；0.5 M KNO3, 10% sucroes, 0.1M sodium acitate, pH 5.5, EVAPORATION, temperature 293K, pH 5.50	分辨率 1.95 Å R-free 0.234
6DNH Cryo-EM structure of human CPSF-160-WDR33-CPSF-30-PAS RNA complex at 3.4 A resolution 提交 2018-06-06	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–244（244 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；25 mM Tris-HCl, pH 7.9, 380 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
6FUW Cryo-EM structure of the human CPSF160-WDR33-CPSF30 complex bound to the PAS AAUAAA motif at 3.1 Angstrom resolution 提交 2018-02-28	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–178（178 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；15 seconds wait time prior to blotting	分辨率 3.07 Å
6URG Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-CPSF100 PIM complex 提交 2019-10-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–244（244 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
6URO Cryo-EM structure of human CPSF160-WDR33-CPSF30-PAS RNA-CstF77 complex 提交 2019-10-23	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric	链 C 1–244（244 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7ZYH Crystal structure of human CPSF30 in complex with hFip1 提交 2022-05-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 118–178（61 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；1.626 M (NH4)SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
7ZYH Crystal structure of human CPSF30 in complex with hFip1 提交 2022-05-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 118–178（61 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；1.626 M (NH4)SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
7ZYH Crystal structure of human CPSF30 in complex with hFip1 提交 2022-05-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 118–178（61 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；1.626 M (NH4)SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
7ZYH Crystal structure of human CPSF30 in complex with hFip1 提交 2022-05-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 118–178（61 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292.15 K；1.626 M (NH4)SO4, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
8E3I CRYO-EM STRUCTURE OF the human MPSF IN COMPLEX WITH THE AUUAAA poly(A) signal 提交 2022-08-17	实验环境不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–244（244 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris (pH 8.0), 150 mM NaCl, and 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.53 Å
8E3Q CRYO-EM STRUCTURE OF the human MPSF 提交 2022-08-17	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–244（244 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8；25 mM Tris (pH 8.0), 150 mM NaCl, and 5 mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.68 Å
8R8R Cryo-EM structure of the human mPSF with PAPOA C-terminus peptide (PAPOAc) 提交 2023-11-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 C 2–244（243 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 2.79 Å
9OXS CRYO-EM STRUCTURE OF the human mPSF IN COMPLEX WITH THE AAUAAU poly(A) signal 提交 2025-06-04	结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–244（244 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	CPSF4_HUMAN
Isoform	O95639-2
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9oxe
沉积日期 deposition_date	2025-06-03
结构标题 title	CRYO-EM STRUCTURE OF the human mPSF IN COMPLEX WITH THE AGUAAA poly(A) signal
关键词 keywords	polyadenylation signal, RNA BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN-RNA complex; RNA BINDING PROTEIN/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.87 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.27 Å
零角强度 I(0) i0	537433000.00
分子量 molecular_weight	190150.0 kDa
排除体积 excluded_volume	238410 Å³
包络体积 envelope_volume	297070 Å³
水化壳体积 shell_volume	64980 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.9 Å
壳层 Rg shell_rg	44.43 Å
包络 Rg envelope_rg	37.11 Å
形状 Rg shape_rg	37.25 Å
总 Rg total_rg	37.75 Å
总原子数 total_atoms	13359
残基数 n_residues	1667
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	128.2 Å
Rg (实空间) rg_real	37.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3740e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.2940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.86 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	537400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8714
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.379
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.237
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	129900000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.803; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.916

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1
分子量 formula_weight	161074.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	13359

MYAVYKQAHPPTGLEFSMYCNFFNNSERNLVVAGTSQLYVYRLNRDAEALTKNDRSTEGKAHREKLELAASFSFFGNVMSMASVQLAGAKRDALLLSFKDAKLSVVEYDPGTHDLKTLSLHYFEEPELRDGFVQNVHTPRVRVDPDGRCAAMLVYGTRLVVLPFRRESLAEEHEGLVGEGQRSSFLPSYIIDVRALDEKLLNIIDLQFLHGYYEPTLLILFEPNQTWPGRVAVRQDTCSIVAISLNITQKVHPVIWSLTSLPFDCTQALAVPKPIGGVVVFAVNSLLYLNQSVPPYGVALNSLTTGTTAFPLRTQEGVRITLDCAQATFISYDKMVISLKGGEIYVLTLITDGMRSVRAFHFDKAAASVLTTSMVTMEPGYLFLGSRLGNSLLLKYTEKLQEPPASAVREAADKEEPPSKKKRVDATAGWSAAGKSVPQDEVDEIEVYGSEAQSGTQLATYSFEVCDSILNIGPCANAAVGEPAFLSEEFQNSPEPDLEIVVCSGHGKNGALSVLQKSIRPQVVTTFELPGCYDMWTVIAPVRKEEEDNPKGEGTEQEPSTTPEADDDGRRHGFLILSREDSTMILQTGQEIMELDTSGFATQGPTVFAGNIGDNRYIVQVSPLGIRLLEGVNQLHFIPVDLGAPIVQCAVADPYVVIMSAEGHVTMFLLKSDSYGGRHHRLALHKPPLHHQSKVITLCLYRDLSGMFTTESRLGGARDELGGRSGPEAEGLGSETSPTVDDEEEMLYGDSGSLFSPSKEEARRSSQPPADRDPAPFRAEPTHWCLLVRENGTMEIYQLPDWRLVFLVKNFPVGQRVLVDSSFGQPTTQGEARREEATRQGELPLVKEVLLVALGSRQSRPYLLVHVDQELLIYEAFPHDSQLGQGNLKVRFKKVPHNINFREKKPKPSKKKAEGGGAEEGAGARGRVARFRYFEDIYGYSGVFICGPSPHWLLVTGRGALRLHPMAIDGPVDSFAPFHNVNCPRGFLYFNRQGELRISVLPAYLSYDAPWPVRKIPLRCTAHYVAYHVESKVYAVATSTNTPCARIPRMTGEEKEFETIERDERYIHPQQEAFSIQLISPVSWEAIPNARIELQEWEHVTCMKTVSLRSEETVSGLKGYVAAGTCLMQGEEVTCRGRILIMDVIEVVPEPGQPLTKNKFKVLYEKEQKGPVTALCHCNGHLVSAIGQKIFLWSLRASELTGMAFIDTQLYIHQMISVKNFILAADVMKSISLLRYQEESKTLSLVSRDAKPLEVYSVDFMVDNAQLGFLVSDRDRNLMVYMYLPEAKESFGGMRLLRRADFHVGAHVNTFWRTPCRGATEGLSKKSVVWENKHITWFATLDGGIGLLLPMQEKTYRRLLMLQNALTTMLPHHAGLNPRAFRMLHVDRRTLQNAVRNVLDGELLNRYLYLSTMERSELAKKIGTTPDIILDDLLETDRVTAHF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 ;
分子量 formula_weight	66053.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SNAATEIGSPPRFFHMPRFQHQAPRQLFYKRPDFAQQQAMQQLTFDGKRMRKAVNRKTIDYNPSVIKYLENRIWQRDQRDMRAIQPDAGYYNDLVPPIGMLNNPMNAVTTKFVRTSTNKVKCPVFVVRWTPEGRRLVTGASSGEFTLWNGLTFNFETILQAHDSPVRAMTWSHNDMWMLTADHGGYVKYWQSNMNNVKMFQAHKEAIREASFSPTDNKFATCSDDGTVRIWDFLRCHEERILRGHGADVKCVDWHPTKGLVVSGSKDSQQPIKFWDPKTGQSLATLHAHKNTVMEVKLNLNGNWLLTASRDHLCKLFDIRNLKEELQVFRGHKKEATAVAWHPVHEGLFASGGSDGSLLFWHVGVEKEVGGMEMAHEGMIWSLAWHPLGHILCSGSNDHTSKFWTRNRPGDKMRDRYNLNLLPGMSEDGVEYDDLEPNSLAVIPGMGIPEQLKLAMEQEQMGKDESNEIEMTIPGLDWGMEEVMQKDQKKVPQKKVPYAKPIPAQFQQAWMQNKVPIPAPNEVLNDRKEDIKLEEKKKTQAEIEQEMATLQYTNPQLLEQLKIERLAQKQVEQI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Isoform 2 of Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4
分子量 formula_weight	27589.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MQEIIASVDHIKFDLEIAVEQQLGAQPLPFPGMDKSGAAVCEFFLKAACGKGGMCPFRHISGEKTVVCKHWLRGLCKKGDQCEFLHEYDMTKMPECYFYSKFGECSNKECPFLHIDPESKIKDCPWYDRGFCKHGPLCRHRHTRRVICVNYLVGFCPEGPSCKFMHPRFELPMGTTEQPPLPQQTQPPAKQRTPQVIGVMQSQNSSAGNRGPRPLEQVTCYKCGEKGHYANRCTKGHLAFLSGQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PAPGPUPAPAPAP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	3843.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

UGCAGUAAACAA

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.530 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.53 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	529257

fit	/app/data/saxs_computation/ox/9oxe/9oxe.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ox/9oxe/9oxe.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ox/9oxe/9oxe.dat

CRYO-EM STRUCTURE OF the human mPSF IN COMPLEX WITH THE AGUAAA poly(A) signal

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

;pre-mRNA 3' end processing protein WDR33 ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isoform 2 of Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)