SAXSdb — 9ozc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase receptor

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 4	Protein NEL × 2 （Q90827） NELL2-interacting cell ontogeny regulator 1 × 1 （Q5BLP8） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F1NQL9_CHICK
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–2311； UniProt 1–2311

Protein NEL

Gallus gallus

UniProt Q90827

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 4	Tyrosine-protein kinase receptor × 1 （F1NQL9） NELL2-interacting cell ontogeny regulator 1 × 1 （Q5BLP8） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NEL_CHICK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–816； UniProt 1–816 作者链 C； PDB构建体 1–816； UniProt 1–816

NELL2-interacting cell ontogeny regulator 1

Homo sapiens

UniProt Q5BLP8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 4 其他聚合物 4	Tyrosine-protein kinase receptor × 1 （F1NQL9） Protein NEL × 2 （Q90827） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 28	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NICOL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–95； UniProt 1–95

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9ozc
沉积日期 deposition_date	2025-06-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of 1:2:1 ROS1/NEL/NICOL holo-complex, conformation 1.
关键词 keywords	ROS1, NEL, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9ozc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9ozc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9ozc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	115.10 Å
总 Rg	114.60 Å
原子数	50924
残基数	3250
排除体积	461050 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9ozc__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein kinase receptor
分子量 formula_weight	261174.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	50924

MRNACLLLNRLGAFYFIWISAAYCSFSKNCQDLCTSNLEGELGIANLCNVSDINVACTQGCQFWNATEQVNCPLKCNKTYTRECETVSCKFGCSRAEDAYGVEAQNCLNKPGAPFASSIGSHNITLGWKPANISEVKYIIQWKFHQLPGDWRYTEVVSETSYTVKDLQAFTEYEFRVVWIITSQLQLHSPPSPSYRTHASGVPTTAPIIKDIQSSSPNTVEVSWFPPLFPNGLIVGYNLVLTSENHELLRASRGHSFQFYSTFPNSTYRFSIVAVNEAGAGPPAEANITTPESKVKEKAKWLFLSRNQSLRKRYMEHFLEAAHCLQNGIIHHNITGISVNVYQQVVYFSEGNSIWVKGVVDMSDVSDLTLFYTGWGNITSISVDWLYQRMYFVMNEKIHVCQLENCTAAEDITPPYVTSPRKIVADPYNGYIFCLLEDGIYRANLPLFPDTASAASLVVKSHTLRDFMINFQSKRLIFFNKTEQAFVSGFLDGSEFHTLRAHVPLDDMESFVYEDNIFTVTDGRAVFHEEISQVGSSSFNEYVVDCSLEYPEYFGFGNLLFYAASTQPYPLPTLPRLVTVLFGSDQAVISWSPPEYTIGTSRSAWQNWTYDVKVSSQSTFEEEWVVSNITDTRFAVKNLVSFTEYEMSVRAVSPAGEGPWSEPFRGMTFEEAEEEPYILAVGAEGLWKQRLDSYGPGEFLYPHIRNISDLDWYNDTLYWSNSMGKVQTWSMNKKEGTTENSYVPDIKNARMLAFDWLGQCLYWAGKANTIYRKSLLGDHMDVVAHVVYVVKDLAVDSVNGYLYWATTYTVESARLNGEEYLILQEHLQFSGKQVVGLALDLTSGFLYWLVQDGLCLNLYRISICKESCGNIMVTEISAWSVSEVSQNALQYYSGRLFWINRLKFITTQELNQSISIPFSEPAEFAAFTLVHTSLKPLPGNFSFTPKVIPSSVPESSFKIKGNSSSFHIIWNASTDVQWGTVFYCVGSNALQMRTLESERCLHPHDLTVPSYKVDWLEPFTLFDFSVTPYTYWGKAPTTSVYLRAPEGVPSAPANPRIYVLHSNTHEGEEKVLVELRWDKPERDNGVLTQFRVYYQLLYESGAADTLMEWNVSDVKPTALLFSIRDVHPRLTVRFQVQAFTSVGPGPMSDVAQRNSSDIFPVPTLITFSSNKLFLTDIDSNHTIWEVLTNRNIKDICYTADDDKVYYILEDSLFLLNVQSTSESQLFEDVFLRNVTAITVDWIARHLFVAMKTSWNETQVFFIDLELKTKSLKALNIQLGKRNSTISSLLSYPFLSRLYWIEELDYGSRMFYYDILNNTMYHILGYESVEEKMRNYCNCNVAEAELGRPISIDVTDIKKPQLLFIRGRDEIWASDVDGCHCWRITKIPSFQGTKIGSLTVDKQFIYWTIEKKEYTEICLADKESTRHSLQRKANHELKILAYSSAMQSYPDKKCLTPLLDTEKPTILDTTNTSFTLSLPSVTTQQLCPSISQPTPTYLVFFREITSNHENSTYHFSTLLQKTLEIQEPIAVINNLKPFSSYAIQVAVKNYYSNQNQLAVGRETISTTLYGVPEGVDSIKTVVLSDTTINISWSEPLEPNGPLESIRYQISVNLLSLFPEAPLRKSEFPNGTLSWSVSDLQSGTNNLFKVLAFHPNENWFSESVPVIAKTFETPLSPSNIIPRNTSFQLEWRAPLHINGTSFWFELRKWQTRSDWFSPASTTCTVGPVYTCNLTGTLPSANYLVRATVVYVTGMKSTSSPTSFKTTAGVPSKPGTPKRAEDSKNSVQWEKAEDNGSNLTYYILESRKQSGNTNKVKSLWVVVYNGSCDSICTWKAENLEGTFQFRAAAANMLGLGEYSDTSKDIVLAKDTVTSPDITAIVAVIGAVVLGLTIIILFGFVWHQRWKSRKPASTGQIVLVKEDKELAQLRGMAETVGLANACYAVSTLPSQAEIESLPAFPRDKLNLHKLLGSGAFGEVYEGTALDILADGSGESRVAVKTLKRGATDQEKSEFLKEAHLMSKFDHPHILKLLGVCLLNEPQYLILELMEGGDLLSYLRGARKQKFQSPLLTLTDLLDICLDICKGCVYLEKMRFIHRDLAARNCLVSEKQYGSCSRVVKIGDFGLARDIYKNDYYRKRGEGLLPVRWMAPESLIDGVFTNHSDVWAFGVLVWETLTLGQQPYPGLSNIEVLHHVRSGGRLESPNNCPDDIRDLMTRCWAQDPHNRPTFFYIQHKLQEIRHSPLCFSYFLGDKESVAGFINQAFEDIDVPPADSDSILSTTLMEARDQEGLNYLVVVKESNQDQGSISSAELTSV

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein NEL
分子量 formula_weight	91071.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

MESGCGLGTLCLLLCLGPVVGFGVDPSLQIDVLSELGLPGYAAGVRQVPGLHNGSKAFLFPDTSRSVKASPETAEIFFQKLRNKYEFTILVTLKQAHLNSGVIFSIHHLDHRYLELESSGHRNEIRLHYRTGSHRSHTEVFPYILADDKWHRLSLAISASHLILHVDCNKIYERVVEKPFMDLPVGTTFWLGQRNNAHGYFKGIMQDVQLLVMPQGFISQCPDLNRTCPTCNDFHGLVQKIMELQDILAKTSAKLSQAEQRMNKLDQCYCERTCTMKGMTYREFESWTDGCKNCTCMNGTVQCEALICSLSDCPPNSALSYVDGKCCKECQSVCIFEGRTYFEGQRETVYSSSGDCVLFECKDHKMQRIPKDSCATLNCPESQQIPLSHSCCKICKGHDFCTEGHNCMEHSVCRNLDDRAVCSCRDGFRALREDNAYCEDVDECAEGQHYCRENTMCVNTPGSFMCICKTGYIRIDDYSCTEHDECVTNQHNCDENALCFNTVGGHNCVCKLGYTGNGTVCKAFCKDGCRNGGACIASNVCACPQGFTGPSCETDIDECSDGFVQCDSRANCINLPGWYHCECRDGYHDNGMFSPSGESCEDIDECATGRHSCANDTVCFNLDGGYDCRCPHGKNCTGDCIHEDKIKHNGQIWVLENDRCSVCSCQSGYVMCRRMVCDCENPTVDLFCCPECDPRLSSQCLHQSGELSYNSGDSWIQNCQQCRCLQGEVDCWPLPCPEVDCEFSVLPENECCPRCVTDPCQADTIRNDITKTCLDETNVVRFTGSSWIKHGTECTLCQCKNGHVCCSVDPQCLQEL

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	NELL2-interacting cell ontogeny regulator 1
分子量 formula_weight	10182.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAPPPACRSPMSPPPPPLLLLLLSLALLGARARAEPAGSAVPAQSRPCVDCHAFEFMQRALQDLRKTACSLDARTETLLLQAERRALCACWPAGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	586.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	28

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	4.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17461

Cryo-EM structure of 1:2:1 ROS1/NEL/NICOL holo-complex, conformation 1.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein NEL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NELL2-interacting cell ontogeny regulator 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ozc__assembly_1__model_1

9ozc__assembly_1__model_1 | I(q)

9ozc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of 1:2:1 ROS1/NEL/NICOL holo-complex, conformation 1.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein kinase receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein NEL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NELL2-interacting cell ontogeny regulator 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9ozc__assembly_1__model_1

9ozc__assembly_1__model_1 | I(q)

9ozc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)