SAXSdb — 9p08

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p08
沉积日期 deposition_date	2025-06-06
最后修订 last_revision	2026-06-10
结构标题 title	Structure of human Sec23a/Sec24a/Sec22b bound to ligand CPD13
关键词 keywords	Protein trafficking, COPII, Degradation, secretary pathway, cell organelles, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.78 Å
零角强度 I(0) i0	857815000.00
分子量 molecular_weight	161840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	157010 Å³
包络体积 envelope_volume	293830 Å³
水化壳体积 shell_volume	55743 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.2 Å
壳层 Rg shell_rg	47.11 Å
包络 Rg envelope_rg	45.90 Å
形状 Rg shape_rg	45.78 Å
总 Rg total_rg	45.81 Å
总原子数 total_atoms	12238
残基数 n_residues	1551
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	156.1 Å
Rg (实空间) rg_real	45.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.04 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.5780e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.7280e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	857400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8179
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	40.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.459
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.601
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	54720000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.722; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.698; Smooth: 0.765

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Protein transport protein Sec23A
分子量 formula_weight	86249.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12248

MTTYLEFIQQNEERDGVRFSWNVWPSSRLEATRMVVPVAALFTPLKERPDLPPIQYEPVLCSRTTCRAVLNPLCQVDYRAKLWACNFCYQRNQFPPSYAGISELNQPAELLPQFSSIEYVVLRGPQMPLIFLYVVDTCMEDEDLQALKESMQMSLSLLPPTALVGLITFGRMVQVHELGCEGISKSYVFRGTKDLSAKQLQEMLGLSKVPLTQATRGPQVQQPPPSNRFLQPVQKIDMNLTDLLGELQRDPWPVPQGKRPLRSSGVALSIAVGLLECTFPNTGARIMMFIGGPATQGPGMVVGDELKTPIRSWHDIDKDNAKYVKKGTKHFEALANRAATTGHVIDIYACALDQTGLLEMKCCPNLTGGYMVMGDSFNTSLFKQTFQRVFTKDMHGQFKMGFGGTLEIKTSREIKISGAIGPCVSLNSKGPCVSENEIGTGGTCQWKICGLSPTTTLAIYFEVVNQHNAPIPQGGRGAIQFVTQYQHSSGQRRIRVTTIARNWADAQTQIQNIAASFDQEAAAILMARLAIYRAETEEGPDVLRWLDRQLIRLCQKFGEYHKDDPSSFRFSETFSLYPQFMFHLRRSSFLQVFNNSPDESSYYRHHFMRQDLTQSLIMIQPILYAYSFSGPPEPVLLDSSSILADRILLMDTFFQILIYHGETIAQWRKSGYQDMPEYENFRHLLQAPVDDAQEILHSRFPMPRYIDTEHGGSQARFLLSKVNPSQTHNNMYAWGQESGAPILTDDVSLQVFMDHLKKLAVSSAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

Entity 2 polymer

描述 description	Protein transport protein Sec24A
分子量 formula_weight	84422.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EGLRVVNLLQERNMLPSTPLKPPVPNLHEDIQKLNCNPELFRCTLTSIPQTQALLNKAKLPLGLLLHPFKDLVQLPVVTSSTIVRCRSCRTYINPFVSFLDQRRWKCNLCYRVNDVPEEFLYNPLTRVYGEPHRRPEVQNATIEFMAPSEYMLRPPQPPVYLFVFDVSHNAVETGYLNSVCQSLLDNLDLLPGNTRTKIGFITFDSTIHFYGLQESLSQPQMLIVSDIEDVFIPMPENLLVNLNESKELVQDLLKTLPQMFTKTLETQSALGPALQAAFKLMSPTGGRMSVFQTQLPTLGVGALKPREEPNHRSSAKDIHMTPSTDFYKKLALDCSGQQVAVDLFLLSGQYSDLASLGCISRYSAGSVYYYPSYHHQHNPVQVQKLQKELQRYLTRKIGFEAVMRIRCTKGLSIHTFHGNFFVRSTDLLSLPNVNPDAGYAVQMSVEESLTDTQLVSFQSALLYTSSKGERRIRVHTLCLPVVSTLNDVFLGADVQAISGLLANMAVDRSMTASLSDARDALVNAVIDSLSAYRSSVLSNQQPGLMVPFSLRLFPLFVLALLKQKSFQTGTNARLDERIFAMCQVKNQPLVYLMLTTHPSLYRVDNLSDEGALNISDRTIPQPPILQLSVEKLSRDGAFLMDAGSVLMLWVGKNCTQNFLSQVLGVQNYASIPQPMTDLPELDTPESARIIAFISWLREQRPFFPILYVIRDESPMKANFLQNMIEDRTESALSYYEFLLHIQQQVNK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Insect cell expression vector pTIE1

Entity 3 polymer

描述 description	Vesicle-trafficking protein SEC22b
分子量 formula_weight	18031.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MVLLTMIARVADGLPLAASMQEDEQSGRDLQQYQSQAKQLFRKLNEQSPTRCTLEAGAMTFHYIIEQGVCYLVLCEAAFPKKLAFAYLEDLHSEFDEQHGKKVPTVSRPYSFIEFDTFIQKTKKLYIDSRARRNLGSINTELQDVQRIMVANIEEVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	(2~{R},3~{R})-2-(cyclohexylmethyl)-3-phenyl-cyclopropane-1,1-dicarboxylic acid
分子量 formula_weight	302.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	10

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	147.862 Å
晶胞边长 b length_b	96.422 Å
晶胞边长 c length_c	130.057 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.44 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	80.770 Å
R 因子 r_factor	0.2091
R_work r_work	0.2049
R_free r_free	0.2876

fit	/app/data/saxs_computation/p0/9p08/9p08.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p0/9p08/9p08.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p0/9p08/9p08.dat

Structure of human Sec23a/Sec24a/Sec22b bound to ligand CPD13

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)