9p38

YsxC-GMPPNP treated 44.5SYsxC particles. Class 1.

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 227.7 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9p38

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9p38
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9p38
沉积日期 deposition_date2025-06-13
最后修订 last_revision2025-11-12
结构标题 titleYsxC-GMPPNP treated 44.5SYsxC particles. Class 1.
关键词 keywordsRibosome, 44.5S particle, YsxC; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.89
回转半径 Rg (电子) rg_electron66.80
零角强度 I(0) i028452300000.00
分子量 molecular_weight902760.0 kDa
排除体积 excluded_volume910380 ų
包络体积 envelope_volume1693100 ų
水化壳体积 shell_volume198220 ų
包络直径 envelope_diameter221.5
壳层 Rg shell_rg76.28
包络 Rg envelope_rg65.86
形状 Rg shape_rg66.78
总 Rg total_rg66.92
总原子数 total_atoms60495
残基数 n_residues4036
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax227.7
Rg (实空间) rg_real66.75
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.94
I(0) (实空间) i0_real2.8450e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7750e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal67.28
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28480000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8649
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary79.2
偏度 Skewness skewness0.238
峰度 Kurtosis kurtosis-0.421
角度范围 angular_range— – 0.1150 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4207000000.0000
实空间数据点数 n_real_points24
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.821; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.792

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (18)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)