9p4c

Crystal structure of Mesothelin C-terminal peptide-RO4 Fab complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 86.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9p4c
沉积日期 deposition_date	2025-06-16
结构标题 title	Crystal structure of Mesothelin C-terminal peptide-RO4 Fab complex
关键词 keywords	Mesothelin, antibody, IMMUNE SYSTEM, ANTITUMOR PROTEIN; ANTITUMOR PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.97 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.14 Å
零角强度 I(0) i0	36488300.00
分子量 molecular_weight	46273.0 kDa
排除体积 excluded_volume	57674 Å³
包络体积 envelope_volume	70671 Å³
水化壳体积 shell_volume	24597 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.3 Å
壳层 Rg shell_rg	30.97 Å
包络 Rg envelope_rg	24.03 Å
形状 Rg shape_rg	24.10 Å
总 Rg total_rg	25.01 Å
总原子数 total_atoms	6430
残基数 n_residues	443
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	86.8 Å
Rg (实空间) rg_real	24.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.6490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3080e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.96 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	36490000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7838
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.303
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.430
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8407000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.770; Stabil: 0.987; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.914; Smooth: 0.000

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

描述 description	Light chain of the RO4 Fab fragment
分子量 formula_weight	22506.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	7172

ADVVMTQTPSSVSAAVGGTVTMKCQASQSISTALVWYQQKPGQPPKLLIRSTSTLASGVPSRFKGSGSGTQFTLTISDLECADAATYYCQSAALIGGVVFGAFGGGTEVVVRGDPVAPTVLIFPPAADQVATGTVTIVCVANKYFPDVTVTWEVDGTTQTTGIENSKTPQNSADCTYNLSSTLTLTSTQYNSHKEYTCKVTQGTTSVVQSFNRGDC

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Oryctolagus cuniculus

Entity 2 polymer

描述 description	Heavy chain of the RO4 fab fragment
分子量 formula_weight	21892.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

QSLEESGGGLVTPGGILTLTCTASGFDISRHYMTWVRQAPGEGLEWIGSIYGGSTYYASWAKGRFTISKTSSTTVDLKMTSLTTEDTATYFCVRGVGGGLWGPGTLVTVSSGQPKAPSVFPLAPCCGDTPSSTVTLGCLVKGYLPEPVTVTWNSGTLTNGVRTFPSVRQSSGLYSLSSVVSVTSSSQPVTCNVAHPATNTKVDKTVAPSTC

来源 Source

来源生物 organism	Oryctolagus cuniculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9986
宿主生物 host_organism	Oryctolagus cuniculus

Entity 3 polymer

描述 description	Mesothelin, cleaved form
分子量 formula_weight	1863.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

IPNGYLVLDLSMQEALS

Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	742

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	92.960 Å
晶胞边长 b length_b	98.835 Å
晶胞边长 c length_c	66.595 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	131.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.520 Å
最低分辨率 resolution_low	24.760 Å
R 因子 r_factor	0.1509
R_work r_work	0.1494
R_free r_free	0.1798

fit	/app/data/saxs_computation/p4/9p4c/9p4c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p4/9p4c/9p4c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p4/9p4c/9p4c.dat

Crystal structure of Mesothelin C-terminal peptide-RO4 Fab complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (5)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)