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9pak

Crystal structure of MERS-CoV 3CLpro with ALG-097655 (Inhibitor 2)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 120.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

3C-like proteinase nsp5

Middle East respiratory syndrome-related coronavirus

UniProt K9N7C7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 3248–3553 链 B； UniProt 3248–3553 未记录 A1CHJ (1R,2S,3S,6R,7S)-N-{(1Z,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-4-[(2S)-4,4,4-trifluoro-3,3-dimethyl-2-(2,2,2-trifluoroacetamido)butanoyl]-4-azatricyclo[5.2.1.0~2,6~]dec-8-ene-3-carboxamide (non-preferred name) × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M NaCl, Sodium/Potassium Phosphate 6.2, and 18% PEG1000 分辨率 1.86 Å R-free 0.239
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 3248–3553 链 D； UniProt 3248–3553 未记录 A1CHJ (1R,2S,3S,6R,7S)-N-{(1Z,2S)-1-imino-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propan-2-yl}-4-[(2S)-4,4,4-trifluoro-3,3-dimethyl-2-(2,2,2-trifluoroacetamido)butanoyl]-4-azatricyclo[5.2.1.0~2,6~]dec-8-ene-3-carboxamide (non-preferred name) × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M NaCl, Sodium/Potassium Phosphate 6.2, and 18% PEG1000 分辨率 1.86 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 9PAK Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4WUR The crystal structure of the MERS-CoV papain-like protease (C111S) with human ubiquitin 提交 2014-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1482–1801（320 aa） 片段：UNP residues 1482-1801
突变：C111S IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 2 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.8；291 K；22% w/v PEG 4000, 15% v/v 2-propanol, 0.1M tri-sodium citrate pH 4.8 and 10% glycerol
分辨率 3.16 Å R-free 0.252
8PPL MERS-CoV Nsp1 bound to the human 43S pre-initiation complex 提交 2023-07-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric
链 Aj 2–193（192 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 4 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 116 MET METHIONINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 129 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 2.65 Å
9INM Crystal structure of MERS main protease in complex with Bofutrelvir 提交 2024-07-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3248–3548（301 aa）
链 D 3248–3548（301 aa）
未记录 FHR ~{N}-[(2~{S})-3-cyclohexyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]propan-2-yl]-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium formate, 0.1M BICINE pH8.5 20% PEG5000
分辨率 2.34 Å R-free 0.275
9INM Crystal structure of MERS main protease in complex with Bofutrelvir 提交 2024-07-08 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 3248–3548（301 aa）
链 C 3248–3548（301 aa）
未记录 FHR ~{N}-[(2~{S})-3-cyclohexyl-1-oxidanylidene-1-[[(2~{S})-1-oxidanylidene-3-[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]propan-2-yl]amino]propan-2-yl]-1~{H}-indole-2-carboxamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2M Sodium formate, 0.1M BICINE pH8.5 20% PEG5000
分辨率 2.34 Å R-free 0.275
9PAC Crystal structure of MERS-CoV 3CLpro with ALG-097608 (Inhibitor 1) 提交 2025-06-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 3248–3553（306 aa）
链 D 3248–3553（306 aa）
未记录 A1CHF (1R,2R,3S,6S,7S)-4-[(2S)-3,3-dimethyl-2-(2,2,2-trifluoroacetamido)butanoyl]-10,10-difluoro-N-{(1E,2R)-1-imino-3-[(3R)-2-oxo-3,4-dihydro-2H-pyrrol-3-yl]propan-2-yl}-4-azatricyclo[5.2.1.0~2,6~]decane-3-carboxamide (non-preferred name) × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M NaCl, Sodium/Potassium Phosphate 6.2, and 18% PEG1000
分辨率 2.28 Å R-free 0.269
9PAC Crystal structure of MERS-CoV 3CLpro with ALG-097608 (Inhibitor 1) 提交 2025-06-25 配体/离子不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3248–3553（306 aa）
链 B 3248–3553（306 aa）
未记录 A1CHF (1R,2R,3S,6S,7S)-4-[(2S)-3,3-dimethyl-2-(2,2,2-trifluoroacetamido)butanoyl]-10,10-difluoro-N-{(1E,2R)-1-imino-3-[(3R)-2-oxo-3,4-dihydro-2H-pyrrol-3-yl]propan-2-yl}-4-azatricyclo[5.2.1.0~2,6~]decane-3-carboxamide (non-preferred name) × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；0.2M NaCl, Sodium/Potassium Phosphate 6.2, and 18% PEG1000
分辨率 2.28 Å R-free 0.269
9XG7 The crystal structure of MERS-CoV Main protease in complex with inhibitor FD2-21 提交 2025-10-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3248–3551（304 aa）
链 B 3248–3551（304 aa）
未记录 A1EZ7 7-(5-azanylpyridin-3-yl)-2-(2-chlorophenyl)-5,7-diazaspiro[3.4]octane-6,8-dione × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.05 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 2.53 Å R-free 0.298
9XG7 The crystal structure of MERS-CoV Main protease in complex with inhibitor FD2-21 提交 2025-10-29 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 3248–3551（304 aa）
链 D 3248–3551（304 aa）
未记录 A1EZ7 7-(5-azanylpyridin-3-yl)-2-(2-chlorophenyl)-5,7-diazaspiro[3.4]octane-6,8-dione × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289.15 K；0.05 M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% v/v Polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 2.53 Å R-free 0.298
9Y8W MERS Mpro with EGT710 提交 2025-09-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3248–3553（306 aa）
链 C 3248–3553（306 aa）
未记录 A1CBU (4S)-4-(iminomethyl)-3-(isoquinolin-4-yl)-1-[6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]imidazolidin-2-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 8% Ethylene Glycol, 10% Peg 8000
分辨率 3.04 Å R-free 0.278
9Y8W MERS Mpro with EGT710 提交 2025-09-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 3248–3553（306 aa）
链 D 3248–3553（306 aa）
未记录 A1CBU (4S)-4-(iminomethyl)-3-(isoquinolin-4-yl)-1-[6-(trifluoromethyl)pyridin-3-yl]imidazolidin-2-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；0.1M Hepes pH 7.5, 8% Ethylene Glycol, 10% Peg 8000
分辨率 3.04 Å R-free 0.278
9YCK Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P15 RNA, monomeric form 提交 2025-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 4238–4377（140 aa）
链 B 5909–6432（524 aa）
突变：E191A ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
9YCL Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P15 RNA, dimeric form 提交 2025-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 4238–4377（140 aa）
链 B 5909–6432（524 aa）
链 D 4238–4377（140 aa）
链 E 5909–6432（524 aa）
突变：E191A 突变：E191A ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.50 Å
9YCM Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-U RNA 提交 2025-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：hexameric
链 A 4238–4377（140 aa）
链 B 5909–6432（524 aa）
链 D 4238–4377（140 aa）
链 E 5909–6432（524 aa）
突变：E191A 突变：E191A ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
9YCN Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-A RNA 提交 2025-09-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 4238–4377（140 aa）
链 B 5909–6432（524 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å
9YCO Cryo-EM structure of MERS-CoV nsp10-nsp14 (E191A) in complex with T20P14-G RNA 提交 2025-09-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 A 4238–4377（140 aa）
链 B 5909–6432（524 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.88 Å

共 11 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 R1AB_MERS1
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–306； UniProt 3248–3553 作者链 B； PDB构建体 1–306； UniProt 3248–3553 作者链 C； PDB构建体 1–306； UniProt 3248–3553 作者链 D； PDB构建体 1–306； UniProt 3248–3553

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9pak

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9pak
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9pak
沉积日期 deposition_date2025-06-25
最后修订 last_revision2026-05-06
结构标题 titleCrystal structure of MERS-CoV 3CLpro with ALG-097655 (Inhibitor 2)
关键词 keywordsHYDROLASE/INHIBITOR, 3CL Protease, Pan Coronavirus drug, Mpro, Nsp5, ALG-097655, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier36.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron36.62 Å
零角强度 I(0) i0526602000.00
分子量 molecular_weight124450.0 kDa
排除体积 excluded_volume120190 ų
包络体积 envelope_volume210810 ų
水化壳体积 shell_volume48215 ų
包络直径 envelope_diameter127.0 Å
壳层 Rg shell_rg42.71 Å
包络 Rg envelope_rg36.24 Å
形状 Rg shape_rg36.66 Å
总 Rg total_rg36.82 Å
总原子数 total_atoms9344
残基数 n_residues1207
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax120.2 Å
Rg (实空间) rg_real36.79 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real5.2660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.1220e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal36.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal526600000.0000
解质量估计 total_estimate0.6865
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary41.9 Å
偏度 Skewness skewness0.381
峰度 Kurtosis kurtosis-0.428
角度范围 angular_range— – 0.2150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha25670000.0000
实空间数据点数 n_real_points44
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.159; Positv: 1.000; Valcen: 0.970; Smooth: 0.828
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)