SAXSdb — 9pb6

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

Parus major

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 6–1098 链 B； UniProt 6–1098 链 C； UniProt 6–1098 链 D； UniProt 6–1098	未记录	XUQ (1R,2S,5R)-5-methyl-2-(propan-2-yl)cyclohexan-1-ol × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9PB6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9P7S Avian TRPM8 (Parus major) closed, ligand-free structure resolved in cell vesicles using cryo-EM 提交 2025-06-21	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 6–1098（1093 aa）链 B 6–1098（1093 aa）链 C 6–1098（1093 aa）链 D 6–1098（1093 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9P90 Avian TRPM8 (Parus major) desensitized, fully-swapped, ligand-free structure resolved in cell vesicles using cryo-EM 提交 2025-06-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 6–1098（1093 aa）链 B 6–1098（1093 aa）链 C 6–1098（1093 aa）链 D 6–1098（1093 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9P91 Avian TRPM8 (Parus major) semi-swapped, ligand-free structure resolved in cell vesicles using cryo-EM 提交 2025-06-23	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 6–1098（1093 aa）链 B 6–1098（1093 aa）链 C 6–1098（1093 aa）链 D 6–1098（1093 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9PAR Avian TRPM8 (Parus major) semi-swapped, ligand-free structure at high pH and 4 degrees Celsius resolved in GDN using cryo-EM 提交 2025-06-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 6–1098（1093 aa）链 B 6–1098（1093 aa）链 C 6–1098（1093 aa）链 D 6–1098（1093 aa）	未记录	PT5 [(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho ryl]oxy-propan-2-yl] (8Z)-icosa-5,8,11,14-tetraenoate × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
9ZCN Avian TRPM8 (Parus major) fully-swapped, closed, ligand-free in the presence of calcium, structure resolved in cell vesicles 提交 2025-11-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 6–1098（1093 aa）链 B 6–1098（1093 aa）链 C 6–1098（1093 aa）链 D 6–1098（1093 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9ZCO Avian TRPM8 (Parus major) semi-swapped, closed, ligand-free in the presence of calcium, structure resolved in cell vesicles 提交 2025-11-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 6–1098（1093 aa）链 B 6–1098（1093 aa）链 C 6–1098（1093 aa）链 D 6–1098（1093 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.45 Å
9ZCP Avian TRPM8 (Parus major) fully swapped closed, calcium free, in the presence of menthol, resolved in cell vesicles 提交 2025-11-24	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 6–1098（1093 aa）链 B 6–1098（1093 aa）链 C 6–1098（1093 aa）链 D 6–1098（1093 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.55 Å
9ZCQ Avian TRPM8 (Parus major) semi-swapped, closed, calcium free, menthol bound structure resolved in cell vesicles 提交 2025-11-24	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 6–1098（1093 aa）链 B 6–1098（1093 aa）链 C 6–1098（1093 aa）链 D 6–1098（1093 aa）	未记录	XUQ (1R,2S,5R)-5-methyl-2-(propan-2-yl)cyclohexan-1-ol × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.57 Å
9ZCR Parus major TRPM8 with a chimeric human outer pore loops, semi-swapped, ligand-free, cold, structure resolved in GDN 提交 2025-11-24	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4–1098（1095 aa）链 B 4–1098（1095 aa）链 C 4–1098（1095 aa）链 D 4–1098（1095 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.07 Å
9ZEZ Avian TRPM8 (Parus major) semi-swapped, calcium free, menthol bound structure resolved in cell vesicles 提交 2025-12-01	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 6–1098（1093 aa）链 B 6–1098（1093 aa）链 C 6–1098（1093 aa）链 D 6–1098（1093 aa）	未记录	XUQ (1R,2S,5R)-5-methyl-2-(propan-2-yl)cyclohexan-1-ol × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.41 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A5S8WF66_PARMJ
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–1101； UniProt 6–1098 作者链 B； PDB构建体 9–1101； UniProt 6–1098 作者链 C； PDB构建体 9–1101； UniProt 6–1098 作者链 D； PDB构建体 9–1101； UniProt 6–1098

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pb6
沉积日期 deposition_date	2025-06-26
结构标题 title	Avian TRPM8 (Parus major) menthol bound structure resolved in cell vesicles using cryo-EM
关键词 keywords	TRPM8, transient receptor potential melastatin 8, MEMBRANE PROTEIN, menthol; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.75 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.35 Å
零角强度 I(0) i0	2310390000.00
分子量 molecular_weight	424010.0 kDa
排除体积 excluded_volume	538620 Å³
包络体积 envelope_volume	790460 Å³
水化壳体积 shell_volume	123670 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.8 Å
壳层 Rg shell_rg	59.58 Å
包络 Rg envelope_rg	49.20 Å
形状 Rg shape_rg	51.36 Å
总 Rg total_rg	51.60 Å
总原子数 total_atoms	59188
残基数 n_residues	3748
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	158.7 Å
Rg (实空间) rg_real	51.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.76 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3100e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	52.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2312000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8812
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	68.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.025
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.505
角度范围 angular_range	— – 0.1500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	283000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	31
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.903; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.945; Smooth: 0.798

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8
分子量 formula_weight	127217.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	59188

GPGSGSGMRHRRNGNFESSRLLYSSMSRSIDVACSDADLANFIQENFKKRECVFFTKDTKSMGNLCKCGYPENQHIEGTQVNTTEKWNYKKHTKELPTDAFGDIQFENLGKRGKYIRLSCDTDSETLYDLMTQHWHLKTPNLVISVTGGAKNFALKPRMRKIFSRLIYIAQSKGAWIFTGGTHYGLMKYIGEVVRDNTISRSSEENVVAIGIAAWGMISNRETLIRTADSDGSFLARYIMDDLKRDPLYCLDNNHTHLLLVDNGTHGHPTTEAKVRTQLEKYISERVIPESNYGGKIPIVCFAQGGGKETLKSINVAIKSKIPCVVVEGSGRIADVIASLVEAEGTLASSCVKESLLRFLPRTISRLSEEETESWIKWIKEVLESPHLLTVIKIEEAGDEIVSNAISFALYKAFSTNEHDRDNWNGQLKLLLEWNQLDLASDEIFTNDRNWESADLQDVMFTALVKDRPKFVRLFLENGLNLRKFLTTEVLRELYTNNFSSLVFKNLQIAKNSYNDALLTFVWKMVEDFRRGFKRDYKNSKDEMEIQLSEECPITRHPLQALFIWSVLQNKKELSKVIWEQTRGCTLAALGASKLLKSMAKVKNDINAAGESEELANEYETRAVELFTECYSNDEDLAEQLLTYSCEAWGGSNCLELAVEARDQQFIAQPGVQNFLSKQWYGEISRDTKNWKIIMCLFFFPLIGCGFISFRKKPVEKSKKLFLYYVSFFTSPFVVFSWNVIFYIAFLLLFAYVLLMDFQKEPTALEIILYVLVFVLLCDEVRQWYMNGSKYFSDLWNVMDTLAIFYFIAGIVFRLHSDESSWYSGRVIFCLDYIVFTLRLIHIFTVSRNLGPKIIMLQRMMIDVFFFLFLFAVWMVAFGVARQGILRKNEHRWEWIFRSVIYEPYLAMFGQYPDDIDGTTYNFDRCTFSGNESKPLCVELDANNQPRFPEWITIPLVCIYMLSTNILLVNLLVAMFGYTVGSVQENNDQVWKFQRFFLVQEYCSRLTIPFPFVIFAYIFMVMRKCFKCCCNKESKEPSICCSRNEDNEILAWEAVMKENYLVKINTKANDSSEEMVHRFRQLDAKLSDLKGLLKEISSKIK

来源 Source

来源生物 organism	Parus major
通用名 common_name	Great Tit
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9157
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(1R,2S,5R)-5-methyl-2-(propan-2-yl)cyclohexan-1-ol
分子量 formula_weight	156.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	183132

fit	/app/data/saxs_computation/pb/9pb6/9pb6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pb/9pb6/9pb6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pb/9pb6/9pb6.dat

Avian TRPM8 (Parus major) menthol bound structure resolved in cell vesicles using cryo-EM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transient receptor potential cation channel subfamily M member 8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)