9pfp

Structure of POU2F3 POU domains bound to coactivator OCA-T1 and DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 93.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pfp
沉积日期 deposition_date	2025-07-06
结构标题 title	Structure of POU2F3 POU domains bound to coactivator OCA-T1 and DNA
关键词 keywords	transcription factor, DNA binding, coactivator complex, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.85 Å
零角强度 I(0) i0	72270700.00
分子量 molecular_weight	54975.0 kDa
排除体积 excluded_volume	63949 Å³
包络体积 envelope_volume	84480 Å³
水化壳体积 shell_volume	27997 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.5 Å
壳层 Rg shell_rg	32.21 Å
包络 Rg envelope_rg	25.87 Å
形状 Rg shape_rg	25.86 Å
总 Rg total_rg	26.40 Å
总原子数 total_atoms	7141
残基数 n_residues	370
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	93.9 Å
Rg (实空间) rg_real	25.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.2270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0950e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	72270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8471
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	30.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.429
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.142
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8018000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.700; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.922; Smooth: 0.985

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	POU domain, class 2, transcription factor 3
分子量 formula_weight	18503.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	7492

GDEPSDLEELEKFAKTFKQRRIKLGFTQGDVGLAMGKLYGNDFSQTTISRFEALNLSFKNMCKLKPLLEKWLNDAESSPSDPSVSTPSSYPSLSEVFGRKRKKRTSIETNIRLTLEKRFQDNPKPSSEEISMIAEQLSMEKEVVRVWFCNRRQKEKRINC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	POU domain class 2-associating factor 2
分子量 formula_weight	4505.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

GDYSKRVYQGVRVKHTVKDLLAEKRSGQTSNSRLNGSVSSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	DNA containing POU domain recognition element octamer (sense strand)
分子量 formula_weight	4657.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,G

TGTATGCAAATAAGG

Entity 4 polymer

描述 description	DNA containing POU domain recognition element octamer (antisense strand)
分子量 formula_weight	4519.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,H

ACCTTATTTGCATAC

Entity 5 non-polymer

描述 description	BORIC ACID
分子量 formula_weight	61.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	297

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	49.785 Å
晶胞边长 b length_b	94.260 Å
晶胞边长 c length_c	56.801 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	115.05 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.700 Å
最低分辨率 resolution_low	34.760 Å
R 因子 r_factor	0.1765
R_work r_work	0.1751
R_free r_free	0.2044

fit	/app/data/saxs_computation/pf/9pfp/9pfp.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pf/9pfp/9pfp.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pf/9pfp/9pfp.dat

Structure of POU2F3 POU domains bound to coactivator OCA-T1 and DNA

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)