SAXSdb — 9pfy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

nucleoside-diphosphate kinase

Cryptosporidium parvum Iowa II

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–173 链 B； UniProt 26–173 链 C； UniProt 26–173	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 35% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystal was transferred to 35% MPD, 100mM Bis-Tris, pH 5.5, 100mM sodium formate two times and then soaked with in the same solution containing 10mM ATP for 3 hours. Subunits A and C have partial occupancy of ATP and HIP in the active site. Subunit B had 100% conversion to HIP. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0105, Cryo: direct from soaking solution	分辨率 1.42 Å R-free 0.156

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9PFY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9O9R Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum 提交 2025-04-18	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–173（148 aa）链 B 26–173（148 aa）链 C 26–173（148 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Index HT C6: 1.5M ammonium sufate, 0.1M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. plate 19658 C6 drop 1, Puck: PSL-0601, Cryo: Paratone-N and parafin oil (1:1)	分辨率 1.31 Å R-free 0.187
9OAI Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with thymidine-5'-phosphate 提交 2025-04-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–173（148 aa）链 B 26–173（148 aa）链 C 26–173（148 aa）	未记录	TMP THYMIDINE-5'-PHOSPHATE × 3 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ligand, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0505, Cryo: direct from soaking solution	分辨率 1.51 Å R-free 0.163
9OAK Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with cytidine-5'-diphosphate and cytidine-5'-triphosphate 提交 2025-04-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–173（148 aa）链 B 26–173（148 aa）链 C 26–173（148 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 CDP CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ligand, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. Subunit A contains partially occupied CTP and HIP from reaction. Subunit C contains partially occupied CDP and HIP. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0503, Cryo: direct from soaking solution	分辨率 1.61 Å R-free 0.172
9OAN Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with with guanosine-5'-diphosphate and AMP-PNP 提交 2025-04-21	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–173（148 aa）链 B 26–173（148 aa）链 C 26–173（148 aa）	未记录	GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 3 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ANP and GDP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. Ligands only bound if ANP is present. GDP only soaks did not produce binding. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0509, Cryo: direct from soaking solution	分辨率 1.63 Å R-free 0.171
9OB9 Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with with ADP and CTP 提交 2025-04-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–173（148 aa）链 B 26–173（148 aa）链 C 26–173（148 aa）	未记录	CTP CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ADP and CTP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. Partial ADP and CTP occupancy at same sites. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0514, Cryo: direct from soaking solution	分辨率 1.60 Å R-free 0.178
9OBA Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum containing phosphorylated active site histidine 提交 2025-04-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–173（148 aa）链 B 26–173（148 aa）链 C 26–173（148 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ADP and CTP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. Crystals were soaked with 10mM ATP for 4 hours which phosphorylated His139. No ADP bound after phosphorylation. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0411, Cryo: direct	分辨率 1.58 Å R-free 0.168
9OBC Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with with ADP 提交 2025-04-22	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–173（148 aa）链 B 26–173（148 aa）链 C 26–173（148 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystals soaked for 4 hours in 10mM ADP, 5mM MgCl2 in 40% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0511, Cryo: direct from soaking solution	分辨率 1.62 Å R-free 0.180
9OD6 Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase from Cryptosporidium parvum in complex with citrate 提交 2025-04-25	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–173（148 aa）链 B 26–173（148 aa）链 C 26–173（148 aa）	未记录	CIT CITRIC ACID × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 25% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Citrate acquired from the crystallant. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0604, Cryo: 35% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5	分辨率 1.45 Å R-free 0.168
9PG0 Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum in complex with AMP 提交 2025-07-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–173（148 aa）链 B 26–173（148 aa）链 C 26–173（148 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；Berkeley F12: 35% MPD, 0.1M sodium Formate, 0.1M Citrate pH 5.5. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 8.9 mg/mL. Crystal soaked overnight in 10mM AMP in crystallant. plate Liu-S-177 D2, Puck: PSL-0201, Cryo: direct from soaking solution	分辨率 1.45 Å R-free 0.155
9YN9 Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum (GMP complex) 提交 2025-10-10	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 26–173（148 aa）链 B 26–173（148 aa）链 C 26–173（148 aa）	未记录	5GP GUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Index C6: 1.5 M ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, 100mM NaCl, CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 9.2 mg/mL. overnight soak in 2mM GMP in crystallant, Liu-S-177 H4 , Puck: PSL-0103, Cryo: 2.5M ammonium sulfate.	分辨率 1.64 Å R-free 0.176
9ZOG Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum (Apo, hexamer) 提交 2025-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 26–173（148 aa）链 B 26–173（148 aa）链 C 26–173（148 aa）链 D 26–173（148 aa）链 E 26–173（148 aa）链 F 26–173（148 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；Berkeley H10: 100 mM Bis-Tris pH 6.5; 200 mM Sodium acetate, 25% PEG 4000. CrpaA.01302.a.B2.PW39348 at 18.8 mg/mL. Screened as ButhA.01370.b.B2 but contaminating CrpaA.01302.a.B2 on the column from a preceding purification is what crystallized. plate 20365 H10 drop 2, Puck: PSL-1602, Cryo: 20% ethylene + 80% crystallant	分辨率 1.48 Å R-free 0.161

共 11 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5CR64_CRYPI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–156； UniProt 26–173 作者链 B； PDB构建体 9–156； UniProt 26–173 作者链 C； PDB构建体 9–156； UniProt 26–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pfy
沉积日期 deposition_date	2025-07-07
最后修订 last_revision	2025-07-16
结构标题 title	Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum in complex with ATP
关键词 keywords	SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, TRANSFERASE, nucleoside-diphosphate kinase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.98 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.44 Å
零角强度 I(0) i0	41395100.00
分子量 molecular_weight	50076.0 kDa
排除体积 excluded_volume	62916 Å³
包络体积 envelope_volume	75431 Å³
水化壳体积 shell_volume	25615 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.7 Å
壳层 Rg shell_rg	31.71 Å
包络 Rg envelope_rg	24.64 Å
形状 Rg shape_rg	24.45 Å
总 Rg total_rg	25.23 Å
总原子数 total_atoms	3509
残基数 n_residues	444
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	79.0 Å
Rg (实空间) rg_real	24.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.1400e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	41400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9066
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	26.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.207
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.658
角度范围 angular_range	— – 0.3200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.941; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.984

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	nucleoside-diphosphate kinase
分子量 formula_weight	17692.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.4.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	4119

MAHHHHHHVEQTYLMIKPDGIQRQVVGEIISRFEKRGYRIAAMKLTIATPAILEEHYAEHKGKPFLPGLIEKMTGPVLCMVFEGVDVIAQARKMMGSTRPGEAAPGTIRADFCQQAGRNLIHGSDSAESAKREISLWFKPEEIQSYKLALSDYIFE

来源 Source

来源生物 organism	Cryptosporidium parvum Iowa II
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	353152
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	451

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	69.815 Å
晶胞边长 b length_b	69.815 Å
晶胞边长 c length_c	315.861 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.420 Å
最低分辨率 resolution_low	48.010 Å
R 因子 r_factor	0.1284
R_work r_work	0.1270
R_free r_free	0.1558

fit	/app/data/saxs_computation/pf/9pfy/9pfy.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pf/9pfy/9pfy.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pf/9pfy/9pfy.dat

Crystal structure of nucleoside-diphosphate kinase Cryptosporidium parvum in complex with ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

nucleoside-diphosphate kinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction