9pgq

Crystal structure of Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bordetella pertussis (Apo, trigonal form)

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.2 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pgq
沉积日期 deposition_date	2025-07-08
最后修订 last_revision	2025-07-16
结构标题 title	Crystal structure of Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from Bordetella pertussis (Apo, trigonal form)
关键词 keywords	;SSGCID, STRUCTURAL GENOMICS, SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE, Bordetella pertussis, Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, OXIDOREDUCTASE ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.31 Å
零角强度 I(0) i0	84767100.00
分子量 molecular_weight	72510.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90785 Å³
包络体积 envelope_volume	108420 Å³
水化壳体积 shell_volume	32909 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.5 Å
壳层 Rg shell_rg	34.76 Å
包络 Rg envelope_rg	28.47 Å
形状 Rg shape_rg	28.31 Å
总 Rg total_rg	28.90 Å
总原子数 total_atoms	5096
残基数 n_residues	672
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.2 Å
Rg (实空间) rg_real	28.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.4770e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	84760000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6440
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.496
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.263
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.846; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.721

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase
分子量 formula_weight	37360.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.2.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5626

MAHHHHHHMTIRVVINGYGRIGRNILRAHYENGKKHDIEIVAINDLGDPKTNAHLTRFDTAHGKFPGTVTVDGDYMVVNGDKIRVLANRNPAELPWGELGVDVVLECTGFFTSKEKAGAHLKGGAKKVIISAPGGKDVDATIVFGVNQNVLKAEHTVISNASCTTNCLAPLVKPLHDKLGVETGLMTTVHAYTNDQVLTDVYHEDLRRARSATMSMIPTKTGAAAAVGLVLPELNGKLDGFAIRVPTINVSLVDLSFVAKRDTTVEEVNSILQAAAEGELKDILTYNTEPLVSIDFNHNPASSNFDATLTKVSGKLVKVSSWYDNEWGFSNRMLDTTVALMSAK

来源 Source

来源生物 organism	Bordetella pertussis Tohama I
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	257313
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 3 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	474

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	83.461 Å
晶胞边长 b length_b	83.461 Å
晶胞边长 c length_c	166.173 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	43.970 Å
R 因子 r_factor	0.1636
R_work r_work	0.1625
R_free r_free	0.1856

fit	/app/data/saxs_computation/pg/9pgq/9pgq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pg/9pgq/9pgq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pg/9pgq/9pgq.dat