9phw

Structure of the D1-Val185Asn mutated photosystem II complex with slow O-O bond formation reveals changes in the Cl1 water channel

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 201.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9phw
沉积日期 deposition_date	2025-07-09
结构标题 title	Structure of the D1-Val185Asn mutated photosystem II complex with slow O-O bond formation reveals changes in the Cl1 water channel
关键词 keywords	photosynthesis, photosystem II, water oxidation, oxygen-evolving complex, D1-V185N; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	58.89 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	58.28 Å
零角强度 I(0) i0	5423800000.00
分子量 molecular_weight	755930.0 kDa
排除体积 excluded_volume	996650 Å³
包络体积 envelope_volume	1139300 Å³
水化壳体积 shell_volume	153680 Å³
包络直径 envelope_diameter	206.6 Å
壳层 Rg shell_rg	65.55 Å
包络 Rg envelope_rg	58.51 Å
形状 Rg shape_rg	58.25 Å
总 Rg total_rg	58.53 Å
总原子数 total_atoms	53558
残基数 n_residues	5524
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	201.9 Å
Rg (实空间) rg_real	58.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4240e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1150e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	58.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5424000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8632
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	67.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.346
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.339
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	799600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.798; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.825

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (38)

Entity 1 polymer

描述 description	Photosystem II protein D1 2
分子量 formula_weight	38295.5 kDa
EC 编号 ec_number	1.10.3.9
突变 mutation	V185N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,a
原子数 atom_count	54592

MTTTLQQRESASLWEQFCQWVTSTNNRIYVGWFGTLMIPTLLTATTCFIIAFIAAPPVDIDGIREPVAGSLLYGNNIISGAVVPSSNAIGLHFYPIWEAASLDEWLYNGGPYQLVVFHFLIGIFCYMGRQWELSYRLGMRPWICVAYSAPVSAATAVFLIYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMINFQAEHNILMHPFHMLGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLVRETTEVESQNYGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRSLHFFLGAWPVIGIWFTAMGVSTMAFNLNGFNFNQSILDSQGRVIGTWADVLNRANIGFEVMHERNAHNFPLDLA

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

Entity 2 polymer

描述 description	Photosystem II CP47 reaction center protein
分子量 formula_weight	56783.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,b

MGLPWYRVHTVVLNDPGRLISVHLMHTALVAGWAGSMALYELAIFDSSDAVLNPMWRQGMFVLPFMARLGVTSSWNGWSVTGETGLDPGFWSFEGVAAAHIVLSGLLFLAAVWHWVFWDLELFVDPRTGESALDLPKMFGIHLFLSGLLCFGFGAFHLTGVWGPGMWVSDPYGLTGHVQPVAPEWGPAGFNPFNPGGVVAHHIAAGIVGIIAGLFHLTVRPPERLYKALRMGNIETVLSSSIAAVFFAAFVVAGTMWYGNATTPIELFGPTRYQWDKGYFQEEIQRRVDSQLAEGASLSEAWSTIPEKLAFYDYVGNSPAKGGLFRTGAMNSGDGIAQEWIGHPIFKDKEGRELEVRRMPNFFETFPVIMTDADGVVRADIPFRRSESKFSVEQTGVTVSFYGGALDGQTFSNPSDVKKFARKAQLGEGFDFDTETFNSDGVFRTSPRGWFTFGHAVFALLFFFGHIWHGSRTLFRDVFAGVDPGLEEQVEFGVFAKVGDLSTRKEAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Synechocystis sp. PCC 6803
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1148
宿主生物 host_organism	Synechocystis sp. PCC 6803

Entity 3 polymer

描述 description	Photosystem II CP43 reaction center protein
分子量 formula_weight	50344.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,c

MVTLSNTSMVGGRDLPSTGFAWWSGNARLINLSGKLLGAHVAHAGLIVFWAGAMTLFEVAHFIPEKPMYEQGLILLPHIATLGWGVGPAGEVTDIFPFFVVGVLHLISSAVLGLGGIYHALRGPEVLEEYSSFFGYDWKDKNQMTNIIGYHLILLGCGALLLVFKAMFFGGVYDTWAPGGGDVRVITNPTLNPAIIFGYLLKAPFGGEGWIISVNNMEDIIGGHIWIGLICISGGIWHILTKPFGWARRALIWSGEAYLSYSLGALSLMGFIASVFVWFNNTAYPSEFYGPTGMEASQSQAFTFLVRDQRLGANIASAQGPTGLGKYLMRSPSGEIIFGGETMRFWDFRGPWLEPLRGPNGLDLDKLRNDIQPWQVRRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVITDVNSFNYVSPRAWLATSHFVLGFFFLVGHLWHAGRARAAAAGFEKGIDRETEPTLFMPDLD

Entity 4 polymer

描述 description	Photosystem II D2 protein
分子量 formula_weight	39519.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,d

MTIAVGRAPVERGWFDVLDDWLKRDRFVFIGWSGLLLFPCAFMALGGWLTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGANFLTVAVSSPADAFGHSLLFLWGPEAQGNLTRWFQIGGLWPFVALHGAFGLIGFMLRQFEISRLVGIRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLMYPLGQSSWFFAPSFGVAGIFRFILFLQGFHNWTLNPFHMMGVAGILGGALLCAIHGATVENTLFEDGEDSNTFRAFEPTQAEETYSMVTANRFWSQIFGIAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWMSSVGIVGLALNLRAYDFVSQELRAAEDPEFETFYTKNILLNEGMRAWMAPQDQPHENFIFPEEVLPRGNAL

Entity 5 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit alpha
分子量 formula_weight	9454.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,e

MSGTTGERPFSDIVTSIRYWVIHSITIPMLFIAGWLFVSTGLAYDAFGTPRPDEYFTQTRQELPILQERYDINQEIQEFNQ

Entity 6 polymer

描述 description	Cytochrome b559 subunit beta
分子量 formula_weight	4935.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,f

MATQNPNQPVTYPIFTVRWLAVHTLAVPSVFFVGAIAAMQFIQR

Entity 7 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein H
分子量 formula_weight	7120.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,h

MAQRTRLGDILRPLNSEYGKVVPGWGTTPVMGVFMALFLVFLLIILQIYNSSLILEGFSVDWAG

Entity 8 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein I
分子量 formula_weight	4338.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,i

MLTLKIAVYIVVGLFISLFIFGFLSSDPTRNPGRKDFE

Entity 9 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein J
分子量 formula_weight	3470.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,j

GRIPLWVVGVVAGIGAIGVLGLFFYGAYAGLGSSM

Entity 10 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein K
分子量 formula_weight	5114.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,k

METIYLLAKLPEAYQIFDPLVDVLPVIPLFFLALAFVWQAAVGFK

Entity 11 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein L
分子量 formula_weight	4476.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,l

MDRNSNPNRQPVELNRTSLYLGLLLVAVLGILFSSYFFN

Entity 12 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein M
分子量 formula_weight	3910.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,m

MQVNNLGFIASILFVLVPTVFLLILFIQTGKQSES

Entity 13 polymer

描述 description	Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide
分子量 formula_weight	29939.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,o

MRFRPSIVALLSVCFGLLTFLYSGSAFAVDKSQLTYDDIVNTGLANVCPEISSFTRGTIEVEPNTKYFVSDFCMEPQEYFVKEEPVNKRQKAEYVKGKVLTRQTTSLEQIRGSIAVGADGTLTFKEKDGIDFQPITVLLPGGEEVPFFFTVKNFTGTTEPGFTSINSSTDFVGDFNVPSYRGAGFLDPKARGLYTGYDNAVALPSAADKFRTNKKETPLGKGTLSLQVTQVDGSTGEIAGIFESEQPSDTDLGAKEPLDVKVRGIFYGRVDTDV

Entity 14 polymer

描述 description	Sll1638 protein
分子量 formula_weight	16494.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,q

MSRLRSLLSLILVLVTTVLVSCSSPQVEIPTTYSPEKIAQLQVYVNPIAVARDGMEKRLQGLIADQNWVDTQTYIHGPLGQLRRDMLGLASSLLPKDQDKAKTLAKEVFGHLERLDAAAKDRNGSQAKIQYQEALADFDSFLNLLPQAS

Entity 15 polymer

描述 description	Photosystem II protein Y
分子量 formula_weight	4205.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R,r

MDWRVIVVVSPLLIAATWAAINIGAAAIRQLQDVLGREA

Entity 16 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein T
分子量 formula_weight	3571.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T,t

MESVAYILVLTMALAVLFFAIAFREPPRIEK

Entity 17 polymer

描述 description	Photosystem II 12 kDa extrinsic protein
分子量 formula_weight	14256.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U,u

MKFISRLLVACSLLIGLMGFLGADLAQALTPNPILAELNAVDAKLTTDFGQKIDLNNSDIRDFRGLRGFYPNLASEIIKNAPYDTVEEVLDIPGLSETQKSRLEANLGSFTVTEPSIELTSGDDRINPGVY

Entity 18 polymer

描述 description	Cytochrome c-550
分子量 formula_weight	17901.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	V,v

MKRFFLVAIASVLFFFNTMVGSANAVELTESTRTIPLDEAGGTTTLTARQFTNGQKIFVDTCTQCHLQGKTKTNNNVSLGLADLAGAEPRRDNVLALVEFLKNPKSYDGEDDYSELHPNISRPDIYPEMRNYTEDDIFDVAGYTLIAPKLDERWGGTIYF

Entity 19 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center X protein
分子量 formula_weight	4189.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,x

MTPSLANFLWSLVLGAAIVLIPATVGLIFISQKDKITRS

Entity 20 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Ycf12
分子量 formula_weight	4144.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y,y

MELLAALNLEPIFQLTFLGLIVLAGPAVVFVLAFRGGDL

Entity 21 polymer

描述 description	Photosystem II reaction center protein Z
分子量 formula_weight	6736.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z,z

MSIVFQIALAALVLFSFVMVVGVPVAYASPQNWDRSKPLLYLGSGIWAILVIVVALLNFLVV

Entity 22 non-polymer

描述 description	CA-MN4-O5 CLUSTER
分子量 formula_weight	339.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 23 non-polymer

描述 description	FE (II) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 24 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 25 non-polymer

描述 description	CHLOROPHYLL A
分子量 formula_weight	893.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	70

Entity 26 non-polymer

描述 description	PHEOPHYTIN A
分子量 formula_weight	871.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 27 non-polymer

描述 description	BETA-CAROTENE
分子量 formula_weight	536.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 28 non-polymer

描述 description	1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
分子量 formula_weight	787.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 29 non-polymer

描述 description	;2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE ;
分子量 formula_weight	749.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 30 non-polymer

描述 description	1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL
分子量 formula_weight	795.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 31 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	62

Entity 32 non-polymer

描述 description	BICARBONATE ION
分子量 formula_weight	61.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 33 non-polymer

描述 description	1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
分子量 formula_weight	723.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

Entity 34 non-polymer

描述 description	DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
分子量 formula_weight	949.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

Entity 35 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 36 non-polymer

描述 description	(3R)-beta,beta-caroten-3-ol
分子量 formula_weight	552.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 37 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Entity 38 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1016

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7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.99 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	72628

fit	/app/data/saxs_computation/ph/9phw/9phw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ph/9phw/9phw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ph/9phw/9phw.dat

Structure of the D1-Val185Asn mutated photosystem II complex with slow O-O bond formation reveals changes in the Cl1 water channel

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (38)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

Entity 16 polymer

聚合体 Polymer

Entity 17 polymer

聚合体 Polymer

Entity 18 polymer

聚合体 Polymer

Entity 19 polymer

聚合体 Polymer

Entity 20 polymer

聚合体 Polymer

Entity 21 polymer

聚合体 Polymer

Entity 22 non-polymer

Entity 23 non-polymer

Entity 24 non-polymer

Entity 25 non-polymer

Entity 26 non-polymer

Entity 27 non-polymer

Entity 28 non-polymer

Entity 29 non-polymer

Entity 30 non-polymer

Entity 31 non-polymer

Entity 32 non-polymer

Entity 33 non-polymer

Entity 34 non-polymer

Entity 35 non-polymer

Entity 36 non-polymer

Entity 37 non-polymer

Entity 38 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)