SAXSdb — 9pln

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-2A adrenergic receptor

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 R； UniProt 2–465	未记录	A1CIU N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.5；CHS was solubilized in LMNG and GDN prior to diluting into buffers. cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9PLN	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HLL NMR STRUCTURE OF T3-I2, A 32 RESIDUE PEPTIDE FROM THE ALPHA-2A ADRENERGIC RECEPTOR 提交 2000-12-01	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–149（32 aa）片段：SECOND INTRACELLULAR LOOP T3-I2 (RESIDUES 118-149)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NaCl NMR样品组成 0.9 mM T3-I2 natural abundance; 460 mM D38-dodecylphosphocholine, 50 mM NaCl, 10 mM NaH2PO4, pH 4.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM T3-I2 natural abundance; 460 mM D38 dodecylphosphocholine, 50 mM NaCl, 10 mM NaH2PO4, pH 4.5 \| 100% D2O	分辨率未提供
1HO9 BEST 20 NMR CONFORMERS OF D130I MUTANT T3-I2, A 32 RESIDUE PEPTIDE FROM THE ALPHA 2A ADRENERGIC RECEPTOR 提交 2000-12-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–149（32 aa）片段：SECOND INTRACELLULAR LOOP (RESIDUES 118-149)	突变：D130I	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NACL NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NMR样品组成 0.9 mM PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 100% D20	分辨率未提供
1HOD NMR STRUCTURE OF D130I MUTANT T3-I2, A 32 RESIDUE PEPTIDE FROM THE ALPHA 2A ADRENERGIC RECEPTOR 提交 2000-12-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–149（32 aa）片段：SECOND INTRACELLULAR LOOP (RESIDUES 118-149)	突变：D130I	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NACL NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NMR样品组成 0.9 mM PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 100 % D20	分辨率未提供
1HOF NMR STRUCTURE OF T3-I2, A 32 RESIDUE PEPTIDE FROM THE ALPHA-2A ADRENERGIC RECEPTOR 提交 2000-12-10	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 118–149（32 aa）片段：SECOND INTRACELLULAR LOOP (RESIDUES 118-149)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NACL NMR测量条件 pH 4.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM NMR样品组成 0.9 MM T3-I2 PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 MM T3-I2 PEPTIDE NATURAL ABUNDANCE; 460 mM D38- DODECYLPHOSPHOCHOLINE, 50 mM NACL, 10 mM NAH2PO4, PH 4.5 \| 100% D2O	分辨率未提供
6K42 cryo-EM structure of alpha2BAR-Gi1 complex 提交 2019-05-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–27（27 aa）	未记录	CZX 4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
7EJ0 Structure of the alpha2A-adrenergic receptor GoA signaling complex 提交 2021-04-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	E5E Noradrenaline × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7EJ8 Structure of the alpha2A-adrenergic receptor GoA signaling complex bound to brimonidine 提交 2021-04-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	J59 Brimonidine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7EJA Structure of the alpha2A-adrenergic receptor GoA signaling complex bound to dexmedetomidine 提交 2021-04-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	CZX 4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7EJK Structure of the alpha2A-adrenergic receptor GoA signaling complex bound to oxymetazoline 提交 2021-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	J5C Oxymetazoline × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7W6P Cryo-EM structure of the alpha2A adrenergic receptor GoA signaling complex bound to a G protein biased agonist 提交 2021-12-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	W96 N-pyridin-4-ylisoquinolin-4-amine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.47 Å
7W7E Cryo-EM structure of the alpha2A adrenergic receptor GoA signaling complex bound to a biased agonist 提交 2021-12-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 1–465（465 aa）	未记录	W58 5-(3-bicyclo[4.2.0]octa-1,3,5-trienyl)-1,2,3,6-tetrahydropyridine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
9CBL Cryo-EM structure of epinephrine-bound alpha-2A-adrenergic receptor in complex with heterotrimeric Gi-protein 提交 2024-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 35–242（208 aa）链 R 380–460（81 aa）	未记录	ALE L-EPINEPHRINE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
9CBM Cryo-EM structure of dexmedetomidine-bound alpha-2A-adrenergic receptor in complex with heterotrimeric Gi-protein 提交 2024-06-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 35–242（208 aa）链 R 380–460（81 aa）	未记录	CZX 4-[(1~{S})-1-(2,3-dimethylphenyl)ethyl]-1~{H}-imidazole × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
9IQR Cryo-EM structure of MT3-alpha2AAR 提交 2024-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 38–241（204 aa）链 B 379–456（78 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.40 Å
9PLO Structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine (compound 4905) 提交 2025-07-15	聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 R 2–465（464 aa）	未记录	A1CIU N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；CHS was solubilized in LMNG and GDN prior to diluting into buffers. cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.74 Å
9PQD Locally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and compound Z7149 提交 2025-07-22	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 R 2–465（464 aa）	未记录	A1CIZ (6M)-1-methyl-6-(1,2,5,6-tetrahydropyridin-3-yl)-1H-indole × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer was supplemented with 0.01 mM compound Z7149 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.29 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADA2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 28–491； UniProt 2–465

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9pln
沉积日期 deposition_date	2025-07-15
结构标题 title	Locally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine (compound 4905)
关键词 keywords	Receptor, Drug, Complex, GPCR, G-protein, scFv16, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.94 Å
零角强度 I(0) i0	25929300.00
分子量 molecular_weight	27810.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27918 Å³
包络体积 envelope_volume	44879 Å³
水化壳体积 shell_volume	19272 Å³
包络直径 envelope_diameter	72.1 Å
壳层 Rg shell_rg	26.09 Å
包络 Rg envelope_rg	20.37 Å
形状 Rg shape_rg	19.88 Å
总 Rg total_rg	20.74 Å
总原子数 total_atoms	2136
残基数 n_residues	266
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.0 Å
Rg (实空间) rg_real	20.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.7440e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.89 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	25930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8728
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.358
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.280
角度范围 angular_range	— – 0.3800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2348000.0000
实空间数据点数 n_real_points	70
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.801; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.957

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Alpha-2A adrenergic receptor
分子量 formula_weight	53643.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	2136

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDASIDFRQEQPLAEGSFAPMGSLQPDAGNASWNGTEAPGGGARATPYSLQVTLTLVCLAGLLMLLTVFGNVLVIIAVFTSRALKAPQNLFLVSLASADILVATLVIPFSLANEVMGYWYFGKAWCEIYLALDVLFCTSSIVHLCAISLDRYWSITQAIEYNLKRTPRRIKAIIITVWVISAVISFPPLISIEKKGGGGGPQPAEPRCEINDQKWYVISSCIGSFFAPCLIMILVYVRIYQIAKRRTRVPPSRRGPDAVAAPPGGTERRPNGLGPERSAGPGGAEAEPLPTQLNGAPGEPAPAGPRDTDALDLEESSSSDHAERPPGPRRPERGPRGKGKARASQVKPGDSLPRRGPGATGIGTPAAGPGEERVGAAKASRWRGRQNREKRFTFVLAVVIGVFVVCWFPFFFTYTLTAVGCSVPRTLFKFFFWFGYCNSSLNPVIYTIFNHDFRRAFKKILCRGDRKRIV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine
分子量 formula_weight	234.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	323827

fit	/app/data/saxs_computation/pl/9pln/9pln.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pl/9pln/9pln.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pl/9pln/9pln.dat

Locally-refined structure of alpha2a adrenergic receptor in complex with Go heterotrimer, scFv16, and N-(5-methylnaphthalen-1-yl)pyridin-4-amine (compound 4905)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Alpha-2A adrenergic receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)