9pn0

Structure of HTTQ23-HAP40 complex bound to macrocycles HHD3, HD4 and HL2

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 150.2 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Huntingtin

Homo sapiens

UniProt P42858

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–3142 未记录 HD4 × 1 HHD3 × 1 HL2 × 1 40-kDa huntingtin-associated protein × 1 (P23610) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 30 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HD_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–3144; UniProt 1–3142

40-kDa huntingtin-associated protein

Homo sapiens

UniProt P23610

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–371 未记录 HD4 × 1 HHD3 × 1 HL2 × 1 Huntingtin × 1 (P42858) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.30 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HAP40_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 19–389; UniProt 1–371

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9pn0

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9pn0
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9pn0
沉积日期 deposition_date2025-07-18
结构标题 titleStructure of HTTQ23-HAP40 complex bound to macrocycles HHD3, HD4 and HL2
关键词 keywordsHuntingtin, Macrocycles, Polyglutamine expansion, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.56
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.12
零角强度 I(0) i01143810000.00
分子量 molecular_weight290340.0 kDa
排除体积 excluded_volume367680 ų
包络体积 envelope_volume501680 ų
水化壳体积 shell_volume88546 ų
包络直径 envelope_diameter153.1
壳层 Rg shell_rg52.62
包络 Rg envelope_rg45.18
形状 Rg shape_rg46.13
总 Rg total_rg46.34
总原子数 total_atoms41230
残基数 n_residues2593
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax150.2
Rg (实空间) rg_real46.40
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00
I(0) (实空间) i0_real1.1440e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0440e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.56
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1144000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6857
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary57.4
偏度 Skewness skewness0.223
峰度 Kurtosis kurtosis-0.486
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha125500000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.905; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.868

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)