8r2o

Huntingtin-Q17, 1-66, N-MBP fusion

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 146.1 Å Quality: REASONABLE

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8r2o
沉积日期 deposition_date	2023-11-07
结构标题 title	Huntingtin-Q17, 1-66, N-MBP fusion
关键词 keywords	HUNTINGTIN, HTT-EX1, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.09 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.84 Å
零角强度 I(0) i0	119171000.00
分子量 molecular_weight	92188.0 kDa
排除体积 excluded_volume	116270 Å³
包络体积 envelope_volume	158530 Å³
水化壳体积 shell_volume	30792 Å³
包络直径 envelope_diameter	141.2 Å
壳层 Rg shell_rg	46.42 Å
包络 Rg envelope_rg	44.34 Å
形状 Rg shape_rg	45.83 Å
总 Rg total_rg	45.90 Å
总原子数 total_atoms	6514
残基数 n_residues	833
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	146.1 Å
Rg (实空间) rg_real	45.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1920e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0300e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	119100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6345
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	29.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.176
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11540000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.136; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.147; Smooth: 0.689

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

描述 description	Maltodextrin-binding protein,Huntingtin, myristoylated N-terminal fragment
分子量 formula_weight	48574.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6514

MGMKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAGSENLYFQGMATLEKLMKAFESLKSFQQQQQQQQQQQQQQQQQPPPPPPPPPPPQLPQPPPQAQPLLPQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 branched

描述 description	alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	278.619 Å
晶胞边长 b length_b	278.619 Å
晶胞边长 c length_c	278.619 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	F 2 3
空间群编号 int_tables_number	196
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.230 Å
最低分辨率 resolution_low	47.140 Å
R 因子 r_factor	0.1676
R_work r_work	0.1665
R_free r_free	0.2376

fit	/app/data/saxs_computation/r2/8r2o/8r2o.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r2/8r2o/8r2o.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r2/8r2o/8r2o.dat

Huntingtin-Q17, 1-66, N-MBP fusion

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (2)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 branched

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)