8dx4

Clostridioides difficile R20291 minor pilin - PilW fused with Maltose Binding Protein

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 140.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dx4
沉积日期 deposition_date	2022-08-02
结构标题 title	Clostridioides difficile R20291 minor pilin - PilW fused with Maltose Binding Protein
关键词 keywords	Membrane Bound Protein, Pilin, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	44.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	43.72 Å
零角强度 I(0) i0	638591000.00
分子量 molecular_weight	215580.0 kDa
排除体积 excluded_volume	272740 Å³
包络体积 envelope_volume	383140 Å³
水化壳体积 shell_volume	72428 Å³
包络直径 envelope_diameter	151.4 Å
壳层 Rg shell_rg	49.75 Å
包络 Rg envelope_rg	42.10 Å
形状 Rg shape_rg	43.72 Å
总 Rg total_rg	44.04 Å
总原子数 total_atoms	15220
残基数 n_residues	1984
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	140.8 Å
Rg (实空间) rg_real	44.08 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.09 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.3860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	44.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	638700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8969
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	54.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.131
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.495
角度范围 angular_range	— – 0.1800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	37
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.908

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Maltodextrin-binding protein,Putative pilin protein
分子量 formula_weight	56031.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	15965

MKIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPAAAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYAAGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSAVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEEELAKDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAAKNIEKAKIAKLEADISAIKSASLSYYADESKYTDGGMISWVKKDGKIIINGGFKDDPLADKIENLGMPYNGSYLLMSSPGHEKYLELSILPEGEISKSGLDKLKNDYGNLIDITNDQNKINIVIKLLNNKSNTLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Clostridioides difficile R20291
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	645463
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

Entity 3 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 4 non-polymer

描述 description	TRIETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	150.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	625

▶

7. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	65.326 Å
晶胞边长 b length_b	81.796 Å
晶胞边长 c length_c	102.964 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	92.44 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	113.37 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.487 Å
最低分辨率 resolution_low	39.735 Å
R 因子 r_factor	0.1879
R_work r_work	0.1864
R_free r_free	0.2182

fit	/app/data/saxs_computation/dx/8dx4/8dx4.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dx/8dx4/8dx4.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dx/8dx4/8dx4.dat