9pw6

Myeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) complexed with compound 8

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 73.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Induced myeloid leukemia cell differentiation protein Mcl-1

Homo sapiens

UniProt Q07820

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 170–321 未记录 A1CL3 7-[(4R,5S,6P)-7-chloro-10-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-4-methyl-1-oxo-6-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-a]indol-2(1H)-yl]-1-(2-methoxyethyl)-5-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;25-30% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5, 0.2 M MgCl2 分辨率 2.07 Å R-free 0.258
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 170–321 未记录 A1CL3 7-[(4R,5S,6P)-7-chloro-10-[3-(4-chloro-3,5-dimethylphenoxy)propyl]-4-methyl-1-oxo-6-(1,3,5-trimethyl-1H-pyrazol-4-yl)-3,4-dihydropyrazino[1,2-a]indol-2(1H)-yl]-1-(2-methoxyethyl)-5-methyl-1H-indole-2-carboxylic acid × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.5;291 K;25-30% PEG 3350, 0.1 M Bis-TRIS pH 6.5, 0.2 M MgCl2 分辨率 2.07 Å R-free 0.258

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 141 个其他 PDB 条目、284 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–152; UniProt 170–321 作者链 B; PDB构建体 1–152; UniProt 170–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9pw6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9pw6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9pw6
沉积日期 deposition_date2025-08-04
最后修订 last_revision2025-09-17
结构标题 titleMyeloid cell leukemia-1 (Mcl-1) complexed with compound 8
关键词 keywordsMcl-1, cancer, drug discovery, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.37
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.81
零角强度 I(0) i041896400.00
分子量 molecular_weight33311.0 kDa
排除体积 excluded_volume32050 ų
包络体积 envelope_volume53506 ų
水化壳体积 shell_volume20885 ų
包络直径 envelope_diameter73.3
壳层 Rg shell_rg27.89
包络 Rg envelope_rg21.72
形状 Rg shape_rg21.81
总 Rg total_rg22.37
总原子数 total_atoms2525
残基数 n_residues301
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.2
Rg (实空间) rg_real22.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.56
I(0) (实空间) i0_real4.1900e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.37
I(0) (倒空间) i0_reciprocal41900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8913
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.3
偏度 Skewness skewness0.338
峰度 Kurtosis kurtosis-0.475
角度范围 angular_range— – 0.3550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9194000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.867; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)