SAXSdb — 9qgn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DUF4255 domain-containing protein

Photorhabdus luminescens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Phage tail protein × 12 （A0A6L9JSR5） Phage tail sheath family protein × 6 （A0A6L9JN00）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6L9JUZ8_PHOLM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 B； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 C； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 D； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 E； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300 作者链 F； PDB构建体 1–300； UniProt 1–300

Phage tail protein

Photorhabdus luminescens

UniProt A0A6L9JSR5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	DUF4255 domain-containing protein × 6 （A0A6L9JUZ8） Phage tail sheath family protein × 6 （A0A6L9JN00）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6L9JSR5_PHOLM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 1A； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 1B； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 1C； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 1D； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 1E； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 1F； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 1G； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 1H； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 1I； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 1J； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 1K； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149 作者链 1L； PDB构建体 1–149； UniProt 1–149

Phage tail sheath family protein

Photorhabdus luminescens

UniProt A0A6L9JN00

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	DUF4255 domain-containing protein × 6 （A0A6L9JUZ8） Phage tail protein × 12 （A0A6L9JSR5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A6L9JN00_PHOLM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 2A； PDB构建体 1–354； UniProt 1–354 作者链 2B； PDB构建体 1–354； UniProt 1–354 作者链 2C； PDB构建体 1–354； UniProt 1–354 作者链 2D； PDB构建体 1–354； UniProt 1–354 作者链 2E； PDB构建体 1–354； UniProt 1–354 作者链 2F； PDB构建体 1–354； UniProt 1–354

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9qgn
沉积日期 deposition_date	2025-03-14
结构标题 title	Cryo-EM structure of the PlPVC1 cap, 6-fold symmetrized (C6), in extended state
关键词 keywords	Contractile injection system, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9qgn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9qgn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9qgn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	57.05 Å
Rg（电子密度）	56.28 Å
总 Rg	56.59 Å
原子数	43476
残基数	5562
排除体积	775180 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9qgn__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DUF4255 domain-containing protein
分子量 formula_weight	33299.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	43476

MTIIIASDNAIIEINQALNTILSQYLNITGQNIDIRFDLPEINSIQSEPTVSVFLYEIHEDLQLRSAESRRYNPSTNTLLPGWVNINCNYLITYWDASKPSSDSSSPDSQPNNQAAQVMTRILNALINNRQLTGLPGAYTRIIPQQENLNSLGNFWQALGNRPRLSLLYSITVPMKLKNIEDNVIPVSKISASVDQKPNLDNSQINQALIDKLCVELGGTEDVRLALAKVNLTTKPDTENNQNQENESVIVEVSGITSVTYLPQIKDTLTKWKSSQEAIVKINGVSIVVSKENADKLIGI

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus luminescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29488
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Phage tail protein
分子量 formula_weight	16574.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1A,1B,1C,1D,1E,1F,1G,1H,1I,1J,1K,1L

MAITPEQIAVEYPIPTYRFVVSVGDEQIPFNNVSGLDVHYDVIEYKDGIGNYYKMPGQRQSINITLRKGVFPGDTKLFDWINSIQLNQVEKKDIAISLTNEAGTEILMTWNVANAFPTSFTSPSFDATSNEIAVQEIALTADRVTIQAA

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus luminescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29488
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Phage tail sheath family protein
分子量 formula_weight	39009.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2A,2B,2C,2D,2E,2F

MTTITTYPGVYIEEDASLSLSVSSSATAVPVFAVAGDNPLISGKPYIRISNWLEYLTLKNEQFDPANTLDISLRAYFINGGGYCYLVQTTDLEKQVPKLDDVTLLVAAGENITTAVSTLCKPGKGLFAIFDGPTTELKSDGTSNSDYDPNPFAAVYYPWLTADWTTTIDIPPSAAIAGVYCSVDSTRGVWKAPANVPIQGGLQPKYPVTDDLQAQYNQGKALNMIRTFPKSGTLVWGARTLEDNDNWRYIPVRRLFNSAERDIKNAMSFAVFEPNSQPTWERVRSAVNNYLYSLWQQGGLAGNKPDDAYFVQIGKDITMTDDDIKQGKMIIKIGMAAVRPAEFIILQFTQNTAQ

来源 Source

来源生物 organism	Photorhabdus luminescens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	29488
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.46 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	57353

Cryo-EM structure of the PlPVC1 cap, 6-fold symmetrized (C6), in extended state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DUF4255 domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phage tail protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phage tail sheath family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qgn__assembly_1__model_1

9qgn__assembly_1__model_1 | I(q)

9qgn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the PlPVC1 cap, 6-fold symmetrized (C6), in extended state

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DUF4255 domain-containing protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phage tail protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phage tail sheath family protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9qgn__assembly_1__model_1

9qgn__assembly_1__model_1 | I(q)

9qgn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)