SAXSdb — 9r2e

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant alpha 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 P； UniProt 123–335 链 Q； UniProt 123–335	未记录	ARGX-121 Fab fragment heavy chain × 2 ARGX-121 Fab fragment light chain × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 5 MG MAGNESIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；16% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) Glycerol, 0.16 M MgAcetate, 0.08 M Na Cacodylate pH 6.50	分辨率 2.54 Å R-free 0.252

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9R2E	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1IGA MODEL OF HUMAN IGA1 DETERMINED BY SOLUTION SCATTERING CURVE-FITTING AND HOMOLOGY MODELLING 提交 1998-12-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–353（353 aa）片段：CHAINS A AND B, HEAVY, CHAINS C AND D, LIGHT 链 B 1–353（353 aa）片段：CHAINS A AND B, HEAVY, CHAINS C AND D, LIGHT	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1OW0 Crystal structure of human FcaRI bound to IgA1-Fc 提交 2003-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 122–335（214 aa）片段：Fc region 链 B 122–335（214 aa）片段：Fc region	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；magnesium sulfate heptahydrate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 3.10 Å R-free 0.284
1OW0 Crystal structure of human FcaRI bound to IgA1-Fc 提交 2003-03-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 122–335（214 aa）片段：Fc region 链 B 122–335（214 aa）片段：Fc region	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；296 K；magnesium sulfate heptahydrate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K	分辨率 3.10 Å R-free 0.284
2QEJ Crystal structure of a Staphylococcus aureus protein (SSL7) in complex with Fc of human IgA1 提交 2007-06-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：pentameric	链 A 123–336（214 aa）片段：FC REGION 链 B 123–336（214 aa）片段：FC REGION	未记录	GOL GLYCEROL × 5 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；291 K；12% PEG 8000, 66 mM sodium cacodylate pH 6.5, 130 mM calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.312
2QTJ Solution structure of human dimeric immunoglobulin A 提交 2007-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–475（475 aa）链 B 1–475（475 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2QTJ Solution structure of human dimeric immunoglobulin A 提交 2007-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–475（475 aa）链 D 1–475（475 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
3CHN Solution structure of human secretory IgA1 提交 2008-03-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 1–353（353 aa）链 B 1–353（353 aa）链 C 1–353（353 aa）链 D 1–353（353 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
6LX3 Cryo-EM structure of human secretory immunoglobulin A 提交 2020-02-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 122–353（232 aa）链 B 122–353（232 aa）链 C 122–353（232 aa）链 D 122–353（232 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.15 Å
6LXW Cryo-EM structure of human secretory immunoglobulin A in complex with the N-terminal domain of SpsA 提交 2020-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 122–353（232 aa）链 B 122–353（232 aa）链 C 122–353（232 aa）链 D 122–353（232 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.27 Å
6UE7 Structure of dimeric sIgA complex 提交 2019-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 123–353（231 aa）片段：UNP residues 123-353 链 B 123–353（231 aa）片段：UNP residues 123-353 链 F 123–353（231 aa）片段：UNP residues 123-353 链 G 123–353（231 aa）片段：UNP residues 123-353	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
6XJA Streptococcus Pneumoniae IgA1 Protease with IgA1 substrate 提交 2020-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 122–331（210 aa）链 B 122–331（210 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7；20 mM Hepes, pH 7 150 mM NaCl cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7UVL IgA1 Protease with IgA1 substrate 提交 2022-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 123–331（209 aa）链 B 123–331（209 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.56 Å
8SKU Structure of human SIgA1 in complex with human CD89 (FcaR1) 提交 2023-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–353（353 aa）链 B 1–353（353 aa）链 C 1–353（353 aa）链 D 1–353（353 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
8SKV Structure of human SIgA1 in complex with Streptococcus pyogenes protein M4 (Arp4) 提交 2023-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–353（353 aa）链 B 1–353（353 aa）链 C 1–353（353 aa）链 D 1–353（353 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
9MBZ Cryo-EM structure of human FcRL4 bound to IgA-Fc/J 提交 2025-03-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 122–353（232 aa）链 B 122–353（232 aa）链 C 122–353（232 aa）链 D 122–353（232 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å
9OFR CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN IGA1 FC FRAGMENT-FC-ALPHA RECEPTOR (CD89) COMPLEX 提交 2025-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 123–335（213 aa）片段：FC fragment, UNP residues 123-335 链 B 123–335（213 aa）片段：FC fragment, UNP residues 123-335	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；0.15M sodium chloride 0.1M Tris-HCl pH 8.0 8% PEG 6000	分辨率 2.65 Å R-free 0.264
9OFR CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN IGA1 FC FRAGMENT-FC-ALPHA RECEPTOR (CD89) COMPLEX 提交 2025-04-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 123–335（213 aa）片段：FC fragment, UNP residues 123-335 链 G 123–335（213 aa）片段：FC fragment, UNP residues 123-335	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；294 K；0.15M sodium chloride 0.1M Tris-HCl pH 8.0 8% PEG 6000	分辨率 2.65 Å R-free 0.264

共 14 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGHA1_HUMAN
Isoform	P01876-1
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–213； UniProt 123–335 作者链 Q； PDB构建体 1–213； UniProt 123–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9r2e
沉积日期 deposition_date	2025-04-30
最后修订 last_revision	2025-05-14
结构标题 title	Structure of ARGX-121 Fab fragment in complex with the Fc fragment of IgA1
关键词 keywords	Antibody, immune system, IgA mediated autoimmunity, immunoglobulin, PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	48.93 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.11 Å
零角强度 I(0) i0	286749000.00
分子量 molecular_weight	137470.0 kDa
排除体积 excluded_volume	171460 Å³
包络体积 envelope_volume	250300 Å³
水化壳体积 shell_volume	47226 Å³
包络直径 envelope_diameter	187.3 Å
壳层 Rg shell_rg	45.26 Å
包络 Rg envelope_rg	50.30 Å
形状 Rg shape_rg	50.04 Å
总 Rg total_rg	50.11 Å
总原子数 total_atoms	9665
残基数 n_residues	1283
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	176.0 Å
Rg (实空间) rg_real	49.92 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8670e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.3650e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	48.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	286400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.5274
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.643
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.116
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.650; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.013; Positv: 1.000; Valcen: 0.528; Smooth: 0.335

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ARGX-121 Fab fragment heavy chain
分子量 formula_weight	25904.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H,A
原子数 atom_count	10097

MGWSCIILFLVATATGVHSEVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTSSNYLMSWVRQAPGKGLEWVSSIYHYGHNAYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCAKVDSAYDFGSWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSKSTSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKKVEPKSCDKTH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ARGX-121 Fab fragment light chain
分子量 formula_weight	24725.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L,B

MGWSCIILFLVATATGVHSQSVLTQPPSVSGAPGQRVTISCAGTSSDIGGRTYVSWYQQLPGTAPKLLIYKVTIRASGVPDRFSGSKSGTSASLAITGLQAEDEADYYCASHRSNNNIVFGGGTKLTVLGQPKAAPSVTLFPPSSEELQANKATLVCLISDFYPGAVTVAWKADSSPVKAGVETTTPSKQSNNKYAASSYLSLTPEQWKSHRSYSCQVTHEGSTVEKTVAPTECS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Cricetulus griseus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant alpha 1
分子量 formula_weight	23155.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

CHPRLSLHRPALEDLLLGSEANLTCTLTGLRDASGVTFTWTPSSGKSAVQGPPERDLCGCYSVSSVLPGCAEPWNHGKTFTCTAAYPESKTPLTATLSKSGNTFRPEVHLLPPPSEELALNELVTLTCLARGFSPKDVLVRWLQGSQELPREKYLTWASRQEPSQGTTTFAVTSILRVAAEDWKKGDTFSCMVGHEALPLAFTQKTIDRLAGK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	377

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	77.291 Å
晶胞边长 b length_b	232.312 Å
晶胞边长 c length_c	105.519 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.35 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.540 Å
最低分辨率 resolution_low	116.160 Å
R 因子 r_factor	0.2131
R_work r_work	0.2109
R_free r_free	0.2518

fit	/app/data/saxs_computation/r2/9r2e/9r2e.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r2/9r2e/9r2e.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r2/9r2e/9r2e.dat

Structure of ARGX-121 Fab fragment in complex with the Fc fragment of IgA1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 1 of Immunoglobulin heavy constant alpha 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)