SAXSdb — 9r9x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

Pepper mottle virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	同源多聚体	蛋白 36 RNA 36	;RNA (5'-R(PUPUPUPUP*U)-3') ; × 36	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_PEMVC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 Aa； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ac； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ae； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ag； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ai； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ak； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Am； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ao； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Aq； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 As； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Au； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Aw； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ay； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ba； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Bc； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Be； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Bg； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Bi； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Bk； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Bm； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Bo； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Bq； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Bs； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Bu； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Bw； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 By； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ca； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Cc； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ce； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Cg； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ci； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Ck； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Cm； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Co； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Cq； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068 作者链 Cs； PDB构建体 1–273； UniProt 2796–3068

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9r9x
沉积日期 deposition_date	2025-05-20
结构标题 title	ssRNA-containing helical virus-like particle composed of PepMoV coat protein
关键词 keywords	pepper mottle virus, virus-like particle, potyvirus, coat protein, helical, VIRUS LIKE PARTICLE; VIRUS LIKE PARTICLE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9r9x__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9r9x__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9r9x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	63.44 Å
Rg（电子密度）	63.62 Å
总 Rg	63.77 Å
原子数	68508
残基数	8280
排除体积	1202100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9r9x__assembly_1__model_1`	72-meric （72）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	30838.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	36

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Aa,Ac,Ae,Ag,Ai,Ak,Am,Ao,Aq,As,Au,Aw,Ay,Ba,Bc,Be,Bg,Bi,Bk,Bm,Bo,Bq,Bs,Bu,Bw,By,Ca,Cc,Ce,Cg,Ci,Ck,Cm,Co,Cq,Cs
原子数 atom_count	68508

SSSRSDTLDAGEEKKKNKEVATVSDGMGKKEVESTRDSDVNAGTVGTFTIPRIKSITEKMRMPKQKRKGVLNLAHLLEYKPSQVDISNTRSTQAQFDNWYCEVMKAYDLQEEAMGTVMNGLMVWCIENGTSPNISGTWTMMDGDEQVEFPLKPVIENAKPTFRQIMAHFSDVAEAYIEMRNKQEPYMPRYGLVRNLRDMGLARYAFDFYEVTSRTSTRAREAHIQMKAAALKSAQTRLFGLDGGIGTQGENTERHTTEDVSPDMHTLLGVREM

来源 Source

来源生物 organism	Pepper mottle virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12209
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(PUPUPUPUP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	1485.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	36

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Ab,Ad,Af,Ah,Aj,Al,An,Ap,Ar,At,Av,Ax,Az,Bb,Bd,Bf,Bh,Bj,Bl,Bn,Bp,Br,Bt,Bv,Bx,Bz,Cb,Cd,Cf,Ch,Cj,Cl,Cn,Cp,Cr,Ct

UUUUU

来源 Source

来源生物 organism	Pepper mottle virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12209
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.64 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36808

ssRNA-containing helical virus-like particle composed of PepMoV coat protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9r9x__assembly_1__model_1

9r9x__assembly_1__model_1 | I(q)

9r9x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

ssRNA-containing helical virus-like particle composed of PepMoV coat protein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9r9x__assembly_1__model_1

9r9x__assembly_1__model_1 | I(q)

9r9x__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)