9rbq

Semliki Forest virus trimer 1 in complex with ApoER2 LA5

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 191.7 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LDL receptor related protein 8,Ig gamma-2A chain C region, A allele

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 13 其他聚合物 9 PDB 声明：13-meric（13）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 202–254	未记录	Protein E3 × 3 （P0DJZ6） Structural polyprotein × 3 （A0A0F6PP03） Envelope glycoprotein E2 × 3 （P0DJZ6） Capsid protein × 3 （P0DJZ6） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	E9PKG2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–55； UniProt 202–254

LDL receptor related protein 8,Ig gamma-2A chain C region, A allele

Mus musculus

UniProt P01863

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 13 其他聚合物 9 PDB 声明：13-meric（13）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 99–330	未记录	Protein E3 × 3 （P0DJZ6） Structural polyprotein × 3 （A0A0F6PP03） Envelope glycoprotein E2 × 3 （P0DJZ6） Capsid protein × 3 （P0DJZ6） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9RBQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1GGI CRYSTAL STRUCTURE OF AN HIV-1 NEUTRALIZING ANTIBODY 50.1 IN COMPLEX WITH ITS V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN 提交 1993-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1GGI CRYSTAL STRUCTURE OF AN HIV-1 NEUTRALIZING ANTIBODY 50.1 IN COMPLEX WITH ITS V3 LOOP PEPTIDE ANTIGEN 提交 1993-04-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 1–107（107 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1IGT STRUCTURE OF IMMUNOGLOBULIN 提交 1996-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–326（326 aa）链 D 1–326（326 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；291 K；7 MICROLITERS OF 4.3 MG/ML MAB231, 3 MICROLITERS 50 MILLIMOLAR TRIS PH 8.0, AND 7 MICROLITERS 4% PEG 3350 EQUILIBRATED AGAINST 25 ML RESERVOIRS OF 4% PEG 3350, AT 18 DEGREE CELSIUS (SANDWICH PLATE)., temperature 291K	分辨率 2.80 Å R-free 0.297
1YEC STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) 提交 1997-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 PNB 4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.252
1YEC STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) 提交 1997-04-15	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 PNB 4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.252
1YEF STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) COMPLEXED WITH SUBSTRATE ANALOGUE 提交 1997-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 8 PNC PARA-NITROBENZYL GLUTARYL GLYCINIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
1YEG STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) COMPLEXED WITH REACTION PRODUCT 提交 1997-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 BPN PARANITROBENZYL ALCOHOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1YEG STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT (D2.3) COMPLEXED WITH REACTION PRODUCT 提交 1997-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7 BPN PARANITROBENZYL ALCOHOL × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 30% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1YEH STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT 提交 1997-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 35% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.55 Å R-free 0.231
1YEH STRUCTURE OF IGG2A FAB FRAGMENT 提交 1997-05-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；HANGING DROP METHOD. PRECIPITANT: 35% (W/V) PEG 600, 100MM CACODYLATE PH7.5, 40MM ZN ACETATE., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 2.55 Å R-free 0.231
3OZ9 Crystal Structure of anti-gp41 Fab NC-1 提交 2010-09-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；295 K；1.13M sodium citrate, 0.1M sodium borate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 1.60 Å R-free 0.233
3ZO0 Mouse IgG2a in complex with mouse TRIM21 PRYSPRY 提交 2013-02-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–327（208 aa）片段：FC, RESIDUES 120-327	未记录	MAN alpha-D-mannopyranose × 2 FUC alpha-L-fucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.99 Å R-free 0.253
5VAA Crystal structure of mouse IgG2a Fc T370K mutant 提交 2017-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 107–330（224 aa）片段：UNP residues 107-330 链 B 107–330（224 aa）片段：UNP residues 107-330	突变：T370K 突变：T370K	GOL GLYCEROL × 3 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；40% (w/v) PEG 200, 0.1 M MES, pH 6.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.195
8AQW BA.4/5 SARS-CoV-2 Spike bound to mouse ACE2 (local) 提交 2022-08-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 98–330（233 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 10 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GCAA_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 70–301； UniProt 99–330

Protein E3

Semliki Forest virus

UniProt P0DJZ6

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 13 其他聚合物 9 PDB 声明：13-meric（13）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 268–333 链 E； UniProt 268–333 链 F； UniProt 268–333 链 J； UniProt 334–755 链 K； UniProt 334–755 链 L； UniProt 334–755 链 M； UniProt 1–267 链 N； UniProt 1–267 链 O； UniProt 1–267	未记录	LDL receptor related protein 8,Ig gamma-2A chain C region, A allele × 1 （E9PKG2,P01863） Structural polyprotein × 3 （A0A0F6PP03） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9RBQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9KQR Cryo-EM Structure of Mature Semliki Forest Virus 提交 2024-11-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 b 334–755（422 aa）链 c 1–267（267 aa）链 e 334–755（422 aa）链 f 1–267（267 aa）链 h 334–755（422 aa）链 i 1–267（267 aa）链 k 334–755（422 aa）链 l 1–267（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
9RBR Semliki Forest virus trimer 2 in complex with ApoER2 LA5 提交 2025-05-27	聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 268–333（66 aa）链 E 268–333（66 aa）链 F 268–333（66 aa）链 J 334–755（422 aa）链 K 334–755（422 aa）链 L 334–755（422 aa）链 M 1–267（267 aa）链 N 1–267（267 aa）链 O 1–267（267 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLSF_SFV
Isoform	—
PDB实体	2, 4, 5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–66； UniProt 268–333 作者链 E； PDB构建体 1–66； UniProt 268–333 作者链 F； PDB构建体 1–66； UniProt 268–333 作者链 J； PDB构建体 1–422； UniProt 334–755 作者链 K； PDB构建体 1–422； UniProt 334–755 作者链 L； PDB构建体 1–422； UniProt 334–755 作者链 M； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267 作者链 N； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267 作者链 O； PDB构建体 1–267； UniProt 1–267

Structural polyprotein

Semliki Forest virus

UniProt A0A0F6PP03

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足异源复合物蛋白 × 13 其他聚合物 9 PDB 声明：13-meric（13）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 816–1253 链 H； UniProt 816–1253 链 I； UniProt 816–1253	未记录	LDL receptor related protein 8,Ig gamma-2A chain C region, A allele × 1 （E9PKG2,P01863） Protein E3 × 3 （P0DJZ6） Envelope glycoprotein E2 × 3 （P0DJZ6） Capsid protein × 3 （P0DJZ6） ;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 ;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 9RBQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
8UA8 Structure of Semliki Forest virus VLP in complex with VLDLR LA2 提交 2023-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 A 816–1253（438 aa）链 E 816–1253（438 aa）链 I 816–1253（438 aa）链 M 816–1253（438 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8X0K Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(2-fold) 提交 2023-11-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 16 PDB 声明：16-meric	链 C 816–1253（438 aa）链 G 816–1253（438 aa）链 K 816–1253（438 aa）链 O 816–1253（438 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 CA CALCIUM ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8X0L Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(3-fold) 提交 2023-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：12-meric	链 C 816–1253（438 aa）链 G 816–1253（438 aa）链 K 816–1253（438 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8X0M Cryo-EM structure of Semliki Forest virus in complex with its receptor VLDLR(5-fold) 提交 2023-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：11-meric	链 C 816–1253（438 aa）链 G 816–1253（438 aa）链 K 816–1253（438 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9RBR Semliki Forest virus trimer 2 in complex with ApoER2 LA5 提交 2025-05-27	聚集状态不同配体/离子不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 G 816–1253（438 aa）链 H 816–1253（438 aa）链 I 816–1253（438 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.70 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A0F6PP03_SFV
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–438； UniProt 816–1253 作者链 H； PDB构建体 1–438； UniProt 816–1253 作者链 I； PDB构建体 1–438； UniProt 816–1253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rbq
沉积日期 deposition_date	2025-05-27
结构标题 title	Semliki Forest virus trimer 1 in complex with ApoER2 LA5
关键词 keywords	Semliki Forest virus, SFV, ApoER2 receptor, localized reconstruction, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	61.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	60.90 Å
零角强度 I(0) i0	1964590000.00
分子量 molecular_weight	364950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	453440 Å³
包络体积 envelope_volume	755090 Å³
水化壳体积 shell_volume	103890 Å³
包络直径 envelope_diameter	190.5 Å
壳层 Rg shell_rg	63.34 Å
包络 Rg envelope_rg	58.79 Å
形状 Rg shape_rg	60.81 Å
总 Rg total_rg	61.25 Å
总原子数 total_atoms	25585
残基数 n_residues	3267
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	191.7 Å
Rg (实空间) rg_real	61.28 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9650e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.0710e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	61.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1965000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6150
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	66.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.212
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.613
角度范围 angular_range	— – 0.1300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	76310000.0000
实空间数据点数 n_real_points	27
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.973; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LDL receptor related protein 8,Ig gamma-2A chain C region, A allele
分子量 formula_weight	33306.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	25585

GSADPACGPREFRCGGDGGGACIPERWVCDRQFDCEDRSDEAAELCGRPGPGATSAPAAGSLEVLFQGPPRGPTIKPCPPCKCPAPNLLGGPSVFIFPPKIKDVLMISLSPIVTCVVVDVSEDDPDVQISWFVNNVEVHTAQTQTHREDYNSTLRVVSALPIQHQDWMSGKEFKCKVNNKDLPAPIERTISKPKGSVRAPQVYVLPPPEEEMTKKQVTLTCMVTDFMPEDIYVEWTNNGKTELNYKNTEPVLDSDGSYFMYSKLRVEKKNWVERNSYSCSVVHEGLHNHHTTKSFSRTPGK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein E3
分子量 formula_weight	7384.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

SAPLITAMCVLANATFPCFQPPCVPCCYENNAEATLRMLEDNVDRPGYYDLLQAALTCRNGTRHRR

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Structural polyprotein
分子量 formula_weight	47489.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I

YEHSTVMPNVVGFPYKAHIERPGYSPLTLQMQVVETSLEPTLNLEYITCEYKTVVPSPYVKCCGASECSTKEKPDYQCKVYTGVYPFMWGGAYCFCDSENTQLSEAYVDRSDVCRHDHASAYKAHTASLKAKVRVMYGNVNQTVDVYVNGDHAVTIGGTQFIFGPLSSAWTPFDNKIVVYKDEVFNQDFPPYGSGQPGRFGDIQSRTVESNDLYANTALKLARPSPGMVHVPYTQTPSGFKYWLKEKGTALNTKAPFGCQIKTNPVRAMNCAVGNIPVSMNLPDSAFTRIVEAPTIIDLTCTVATCTHSSDFGGVLTLTYKTDKNGDCSVHSHSNVATLQEATAKVKTAGKVTLHFSTASASPSFVVSLCSARATCSASCEPPKDHIVPYAASHSNVVFPDMSGTALSWVQKISGGLGAFAIGAILVLVVVTCIGLRR

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein E2
分子量 formula_weight	46870.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,K,L

SVSQHFNVYKATRPYIAYCADCGAGHSCHSPVAIEAVRSEATDGMLKIQFSAQIGIDKSDNHDYTKIRYADGHAIENAVRSSLKVATSGDCFVHGTMGHFILAKCPPGEFLQVSIQDTRNAVRACRIQYHHDPQPVGREKFTIRPHYGKEIPCTTYQQTTAKTVEEIDMHMPPDTPDRTLLSQQSGNVKITVGGKKVKYNCTCGTGNVGTTNSDMTINTCLIEQCHVSVTDHKKWQFNSPFVPRADEPARKGKVHIPFPLDNITCRVPMAREPTVIHGKREVTLHLHPDHPTLFSYRTLGEDPQYHEEWVTAAVERTIPVPVDGMEYHWGNNDPVRLWSQLTTEGKPHGWPHQIVQYYYGLYPAATVSAVVGMSLLALISIFASCYMLVAARSKCLTPYALTPGAAVPWTLGILCCAPRAHA

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Capsid protein
分子量 formula_weight	29920.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.90
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O

MNYIPTQTFYGRRWRPRPAARPWPLQATPVAPVVPDFQAQQMQQLISAVNALTMRQNAIAPARPPKPKKKKTTKPKPKTQPKKINGKTQQQKKKDKQADKKKKKPGKRERMCMKIENDCIFEVKHEGKVTGYACLVGDKVMKPAHVKGVIDNADLAKLAFKKSSKYDLECAQIPVHMRSDASKYTHEKPEGHYNWHHGAVQYSGGRFTIPTGAGKPGDSGRPIFDNKGRVVAIVLGGANEGSRTALSVVTWNKDMVTRVTPEGSEEW

来源 Source

来源生物 organism	Semliki Forest virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11033
宿主生物 host_organism	Mesocricetus auratus

实体 6 Entity 6 branched

描述 description	;beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	748.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	627.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 branched

描述 description	;2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	830.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	2344552

fit	/app/data/saxs_computation/rb/9rbq/9rbq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rb/9rbq/9rbq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rb/9rbq/9rbq.dat

Semliki Forest virus trimer 1 in complex with ApoER2 LA5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LDL receptor related protein 8,Ig gamma-2A chain C region, A allele

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

LDL receptor related protein 8,Ig gamma-2A chain C region, A allele

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein E3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Structural polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 branched

实体 7 Entity 7 branched

实体 8 Entity 8 branched

实体 9 Entity 9 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)