9re2

Crystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F058

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.8 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit alpha

Cricetulus griseus

UniProt P25321

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–351 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 A1JE1 (1~{S},2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-2-azanyl-4-morpholin-4-yl-6,8-dioxabicyclo[3.2.1]octan-3-ol × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;277 K;100 mM Mes/Bis-Tris, 75 mM lithium chloride, 1 mM DTT, 0.1 mM sodium EDTA, 0.25 mM Mega 8, 23% v/v methanol/water in reservoir 分辨率 1.68 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 158 个其他 PDB 条目、158 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_CRIGR
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 3–353; UniProt 1–351

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9re2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9re2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9re2
沉积日期 deposition_date2025-06-03
结构标题 titleCrystal Structure of the Protein-Kinase A catalytic subunit from Cricetulus griseus in complex with F058
关键词 keywordsserine-threonine kinase, small molecules, ligand binding, fragment-based drug discovery, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.18
零角强度 I(0) i045429700.00
分子量 molecular_weight35747.0 kDa
排除体积 excluded_volume35007 ų
包络体积 envelope_volume57392 ų
水化壳体积 shell_volume23341 ų
包络直径 envelope_diameter69.3
壳层 Rg shell_rg26.98
包络 Rg envelope_rg20.32
形状 Rg shape_rg20.13
总 Rg total_rg20.92
总原子数 total_atoms2715
残基数 n_residues336
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.8
Rg (实空间) rg_real21.11
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.37
I(0) (实空间) i0_real4.5430e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.0930e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.13
I(0) (倒空间) i0_reciprocal45430000.0000
解质量估计 total_estimate0.6466
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.1
偏度 Skewness skewness0.191
峰度 Kurtosis kurtosis-0.396
角度范围 angular_range— – 0.3750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9830000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.912; Stabil: 0.999; Sysdev: 0.225; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)