9rkc

Crystal Structure of ACBI4-mediated ternary complex of KRAS G12D C118S GDP with pVHL:ElonginC:ElonginB

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongin-B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongin-C × 1 （Q15369） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） GTPase KRas × 1 （P01116） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongin-C × 1 （Q15369） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） GTPase KRas × 1 （P01116） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104 作者链 E； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

Elongin-C

Homo sapiens

UniProt Q15369

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongin-B × 1 （Q15370） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） GTPase KRas × 1 （P01116） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongin-B × 1 （Q15370） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） GTPase KRas × 1 （P01116） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELOC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–97； UniProt 17–112 作者链 F； PDB构建体 2–97； UniProt 17–112

von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

Homo sapiens

UniProt P40337

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongin-B × 1 （Q15370） Elongin-C × 1 （Q15369） GTPase KRas × 1 （P01116） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongin-B × 1 （Q15370） Elongin-C × 1 （Q15369） GTPase KRas × 1 （P01116） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VHL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 3–162； UniProt 54–213 作者链 G； PDB构建体 3–162； UniProt 54–213

GTPase KRas

Homo sapiens

UniProt P01116

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongin-B × 1 （Q15370） Elongin-C × 1 （Q15369） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongin-B × 1 （Q15370） Elongin-C × 1 （Q15369） von Hippel-Lindau disease tumor suppressor × 1 （P40337） ;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ; × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RASK_HUMAN
Isoform	P01116-2
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–170； UniProt 1–169 作者链 H； PDB构建体 2–170； UniProt 1–169

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rkc
沉积日期 deposition_date	2025-06-13
结构标题 title	Crystal Structure of ACBI4-mediated ternary complex of KRAS G12D C118S GDP with pVHL:ElonginC:ElonginB
关键词 keywords	KRAS, TPD, PROTAC, VHL, ternary complex, ONCOPROTEIN; ONCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rkc__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rkc__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rkc__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.79 Å
Rg（电子密度）	31.77 Å
总 Rg	32.22 Å
原子数	3923
残基数	495
排除体积	69059 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rkc__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9rkc__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongin-B
分子量 formula_weight	11748.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	8044

MDVFLMIRRHKTTIFTDAKESSTVFELKRIVEGILKRPPDEQRLYKDDQLLDDGKTLGECGFTSQTARPQAPATVGLAFRADDTFEALCIEPFSSPPELPDVMK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Elongin-C
分子量 formula_weight	10974.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

MMYVKLISSDGHEFIVKREHALTSGTIKAMLSGPGQFAENETNEVNFREIPSHVLSKVCMYFTYKVRYTNSSTEIPEFPIAPEIALELLMAANFLDC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	von Hippel-Lindau disease tumor suppressor
分子量 formula_weight	18702.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

GSMEAGRPRPVLRSVNSREPSQVIFCNRSPRVVLPVWLNFDGEPQPYPTLPPGTGRRIHSYRGHLWLFRDAGTHDGLLVNQTELFVPSLNVDGQPIFANITLPVYTLKERCLQVVRSLVKPENYRRLDIVRSLYEDLEDHPNVQKDLERLTQERIAHQRMGD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	GTPase KRas
分子量 formula_weight	19370.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

GMTEYKLVVVGADGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQEEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHHYREQIKRVKDSEDVPMVLVGNKSDLPSRTVDTKQAQDLARSYGIPFIETSAKTRQGVDDAFYTLVREIRKHKEK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;(2~{S},4~{R})-1-[(2~{S})-2-[(5~{S})-5-[3-[(3~{S})-4-[4-[5-[(4~{S})-2-azanyl-3-cyano-4-methyl-6,7-dihydro-5~{H}-1-benzothiophen-4-yl]-1,2,4-oxadiazol-3-yl]pyrimidin-2-yl]-3-methyl-1,4-diazepan-1-yl]propyl]-4,5,6,7-tetrahydrobenzotriazol-1-yl]-3-methyl-butanoyl]-~{N}-[(1-methylindazol-6-yl)methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide ;
分子量 formula_weight	970.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	48

▶

晶胞边长 a length_a	71.915 Å
晶胞边长 b length_b	106.467 Å
晶胞边长 c length_c	82.742 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.67 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.190 Å
最低分辨率 resolution_low	44.810 Å
R 因子 r_factor	0.2336
R_work r_work	0.2323
R_free r_free	0.2745

Crystal Structure of ACBI4-mediated ternary complex of KRAS G12D C118S GDP with pVHL:ElonginC:ElonginB

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongin-C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

von Hippel-Lindau disease tumor suppressor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

GTPase KRas

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rkc__assembly_2__model_1

9rkc__assembly_2__model_1 | I(q)

9rkc__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)