9rki

Mixed model refinement of beta-2 Adrenergic receptor with photoazolol in dark state and Light state, 17 nanoseconds after light activation, recorded at LCLS

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 7 ACETAMIDE × 1 CHOLESTEROL × 3 PALMITIC ACID × 1 DODECAETHYLENE GLYCOL × 3 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 7 1,2-ETHANEDIOL × 2 GLYCEROL × 1 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 ~{N}-[4-[(~{E})-[2-[(2~{S})-2-oxidanyl-3-(propan-2-ylamino)propoxy]phenyl]diazenyl]phenyl]ethanamide × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENLYS_BPT4
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 203–362； UniProt 2–161

Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin

Homo sapiens

UniProt P07550

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 7 ACETAMIDE × 1 CHOLESTEROL × 3 PALMITIC ACID × 1 DODECAETHYLENE GLYCOL × 3 (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate × 7 1,2-ETHANEDIOL × 2 GLYCEROL × 1 PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 ~{N}-[4-[(~{E})-[2-[(2~{S})-2-oxidanyl-3-(propan-2-ylamino)propoxy]phenyl]diazenyl]phenyl]ethanamide × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ADRB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–202； UniProt 29–230 作者链 A； PDB构建体 363–442； UniProt 263–342

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rki
沉积日期 deposition_date	2025-06-13
结构标题 title	Mixed model refinement of beta-2 Adrenergic receptor with photoazolol in dark state and Light state, 17 nanoseconds after light activation, recorded at LCLS
关键词 keywords	;GPCR, 7TM, Beta 2, ADRENERGIC, LIPIDIC CUBIC PHASE, LIPIDIC, MEMBRANE PROTEIN, PHOTO-SWITCHABLE COMPOUNDS, PHOTOAZOLOL-1, TIME RESOLVE CRYSTALLOGRAPHY ;; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rki__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：聚合物含相互重叠的替代坐标，无法自动选出完整且连贯的单一构象。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin
分子量 formula_weight	50471.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7794

DEVWVVGMGIVMSLIVLAIVFGNVLVITAIAKFERLQTVTNYFITSLACADLVMGLAVVPFGAAHILMKMWTFGNFWCEFWTSIDVLCVTASIWTLCVIAVDRYFAITSPFKYQSLLTKNKARVIILMVWIVSGLTSFLPIQMHWYRATHQEAINCYAEETCCDFFTNQAYAIASSIVSFYVPLVIMVFVYSRVFQEAKRQLNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKFCLKEHKALKTLGIIMGTFTLCWLPFFIVNIVHVIQDNLIRKEVYILLNWIGYVNSGFNPLIYCRSPDFRIAFQELLCL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETAMIDE
分子量 formula_weight	59.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	DODECAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	546.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	(2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate
分子量 formula_weight	356.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	PENTAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	~{N}-[4-[(~{E})-[2-[(2~{S})-2-oxidanyl-3-(propan-2-ylamino)propoxy]phenyl]diazenyl]phenyl]ethanamide
分子量 formula_weight	370.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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晶胞边长 a length_a	111.940 Å
晶胞边长 b length_b	172.230 Å
晶胞边长 c length_c	41.230 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	106.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	28.330 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1959
R_free r_free	0.2340

Mixed model refinement of beta-2 Adrenergic receptor with photoazolol in dark state and Light state, 17 nanoseconds after light activation, recorded at LCLS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 引用文献 (1)

Mixed model refinement of beta-2 Adrenergic receptor with photoazolol in dark state and Light state, 17 nanoseconds after light activation, recorded at LCLS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2 adrenergic receptor,Endolysin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 引用文献 (1)