SAXSdb — 9rks

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Structural protein × 6 （J7FA79） Tail sheath protein × 6 （J7FA80） Structural protein × 6 （J7F8Z8）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J7F9G5_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 G； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 H； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 I； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 J； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179 作者链 K； PDB构建体 1–179； UniProt 1–179

Structural protein

物种未注明

UniProt J7FA79

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Structural protein × 6 （J7F9G5） Tail sheath protein × 6 （J7FA80） Structural protein × 6 （J7F8Z8）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J7FA79_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 P； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 Q； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 R； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 S； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140 作者链 T； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140

Tail sheath protein

物种未注明

UniProt J7FA80

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Structural protein × 6 （J7F9G5） Structural protein × 6 （J7FA79） Structural protein × 6 （J7F8Z8）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J7FA80_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 C； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 E； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 Z； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 b； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503 作者链 d； PDB构建体 1–503； UniProt 1–503

Structural protein

物种未注明

UniProt J7F8Z8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 24	Structural protein × 6 （J7F9G5） Structural protein × 6 （J7FA79） Tail sheath protein × 6 （J7FA80）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	J7F8Z8_9CAUD
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 N； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 V； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 X； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 f； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 h； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136 作者链 j； PDB构建体 1–136； UniProt 1–136

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rks
沉积日期 deposition_date	2025-06-14
结构标题 title	Agrobacterium phage 7-7-1 neck 2 + tail terminator + tail sheath + tail tube
关键词 keywords	Flagella phage, Agrobacterium sp. H13-3, neck 2 + tail terminator + sheath + tail, VIRUS; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rks__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rks__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rks__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	70.32 Å
Rg（电子密度）	70.08 Å
总 Rg	70.14 Å
原子数	84954
残基数	5592
排除体积	760830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rks__assembly_1__model_1`	24-meric （24）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Structural protein
分子量 formula_weight	20292.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H,I,J,K
原子数 atom_count	84954

METKLKLTYSNRLTLPEIAKHIVSPTFHELEGRAIPVTGVEDDKEGQSAITKPFALVGLRIGDTSGPAEIGENSRINLRDDFIIEFNFNKDRYKKGGAETSLFSYYDYESIRDRLFNAMVAFAGEYGITFEFVSLDISTEGDTVYIEFRFRQNFDWCEADRESDTVIKAGSFSLNLKGC

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Structural protein
分子量 formula_weight	16027.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,P,Q,R,S,T

MKIKDRKHRVIVCSQKSDVDDNGQLLISRTGSINGWAAIEPVKAIRFSKDGVSMQKDTFQPTHDITMNYNPDVNISVSAWVYEHRLKSPPRWFKVISVINVDECSQFMRLRSRLVESNDEVEKPVSEENSFGAVKIDIPL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Tail sheath protein
分子量 formula_weight	54120.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,Z,b,d

MAQDALSDGFVRLCIDPSLNFFGEGCKILVEGQITDDATAAENVVTCVNSELDLVERFGQGSVLTESLRKVFCMCKSGVSVYALPRADAAAAVSAVYTLTVTGTALTDGRVQLYMGEAEYSLDIGVDEGDTPTQIAAKIVAAISPDFPYEATAAAGVITLTARNGGTIGNHLSVIYTNLGSCTSVTPEGVTVAFAQTTPGSVNPEPNDYASVVNECCFAVYVLSSDDTDWQENLRDWIRSAWDCSKPQCFGHGYVFNKGTLGQVLADGDNSAELSRLALPTTYPVLPYLTNAAYGALSACSTCENPELNVQGQTYGLLSCINMPESCTPGWEFTEVTQLQNNGFVVSGPATTSGQGNFTSPYIYNDVTNYLRDEKNRPNATFRDASSRRLAAATGVALATFLQQFNGLAVFTKNTNIKTGIIGTNLRLMLGKIRKWASDNVGVLFSEFDNINEDIQLVSDFDVQPKCVGQPGVFHLNMRYRPPVRGARINVNLVPALFDNCDR

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Structural protein
分子量 formula_weight	14503.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,f,h,j,V,X

MACNKQNGVKNILITFTHCDTGEVIGPISHEQPDDTLPTYKTCAWTNTALTNGAVMRSASNATMTLPVVRDPRVPLAWYQGCAQIDAQVEKFDGTVMTLTEGAVTEPEESDGRAVTMTIIAAEIDELLPPGSLAAA

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.56 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	4936

Agrobacterium phage 7-7-1 neck 2 + tail terminator + tail sheath + tail tube

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Structural protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tail sheath protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Structural protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rks__assembly_1__model_1

9rks__assembly_1__model_1 | I(q)

9rks__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Agrobacterium phage 7-7-1 neck 2 + tail terminator + tail sheath + tail tube

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Structural protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Structural protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Tail sheath protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Structural protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rks__assembly_1__model_1

9rks__assembly_1__model_1 | I(q)

9rks__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)