SAXSdb — 9rli

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE × 1 （P75958） Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD × 2 （P75957） Peptidoglycan-associated lipoprotein × 1 （P0A912） PALMITIC ACID × 1 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LOLC_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–399； UniProt 1–399

Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE

Escherichia coli K-12

UniProt P75958

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC × 1 （P0ADC3） Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD × 2 （P75957） Peptidoglycan-associated lipoprotein × 1 （P0A912） PALMITIC ACID × 1 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LOLE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–234； UniProt 1–234 作者链 E； PDB构建体 237–398； UniProt 253–414

Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD

Escherichia coli K-12

UniProt P75957

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC × 1 （P0ADC3） Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE × 1 （P75958） Peptidoglycan-associated lipoprotein × 1 （P0A912） PALMITIC ACID × 1 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LOLD_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233 作者链 F； PDB构建体 1–233； UniProt 1–233

Peptidoglycan-associated lipoprotein

Escherichia coli K-12

UniProt P0A912

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC × 1 （P0ADC3） Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE × 1 （P75958） Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD × 2 （P75957） PALMITIC ACID × 1 (2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAL_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–152； UniProt 22–173

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9rli
沉积日期 deposition_date	2025-06-16
结构标题 title	LolCDEdelta(235-252) complex with Pal lipoprotein
关键词 keywords	Gram-negative, envelope biogenesis, outer membrane protein, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9rli__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9rli__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9rli__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.76 Å
Rg（电子密度）	47.13 Å
总 Rg	47.10 Å
原子数	10673
残基数	1383
排除体积	191820 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9rli__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC
分子量 formula_weight	43295.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	10673

MYQPVALFIGLRYMRGRAADRFGRFVSWLSTIGITLGVMALVTVLSVMNGFERELQNNILGLMPQAILSSEHGSLNPQQLPETAVKLDGVNRVAPITTGDVVLQSARSVAVGVMLGIDPAQKDPLTPYLVNVKQTDLEPGKYNVILGEQLASQLGVNRGDQIRVMVPSASQFTPMGRIPSQRLFNVIGTFAANSEVDGYEMLVNIEDASRLMRYPAGNITGWRLWLDEPLKVDSLSQQKLPEGSKWQDWRDRKGELFQAVRMEKNMMGLLLSLIVAVAAFNIITSLGLMVMEKQGEVAILQTQGLTPRQIMMVFMVQGASAGIIGAILGAALGALLASQLNNLMPIIGVLLDGAALPVAIEPLQVIVIALVAMAIALLSTLYPSWRAAATQPAEALRYE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE
分子量 formula_weight	43475.8 kDa
突变 mutation	delta 235-252
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAMPLSLLIGLRFSRGRRRGGMVSLISVISTIGIALGVAVLIVGLSAMNGFERELNNRILAVVPHGEIEAVDQPWTNWQEALDHVQKVPGIAAAAPYINFTGLVESGANLRAIQVKGVNPQQEQRLSALPSFVQGDAWRNFKAGEQQIIIGKGVADALKVKQGDWVSIMIPNSNPEHKLMQPKRVRLHVAGILQLSGQLDHSFAMIPLADAQQYLDMGSSVSGIALKMTDVFNAGSSWIGTYGYMYRDIQMIRAIMYLAMVLVIGVACFNIVSTLVMAVKDKSGDIAVLRTLGAKDGLIRAIFVWYGLLAGLFGSLCGVIIGVVVSLQLTPIIEWIEKLIGHQFLSSDIYFIDFLPSELHWLDVFYVLVTALLLSLLASWYPARRASNIDPARVLSGQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD
分子量 formula_weight	26444.3 kDa
EC 编号 ec_number	7.6.2.-
突变 mutation	C-terminal His tag (GSHHHHHH)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,F

MNKILLQCDNLCKRYQEGSVQTDVLHNVSFSVGEGEMMAIVGSSGSGKSTLLHLLGGLDTPTSGDVIFNGQPMSKLSSAAKAELRNQKLGFIYQFHHLLPDFTALENVAMPLLIGKKKPAEINSRALEMLKAVGLDHRANHRPSELSGGERQRVAIARALVNNPRLVLADEPTGNLDARNADSIFQLLGELNRLQGTAFLVVTHDLQLAKRMSRQLEMRDGRLTAELSLMGAEGSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Peptidoglycan-associated lipoprotein
分子量 formula_weight	17821.6 kDa
突变 mutation	C-terminal GS linker strep II tag (GSWSHPQFEK)
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

CSSNKNASNDGSEGMLGAGTGMDANGGNGNMSSEEQARLQMQQLQQNNIVYFDLDKYDIRSDFAQMLDAHANFLRSNPSYKVTVEGHADERGTPEYNISLGERRANAVKMYLQGKGVSADQISIVSYGKEKPAVLGHDEAAYSKNRRAVLVYGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PALMITIC ACID
分子量 formula_weight	256.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(2S)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexadecanoate
分子量 formula_weight	568.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.63 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	23445

LolCDEdelta(235-252) complex with Pal lipoprotein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Peptidoglycan-associated lipoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rli__assembly_1__model_1

9rli__assembly_1__model_1 | I(q)

9rli__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

LolCDEdelta(235-252) complex with Pal lipoprotein

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lipoprotein-releasing system transmembrane protein LolE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Peptidoglycan-associated lipoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9rli__assembly_1__model_1

9rli__assembly_1__model_1 | I(q)

9rli__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)