9sjd

Type I-F_HNH variant Cascade bound to dsDNA, HNH domain in outwards position

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cas8f

Selenomonas sp.

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	Cas5f × 1 （A0AAX7FM22） Cas6f × 1 （A0AAX7FM27） Non-target strand × 1 Cas7f × 6 （A0AAX7FM28） Target strand × 1 crRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAX7FM29_9FIRM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–344； UniProt 1–344

Cas5f

Selenomonas sp.

UniProt A0AAX7FM22

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	Cas8f × 1 （A0AAX7FM29） Cas6f × 1 （A0AAX7FM27） Non-target strand × 1 Cas7f × 6 （A0AAX7FM28） Target strand × 1 crRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAX7FM22_9FIRM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255

Cas6f

Selenomonas sp.

UniProt A0AAX7FM27

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	Cas8f × 1 （A0AAX7FM29） Cas5f × 1 （A0AAX7FM22） Non-target strand × 1 Cas7f × 6 （A0AAX7FM28） Target strand × 1 crRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAX7FM27_9FIRM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181

Cas7f

Selenomonas sp.

UniProt A0AAX7FM28

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 9 DNA 2 RNA 1	Cas8f × 1 （A0AAX7FM29） Cas5f × 1 （A0AAX7FM22） Cas6f × 1 （A0AAX7FM27） Non-target strand × 1 Target strand × 1 crRNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0AAX7FM28_9FIRM
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335 作者链 D； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335 作者链 E； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335 作者链 F； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335 作者链 G； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335 作者链 H； PDB构建体 1–335； UniProt 1–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9sjd
沉积日期 deposition_date	2025-08-31
结构标题 title	Type I-F_HNH variant Cascade bound to dsDNA, HNH domain in outwards position
关键词 keywords	CRISPR-Cas Type I-F HNH nuclease, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9sjd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9sjd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9sjd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.01 Å
Rg（电子密度）	49.72 Å
总 Rg	49.92 Å
原子数	23176
残基数	2713
排除体积	407520 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9sjd__assembly_1__model_1`	12-meric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cas8f
分子量 formula_weight	39339.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	23176

MLRNKILAAISQKIPEEQKINKYIEGLFQSIDKNHLATHVAKFTETNSPGNIGAYDILSSDMNCGYLDTANAGWKEPDIVTNDAKYKRPQGFVAMEMSDGRTVMEHLQEDSAELRHEMEELTDKYDEIRDGILNMPSMQPYRTNQFIKQVFFPVGGSYHLLSILPSTVLNYEVSDRLYRSKIPKIRLRLLSSNAASTTGSRLVSKNKWPLVFQALPPKFLEKNLAKALDKEYLLPDINIDELEGVDNGCLIDEALLPLIIDEGKRKGEGNYRPRHLRDERKEETVQAFLDKYGYCNIPVGYEVHHIVPLSQGGADSIKNMIMLSIEHHERVTEAHASYFKWRNT

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cas5f
分子量 formula_weight	28703.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MMKGYILLEKVNIENANAFNNIIVGIPAITSFLGFARALERKLNAKEIAIRINGVGLEFHEYELKGYKNKRGQYVTSCPLPGSIPGQNEKKLDAHIMNQAYIDLNMSFLLEVEGPHVDMSTCKSIKSTMETLRIAGGIIRNYKKIRLIDTLADIPYGYFLTLRQDNLNDAAGDDMLDKMIHALQQEDTLVPIAVGFKALSEVGHVEGQRDPEKDHCFVESIFSLGGFECSKILEDINSCLWRYKTEEGLYLCTII

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cas6f
分子量 formula_weight	20735.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MFSQILIIKPGTGISPNIIISEDIFPVLHSLFVEHDKKFGITFPAYSFDKKGHLGNIIEVLSEDKEALASLCLEEHLAEVTDYVKVKKEITFTDDYVLFKRIREENQYETTARRMRKRGHTELGRPLEMHIKKKNQQIFCHAYIKVKSASTGQSYNIFLAPTDIKHGSFSAYGLLRGDTHA

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Non-target strand
分子量 formula_weight	14233.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L

AAAAAGCGGAGAAGTCATTTAATAAGGCCACTGTTAAAAACCGTAC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cas7f
分子量 formula_weight	38700.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,C,G,H

MAANKKATNVTLKSRPENLSFARCLNTTEAKFWQTDFLKRHTFKLPLLITDKAVLASKGHEMPPDKLEKEIMDPNPQKSQSCTLSTECDTLRIDFGIKVLPVKESMYSCSDYNYRTAIYQKIDEYIAEDGFLTLAKRYVNNIANARFLWRNRKGAEIIETIVTIEDKEYPSFNSKSFNLDTFVEDNATINEIAQQIADTFAGKREYLNIYVTCFVKIGCAMEVYPSQEMTFDDDDKGKKLFKFEGSAGMHSQKINNALRTIDTWYPDYTTYEFPIPVENYGAARSIGIPFRPDTKSFYKLIDRMILKNEDLPIEDKHYVMAILIRGGMFSKKQEK

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	Target strand
分子量 formula_weight	14094.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K

GTACGGTTTTTAACAGTGGCCTTATTAAATGACTTCTCCGCTTTTT

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	crRNA
分子量 formula_weight	19440.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	J

UUUAGAAGGAGAAGUCAUUUAAUAAGGCCACUGUUAAAAAGUGUACCGCCGGAUAGGCGG

来源 Source

来源生物 organism	Selenomonas sp.
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2053611
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.05 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	24776

Type I-F_HNH variant Cascade bound to dsDNA, HNH domain in outwards position

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cas8f

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cas5f

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cas6f

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cas7f

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9sjd__assembly_1__model_1

9sjd__assembly_1__model_1 | I(q)

9sjd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)