9sw5

Structure of the MvhAGD-HdrABC dimer of M. marburgensis under state 1 substate b (composite structure)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B × 2 （Q50755） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C × 2 （Q50754） F420-non-reducing hydrogenase subunit A × 2 （P60227） F420-non-reducing hydrogenase subunit G × 2 （P60239） F420-non-reducing hydrogenase iron-sulfur subunit D × 2 （P60238） IRON/SULFUR CLUSTER × 22 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HDRA_METTM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–659； UniProt 1–659

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B

物种未注明

UniProt Q50755

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A × 2 （Q50756） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C × 2 （Q50754） F420-non-reducing hydrogenase subunit A × 2 （P60227） F420-non-reducing hydrogenase subunit G × 2 （P60239） F420-non-reducing hydrogenase iron-sulfur subunit D × 2 （P60238） IRON/SULFUR CLUSTER × 22 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HDRB_METTM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–302； UniProt 1–302

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C

物种未注明

UniProt Q50754

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A × 2 （Q50756） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B × 2 （Q50755） F420-non-reducing hydrogenase subunit A × 2 （P60227） F420-non-reducing hydrogenase subunit G × 2 （P60239） F420-non-reducing hydrogenase iron-sulfur subunit D × 2 （P60238） IRON/SULFUR CLUSTER × 22 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HDRC_METTM
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–185； UniProt 1–185

F420-non-reducing hydrogenase subunit A

物种未注明

UniProt P60227

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A × 2 （Q50756） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B × 2 （Q50755） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C × 2 （Q50754） F420-non-reducing hydrogenase subunit G × 2 （P60239） F420-non-reducing hydrogenase iron-sulfur subunit D × 2 （P60238） IRON/SULFUR CLUSTER × 22 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MVHA_METTM
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–472； UniProt 1–472

F420-non-reducing hydrogenase subunit G

物种未注明

UniProt P60239

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A × 2 （Q50756） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B × 2 （Q50755） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C × 2 （Q50754） F420-non-reducing hydrogenase subunit A × 2 （P60227） F420-non-reducing hydrogenase iron-sulfur subunit D × 2 （P60238） IRON/SULFUR CLUSTER × 22 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MVHG_METTM
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–308； UniProt 1–308

F420-non-reducing hydrogenase iron-sulfur subunit D

物种未注明

UniProt P60238

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A × 2 （Q50756） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B × 2 （Q50755） H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C × 2 （Q50754） F420-non-reducing hydrogenase subunit A × 2 （P60227） F420-non-reducing hydrogenase subunit G × 2 （P60239） IRON/SULFUR CLUSTER × 22 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 Non-cubane [4Fe-4S]-cluster × 4 formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni) × 2 FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MVHD_METTM
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–141； UniProt 1–141

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9sw5
沉积日期 deposition_date	2025-10-04
结构标题 title	Structure of the MvhAGD-HdrABC dimer of M. marburgensis under state 1 substate b (composite structure)
关键词 keywords	Oxidoreductase, hydrogenase, dehydrogenase, polyferredoxin; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9sw5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9sw5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9sw5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	61.68 Å
Rg（电子密度）	63.01 Å
总 Rg	62.07 Å
原子数	61800
残基数	4008
排除体积	560990 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9sw5__assembly_1__model_1`	12-meric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A
分子量 formula_weight	72265.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.98.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	30901

MAEEKKETMEEPKIGVYVCHCGVNIGGVVDVEAVRDYAAKLPNVVIAKDYKYYCSDPGQLEIQKDIKELGINRVVVAACSPRLHEPTFRRCVEEAGLNQFLFEFANIREHDSWVHMDNPEGATEKAKDLVRMAVAKARLLEPLEASKVSVDDKALVIGGGVAGIQAALDLADMGFKTYMVEKRPSISGRMGQLDKTFPTLDCSMCILAPKMVDVGKHDNIELITYAEVKEVDGYIGNFKVKIEKKPRYIDEELCTGCGSCVEVCPIEMPNYFDEGIGMTKAVYIPFPQAVPLCATIDKDYCIECMLCDEVCERGAVKHDQEPEEIEIEVGTIIVATGYDAYDPTEKLEYGYGRHTNVITGLELERMINASGPTDGKVLKPSDGEKPKRVAFIHCVGSRDEQIGKPYCSRVCCMYIMKNAQLIKDKMPDTEVTLYYMDIRAFGKGFEEFYKRSQEKYGIKFIRGRPAEVIENPDLTLTVRSEDTLLGKVTEYDYDMVVLGVGLVPPEGAETLRQTIGLSKSADGFLMEAHPKLRPVDTLTDGVYLAGVAQGPKDIPDAVAQASGAAARAAIPMVKGEVEIEPIIAVTDSDVCGGCEVCIELCPFGAISIEEGHANVNVALCKGCGTCVAACPSGAMDQQHFKTEQIMAQIEAALNEPASK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B
分子量 formula_weight	33496.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.98.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEIAYFLGCIMNNRYPGIEKATRVLFDKLGIELKDMEGASCCPAPGVFGSFDKTTWAAIAARNITIAEDMGADIMTECNGCFGSLFETNHLLKEDEEMKAKINEILKETGREYKGEVNVRHFAEVLYNDVGLDKLSELVEKPLNLNVAVHYGCHFLKPSDEINIDNPERPTILDEIVEVTGAKSVEYKDKMMCCGAGGGVRSRDLDVALDFTREKLTNMKEAGVDAIVNVCPFCHLQFDVGQMEIKDKFGEEFDIPVLHLAQLLGLAMGLPKEDLVVDAHQVCVDECLEKLEELDRLAPGSG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C
分子量 formula_weight	20548.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.8.98.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MTLLQREENIIRKGNIDKEFSEKIKAAGGDSLEYCFQCGTCTGSCPSGRRTPYRVRQIIRKANVGLKDEIISDPTLWMCTTCYSCQERCPRKVKIVDVVKLARNEAAKAGFMAPAHKAVGSFVIKTGHGVPINDATMELRKAVGLGELPPTTHQFPEALEEVQKIIKATGFDQLIGYNWETGELE

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	F420-non-reducing hydrogenase subunit A
分子量 formula_weight	52905.1 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.99.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MVKLTMEPVTRIEGHAKITVHLDDAGNVEDTRLHVMEFRGFEKFLQGRPIEEAPRIVPRICGICDVQHHLAAAKAVDACFGFEPDDVLPAAYKMREIMNWGSYMHSHGLHFYFLAAPDFIAGKDRKTRNVFQIIKDAPDVALQAIELRKNALEIVRATGGRPIHPTSSTPGGISTELDDETQKDLLQKAQRNVELAEATLELAVPIFEENIDLVNSLGNIETYHTGLVKNGVWDVYDGIVRIKDKEGNLFREFKPADYADTIAEHVKPYSWLKFPYIKDLGYPDGVYRVSPLSRLNVADKMPDAAPKAQDYFKEFQDKFGYAQQTLLYHWARLIEVLACAECAADALEGDLSGEKFPDSLERQAGDGVGIVEAPRGTLTHHYTCDENGLITKANIVVATIQNNPAMEMGIQKVAQDYIKPGVEVDDKIFNLMEMVIRAYDPCLSCATHTIDSQMRLATLEVYDSEGDLVKRI

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	F420-non-reducing hydrogenase subunit G
分子量 formula_weight	33786.6 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.99.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAEKIKIGTMWLGGCSGCHLSIADFHEKLLDVMEHADFEFSPVLMDTKYDEIPELDVVVIEGGIVNDENREFAEELREKAKFVISYGTCAVYGGIPGLRNLWDKDEVIEEAYINSITTPNEEGVIPSEDVPHLEGRVKPLGEVIDVDFEVPGCPPRSDVAAEVVMALLKGEEIELPSTNLCEVCPREKPPEGLAMDFIKRQFEVGKPEDDLCLIPQGLICMGPATVSICGAECPSIAIPCRGCYGPTARVEDQGAKMISAIASDYKVEEDKTVDPEEVAEQLDDIVGTFYTFTLPAALIPMKIKKEGK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	F420-non-reducing hydrogenase iron-sulfur subunit D
分子量 formula_weight	15954.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.99.-
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAEDDIKIVMFCCNWCSYGGADTAGTARMQYPTNIRVIRVMCSGRIEPQFVFKAFREGADGVLVTGCHHGDCHYDAGNYKLDRRMRLIYKLADELGIGRERIHHDWISASEGEKFAETVKMMVDRIRALGPSPIKKQLAEA

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	11

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	785.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	Non-cubane [4Fe-4S]-cluster
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	formyl[bis(hydrocyanato-1kappaC)]ironnickel(Fe-Ni)
分子量 formula_weight	195.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.290 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.29 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	17398

Structure of the MvhAGD-HdrABC dimer of M. marburgensis under state 1 substate b (composite structure)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

H(2):CoB-CoM heterodisulfide,ferredoxin reductase subunit C

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

F420-non-reducing hydrogenase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

F420-non-reducing hydrogenase subunit G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

F420-non-reducing hydrogenase iron-sulfur subunit D

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9sw5__assembly_1__model_1

9sw5__assembly_1__model_1 | I(q)

9sw5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 引用文献 (1)