9swn

Cryo-EM structure of yeast telomerase holoenzyme

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Telomere replication protein EST3

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Telomere elongation protein EST1 × 1 （P17214） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） TLC1 RNA × 1 Telomerase reverse transcriptase × 1 （Q06163） ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EST3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–181； UniProt 1–181

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

物种未注明

UniProt P53218

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Telomere replication protein EST3 × 1 （Q03096） Telomere elongation protein EST1 × 1 （P17214） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） TLC1 RNA × 1 Telomerase reverse transcriptase × 1 （Q06163） ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POP6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

Telomere elongation protein EST1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P17214

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Telomere replication protein EST3 × 1 （Q03096） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） TLC1 RNA × 1 Telomerase reverse transcriptase × 1 （Q06163） ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EST1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–699； UniProt 1–699

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

物种未注明

UniProt P38291

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Telomere replication protein EST3 × 1 （Q03096） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Telomere elongation protein EST1 × 1 （P17214） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） TLC1 RNA × 1 Telomerase reverse transcriptase × 1 （Q06163） ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POP7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

物种未注明

UniProt P41812

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Telomere replication protein EST3 × 1 （Q03096） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Telomere elongation protein EST1 × 1 （P17214） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） TLC1 RNA × 1 Telomerase reverse transcriptase × 1 （Q06163） ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POP1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–875； UniProt 1–875

Telomerase reverse transcriptase

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q06163

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 1	Telomere replication protein EST3 × 1 （Q03096） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） Telomere elongation protein EST1 × 1 （P17214） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1 × 1 （P41812） TLC1 RNA × 1 ZINC ION × 2 MAGNESIUM ION × 1 water × 2	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TERT_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–884； UniProt 1–884

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9swn
沉积日期 deposition_date	2025-10-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of yeast telomerase holoenzyme
关键词 keywords	Telomerase, Telomerase RNA, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9swn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9swn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9swn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	62.11 Å
Rg（电子密度）	61.15 Å
总 Rg	61.37 Å
原子数	25945
残基数	2804
排除体积	447790 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9swn__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Telomere replication protein EST3
分子量 formula_weight	20577.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	25947

MPKVILESHSKPTDSVFLQPWIKALIEDNSEHDQYHPSGHVIPSLTKQDLALPHMSPTILTNPCHFAKITKFYNVCDYKVYASIRDSSHQILVEFSQECVSNFERTHNCRITSETTNCLMIIGDADLVYVTNSRAMSHFKICLSNISSKEIVPVLNVNQATIFDIDQVGSLSTFPFVYKYL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
分子量 formula_weight	18235.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MINGVYYNEISRDLDISSSTQCLRFLKETVIPSLANNGNNSTSIQYHGISKNDNIKKSVNKLDKQINMADRSLGLQQVVCIFSYGPHIQKMLSILEIFKKGYIKNNKKIYQWNKLTSFDIKREGRNELQEERLKVPILVTLVSDSEIIDLNLHSFTKQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Telomere elongation protein EST1
分子量 formula_weight	81920.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MDNEEVNEECMRLFFKNARAHLDKHLTSRLTCDENAYITFRCFLDGIHRKSTRFLEELLLKQENMYHNNNYERINDSVIPLVLKLLWLQIHEPTLQWFEHWFHDIMRLSNRRKFRVFRIFQKKMIQFFKITHRYYYDIIEHLCAKYDMNSVISNALFAKLNLMQYTDGLSTHEKIILNTSNPLTFSIVISLQRCVINLGSTHFYKTLLNKPSNKPKSVEGFEKSIRYLNIASLYLPAVGDTYFQRAKIYLITGKFSLYFFELVRGALVRIPSKCALNNLKDFILTPDFPERRRLMKKLAILVSKDLKGEKSFFEGQIVLQFLSIVEHTLVPQSWNASRASNCWLLKEHLQMAALKYHSGNINVILENLAATMGSFDLMFTTRKSKEQKNKLKYADLSERQVFFLDLSFDFIANIIDVVIKPSWQKNMEDFRYLAIIRLLMCWIKSYRSILQYTHRHRKFCTSFALLLNDLINSPLNCSGNIYSHRPKRSYLFREDIIFREFSCINFALTDFNDDYVYDSPDMINNIIGCPTLTKVLSPKEECVLRIRSIIFSGMKFLEKNDTGVIWNASKYKFDLISPNIKIKRQIALSEISSKINVKTQQERVVSSRKVEAKRDEQQRKRAGKIAVTELEKQFANVRRTKKLSPLPEKDGVSSELVKHAASRGRKTITGPLSSDFLSYPDEAIDADEDITVQVPDTPT

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
分子量 formula_weight	15844.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MALKKNTHNKSTKRVTKHPSLKTLTHKQIHTTIFVKSTTPYVSALKRINKFLDSVHKQGSSYVAVLGMGKAVEKTLALGCHFQDQKNKKIEVYTKTIEVLDEVITEGQADIDMESDVEDDDKETQLKKRAVSGVELRIYV

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1
分子量 formula_weight	100559.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MSGSLSRGNGGKKVLNKNQLLKRNRIRNARSIRAEAVAASSTKTGTPSDLSESGSKLNVDQFISSRQFEVKQLQLAMHNSKAASSTRIFQALPRKLRRRTASHNVRRIPKRMRNRALREMRKSDQQDVLKGSSASSRKAHGLNAKQLYKARMSIKLLRLASKSTSMKLSMPPEVTSSNCHVRQKIKTLKRMIKESSTANPNIKLLNNRMGSYDCTGVNELAPIPKGRVKYTKRQKHFAWLPTHIWNAKRSHMMKRWGYQMVWAPTQKCFKLTHRLGGDTCSSDGALCMDSSYIGTIIVKDKSNDSEGDFLKSIIGKLTAERANLRKYREGQVLFQGLIYSFNEENGEDSTKPLGPCDVFWVQKDTAIIRLHPSIYTQVFNILLQHKEKLTVQDCRYSLASVTLKGAKALESLASCLRSTEYSKSFEQFKMVSMITDHNALPQRCTFAFEAIDPRHLAAPKKLNDSQRKTVNSDDILSLHENYPQDEINAVFNELCDPESRTQSYNNQNTLKEISARRYKLLTATPNSINKTTVPFKESDDPSIPLVIIRRLKTRDWIVVLPWFWLLPLWHLLNRIPRMYHIGLRQFQQIQYENKQLYFPDDYPFTQLGYIENSFYKKEASKTKWDRKPMGKRINFEKIKDIHNTKLPAYSGEIGDFFSSDWRFLQILRNGIDYLQRNDKTLELMDSKKTGQFNAQGVRDINCVNDVLEFCKDYEAKTKAMSLSIEENIPVALCKNRKCQFRTPDSISVNSSSFSLTFFPRCIIAVSCTLLERGHPKDNARIYQVPEKDLEHWLQLAKGVYRPNGRKDHDLKIPLPEVHDLIGFITSGTYHLNCGNGMGIGFIDHHAAIRQPTRYVLIRNVGTNTYRLGEWSKISV

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	TLC1 RNA
分子量 formula_weight	370246.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GAGAGGAAGAUAGGUACCCUAUGAAAAUGUCAAUGGCUGUUGCGUUUGCUUAAUCGUAUUUUUUUUUUUUUCAGUCCGUGUUUUUUGUACAUUCUACGUUUGAGUUUUCCAUCAUGCAGGCCUCAGAAAUUUGGUAGGCACUCGAUGGUGAAGAGAUAGUGUCGGAUUUCGGAUUGAUCUUUCAGUUGAUAGCCUGCUGCUCUUUUCUUUUCCAAAGAAUUUCGAGUAUGCUGGUGUCAGUGUAGAUGCUUGUGUGUGCGCAAUUUGUGGUUUUUUAUUGUGUUUCUACUUAUAGAUGGCUAAAAUCUGAGUUUAGAAAAUGCAAACCGUAAAUUCUUAAACACUGCUAUUGCAUUUAGUUGCUAAAGCAGUGUUUUUGAACUUAUUCCUGUUAUUCCUUCUUCGUACCGAUCCUCUUCUCGACCUAACCUUUUAAUUACCAUGGGAAGCCUACCAUCACCACACCCACACACAAAUGUUACAGCUAAUUGUUUAUUAGCAAAGUUUGCACGAGUUCGCUGUUUAUUUUUUUCUCGUUUUCUUAUACCUAGUAUUUUUUCUGACACUGUUUAAGGUGACAGAAAAAAAGGAGUUUAAGUUAGAUUUGCAAACAGACGGUGCUAAGCGCUGUCACUUUAUGUCUAUCUUAUCGUUAACUCUGGAAAAAGAAAAAGGAAAAAGAACGUCAGGGAACAUGAGUAUAUAUAGAAAUGGUUUAUUCUAGUUUUUUCCGUUUUUUCAGUAGAUUUUUGCCUUUAAAAGAAUAAAUCCCACUACAAAAAGGUAAAAUAAAAAAUCUAUUCACUGAACUUACUGAUGAAAUUUCCAAAUGUGCCCCGUACAUCGAACGAUGUGACAGAGAAAAAUACGAGUAGGUAAAUAAGCCAAAAGGCAAGGGUGUCCUUUCUUAAGCAUCGGUUAGGUUUGCGGGCGAUCAGUAACUGAACAAUGACACAAGAUCAAGAACGUAAUUUGAGAUUUUUCAAGAUGGUUUUUUUAGGUAUCUAUUAAAACUACUUUGAUGAUCAAUACGGUAUUUUUGUCGCAUUAUUUUCCAAGCGGAAGGAACCGUGUGUUCAUUUUAUGAAUCUUGGUGUUGUAUUCACAGCUACUUCUCCUAAUGCCUUCGAUGCAUUUAGAUAAUUUUUGGAAACAUU

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	Telomerase reverse transcriptase
分子量 formula_weight	102768.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.49
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MKILFEFIQDKLDIDLQTNSTYKENLKCGHFNGLDEILTTCFALPNSRKIALPCLPGDLSHKAVIDHCIIYLLTGELYNNVLTFGYKIARNEDVNNSLFCHSANVNVTLLKGAAWKMFHSLVGTYAFVDLLINYTVIQFNGQFFTQIVGNRCNEPHLPPKWAQRSSSSSATAAQIKQLTEPVTNKQFLHKLNINSSSFFPYSKILPSSSSIKKLTDLREAIFPTNLVKIPQRLKVRINLTLQKLLKRHKRLNYVSILNSICPPLEGTVLDLSHLSRQSPKERVLKFIIVILQKLLPQEMFGSKKNKGKIIKNLNLLLSLPLNGYLPFDSLLKKLRLKDFRWLFISDIWFTKHNFENLNQLAICFISWLFRQLIPKIIQTFFYCTEISSTVTIVYFRHDTWNKLITPFIVEYFKTYLVENNVCRNHNSYTLSNFNHSKMRIIPKKSNNEFRIIAIPCRGADEEEFTIYKENHKNAIQPTQKILEYLRNKRPTSFTKIYSPTQIADRIKEFKQRLLKKFNNVLPELYFMKFDVKSCYDSIPRMECMRILKDALKNENGFFVRSQYFFNTNTGVLKLFNVVNASRVPKPYELYIDNVRTVHLSNQDVINVVEMEIFKTALWVEDKCYIREDGLFQGSSLSAPIVDLVYDDLLEFYSEFKASPSQDTLILKLADDFLIISTDQQQVINIKKLAMGGFQKYNAKANRDKILAVSSQSDDDTVIQFCAMHIFVKELEVWKHSSTMNNFHIRSKSSKGIFRSLIALFNTRISYKTIDTNLNSTNTVLMQIDHVVKNISECYKSAFKDLSINVTQNMQFHSFLQRIIEMTVSGCPITKCDPLIEYEVRFTILNGFLESLSSNTSKFKDNIILLRKEIQHLQAYIYIYIHIVN

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	233.020 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.3294
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	125104

Cryo-EM structure of yeast telomerase holoenzyme

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Telomere replication protein EST3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Telomere elongation protein EST1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Telomerase reverse transcriptase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9swn__assembly_1__model_1

9swn__assembly_1__model_1 | I(q)

9swn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 8 Entity 8 non-polymer