SAXSdb — 9t6n

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spliceosome RNA helicase DDX39B

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Germinal-center associated nuclear protein × 1 （O60318） PCI domain-containing protein 2 × 1 （Q5JVF3） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （P60896） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DX39B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–432； UniProt 1–428

Germinal-center associated nuclear protein

Homo sapiens

UniProt O60318

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Spliceosome RNA helicase DDX39B × 1 （Q13838） PCI domain-containing protein 2 × 1 （Q5JVF3） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （P60896） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GANP_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 5–405； UniProt 598–998

PCI domain-containing protein 2

Homo sapiens

UniProt Q5JVF3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Spliceosome RNA helicase DDX39B × 1 （Q13838） Germinal-center associated nuclear protein × 1 （O60318） 26S proteasome complex subunit SEM1 × 1 （P60896） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PCID2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 5–403； UniProt 1–399

26S proteasome complex subunit SEM1

Homo sapiens

UniProt P60896

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Spliceosome RNA helicase DDX39B × 1 （Q13838） Germinal-center associated nuclear protein × 1 （O60318） PCI domain-containing protein 2 × 1 （Q5JVF3） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MAGNESIUM ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SEM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9t6n
沉积日期 deposition_date	2025-11-07
结构标题 title	Cryo-EM structure of the human GANP-PCID2-DSS1 complex bound to UAP56
关键词 keywords	RNA metabolism, RNA export, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9t6n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9t6n__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9t6n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.25 Å
Rg（电子密度）	34.47 Å
总 Rg	34.96 Å
原子数	8254
残基数	1024
排除体积	147550 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9t6n__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spliceosome RNA helicase DDX39B
分子量 formula_weight	49412.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.13
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	8254

GPDSMAENDVDNELLDYEDDEVETAAGGDGAEAPAKKDVKGSYVSIHSSGFRDFLLKPELLRAIVDCGFEHPSEVQHECIPQAILGMDVLCQAKSGMGKTAVFVLATLQQLEPVTGQVSVLVMCHTRELAFQISKEYERFSKYMPNVKVAVFFGGLSIKKDEEVLKKNCPHIVVGTPGRILALARNKSLNLKHIKHFILDECDKMLEQLDMRRDVQEIFRMTPHEKQVMMFSATLSKEIRPVCRKFMQDPMEIFVDDETKLTLHGLQQYYVKLKDNEKNRKLFDLLDVLEFNQVVIFVKSVQRCIALAQLLVEQNFPAIAIHRGMPQEERLSRYQQFKDFQRRILVATNLFGRGMDIERVNIAFNYDMPEDSDTYLHRVARAGRFGTKGLAITFVSDENDAKILNDVQDRFEVNISELPDEIDISSYIEQTR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Germinal-center associated nuclear protein
分子量 formula_weight	46363.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.48,2.3.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GPDMTVAETSKEKYRLLDQRDRIMRQARVKRTDLDKARTFVGTCLDMCPEKERYMRETRSQLSVFEVVPGTDQVDHAAAVKEYSRSSADQEEPLPHELRPLPVLSRTMDYLVTQIMDQKEGSLRDWYDFVWNRTRGIRKDITQQHLCDPLTVSLIEKCTRFHIHCAHFMCEEPMSSFDAKINNENMTKCLQSLKEMYQDLRNKGVFCASEAEFQGYNVLLSLNKGDILREVQQFHPAVRNSSEVKFAVQAFAALNSNNFVRFFKLVQSASYLNACLLHCYFSQIRKDALRALNFAYTVSTQRSTIFPLDGVVRMLLFRDCEEATDFLTCHGLTVSDGCVELNRSAFLEPEGLSKTRKSVFITRKLTVSVGEIVNGGPLPPVPRHTPVCSFNSQNKYIGESLAAEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PCI domain-containing protein 2
分子量 formula_weight	46458.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MGSSMAHITINQYLQQVYEAIDSRDGASCAELVSFKHPHVANPRLQMASPEEKCQQVLEPPYDEMFAAHLRCTYAVGNHDFIEAYKCQTVIVQSFLRAFQAHKEENWALPVMYAVALDLRVFANNADQQLVKKGKSKVGDMLEKAAELLMSCFRVCASDTRAGIEDSKKWGMLFLVNQLFKIYFKINKLHLCKPLIRAIDSSNLKDDYSTAQRVTYKYYVGRKAMFDSDFKQAEEYLSFAFEHCHRSSQKNKRMILIYLLPVKMLLGHMPTVELLKKYHLMQFAEVTRAVSEGNLLLLHEALAKHEAFFIRCGIFLILEKLKIITYRNLFKKVYLLLKTHQLSLDAFLVALKFMQVEDVDIDEVQCILANLIYMGHVKGYISHQHQKLVVSKQNPFPPLSTVC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	26S proteasome complex subunit SEM1
分子量 formula_weight	8284.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MSEKKQPVDLGLLEEDDEFEEFPAEDWAGLDEDEDAHVWEDNWDDDNVEDDFSNQLRAELEKHGYKMETS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	661235

Cryo-EM structure of the human GANP-PCID2-DSS1 complex bound to UAP56

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spliceosome RNA helicase DDX39B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Germinal-center associated nuclear protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PCI domain-containing protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

26S proteasome complex subunit SEM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9t6n__assembly_1__model_1

9t6n__assembly_1__model_1 | I(q)

9t6n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the human GANP-PCID2-DSS1 complex bound to UAP56

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spliceosome RNA helicase DDX39B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Germinal-center associated nuclear protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

PCI domain-containing protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

26S proteasome complex subunit SEM1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9t6n__assembly_1__model_1

9t6n__assembly_1__model_1 | I(q)

9t6n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)