9tdm

Cryo-EM structure of AccA3/AccD4/AccD5/AccE5 in complex with Propionyl-CoA

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Propionyl-CoA carboxylase beta chain × 2 （A0R616） Propionyl-CoA carboxylase beta chain × 4 （A0QTE7） Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5 × 2 （A0QTE6） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL × 5 propionyl Coenzyme A × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0QTE1_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A3a； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598 作者链 A3b； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598 作者链 A3c； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598 作者链 A3d； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598 作者链 A3e； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598 作者链 A3f； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598 作者链 A3g； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598 作者链 A3h； PDB构建体 1–598； UniProt 1–598

Propionyl-CoA carboxylase beta chain

物种未注明

UniProt A0R616

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit × 8 （A0QTE1） Propionyl-CoA carboxylase beta chain × 4 （A0QTE7） Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5 × 2 （A0QTE6） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL × 5 propionyl Coenzyme A × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0R616_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D4a； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517 作者链 D4b； PDB构建体 1–517； UniProt 1–517

Propionyl-CoA carboxylase beta chain

物种未注明

UniProt A0QTE7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit × 8 （A0QTE1） Propionyl-CoA carboxylase beta chain × 2 （A0R616） Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5 × 2 （A0QTE6） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL × 5 propionyl Coenzyme A × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0QTE7_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D5a； PDB构建体 1–542； UniProt 1–542 作者链 D5b； PDB构建体 1–542； UniProt 1–542 作者链 D5c； PDB构建体 1–542； UniProt 1–542 作者链 D5d； PDB构建体 1–542； UniProt 1–542

Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5

物种未注明

UniProt A0QTE6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 16	Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit × 8 （A0QTE1） Propionyl-CoA carboxylase beta chain × 2 （A0R616） Propionyl-CoA carboxylase beta chain × 4 （A0QTE7） ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL × 5 propionyl Coenzyme A × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0QTE6_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E5a； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94 作者链 E5b； PDB构建体 1–94； UniProt 1–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9tdm
沉积日期 deposition_date	2025-11-24
结构标题 title	Cryo-EM structure of AccA3/AccD4/AccD5/AccE5 in complex with Propionyl-CoA
关键词 keywords	Bio-dependent acyl-CoA carboxylase, long chain/short chain acyl-CoA carboxylase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9tdm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9tdm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9tdm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	76.44 Å
Rg（电子密度）	76.40 Å
总 Rg	76.17 Å
原子数	114486
残基数	7618
排除体积	1028400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9tdm__assembly_1__model_1`	16-meric （16）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit
分子量 formula_weight	63215.2 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.4.14
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A3a,A3b,A3c,A3d,A3e,A3f,A3g,A3h
原子数 atom_count	114486

MANHASSKISKVLVANRGEIAVRVIRAAKDAGLASVAVYAEPDADAPHVRLADEAFALGGQTSAESYLVFEKILDAAEKSGANAIHPGYGFLSENADFAQAVIDAGLIWIGPSPQSIRDLGDKVTARHIAARAKAPLVPGTPDPVKDADEVVAFAKEHGVPVAIKAAFGGGGRGMKVARTLEEIPELFESATREAIAAFGRGECFVERYLDKPRHVEAQVIADQHGNVVVAGTRDCSLQRRFQKLVEEAPAPFLTDAQRKEIHESAKRICKEAGYYGAGTVEYLVGQDGLISFLEVNTRLQVEHPVTEETSGIDLVRQQFKIANGEPLDITEDPTPRGHSFEFRINGEDAGRGFLPAPGPVTKFVAPTGPGVRMDSGVETGSVIGGQFDSMLAKLIVTGATREEALERSRRALAEFTVEGLATVIPFHRAVVSDPAFIGDGEKFDVHTRWIETEWNNTVEPFTGGDPIEEEDTVPRQTVVVEVGGRRLEVSLPGDLAIGGGGGAAAPGVVRKKPKPRKRGGGGAKAASGDAVTAPMQGTVVKVAVEEGQEVSAGDLVVVLEAMKMENPVTAHKDGTITGLAVEAGAAITQGTVIAEIK

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Propionyl-CoA carboxylase beta chain
分子量 formula_weight	56234.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.4.1.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D4a,D4b

MTNKTTAELLAELREKLELAKEPGGEKAVAKREKKGIPSARARINALLDPGSFIEIGALAKTPGDPNALYGDGVVTGRGTIDGRPVGVFSHDQTVFQGSVGEMFGRKVARLMEWVAMVGCPIIGINDSAGARIQDAVTSLAWYAELGRRHEMLRGLVPEISLIFGKCAGGAVYSPIQTDLLVAVRDQGYMFITGPDVIKDVTGEDVTFDELGGADEQAKRGNIHKVVNSEAEAYQYVRDYLSFLPSNHFDNPPIVNPGMEPEITPHDLELDSIVPDADNMAYDMHEILLRIFDDGDVFEIAEQRGPAMITAFARVDGHPVGVIANQPMVLSGAIDNEASDKAASFIRFCDSYNLPLVFVVDTPGAMPGVAEEKGGIIKRGGRFFNAIVEADVPKVTVIIRKAYGGGYAVMGSKQLSADLNFAWPTARIAVIGAEGAAQLLVKRFPDPNAPEVQKIRDDFIEGYNLNMATPWIAAERGYIDAVIQPHETRLLLRKSLRLLRDKQNGPKVQRKHGLLPL

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Propionyl-CoA carboxylase beta chain
分子量 formula_weight	58488.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.4.1.3
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D5a,D5b,D5c,D5d

MTSVTEPSAEHQVDIHTTAGKLADLKRRTEETLHPVGEAAVDKVHAKGKLTARERILALLDEGSFVELDALAKHRSTNFGLEKNRPLGDGVITGYGTIDGRDVCIFSQDATVFGGSLGEVYGEKIVKVQELAIKTGRPLIGINDGAGARIQEGVVSLGLYSRIFHNNIKASGVIPQISLIMGAAAGGHVYSPALTDFVVMVDQTSQMFITGPDVIKTVTGEDVTMEELGGAHTHMAKSGTAHYVASGEQDAFDYVRDLLSYLPPNNYADPPLYPVAIPEGSIEETLTDEDLELDTLIPDSPNQPYDMHEVITRILDDDEFLEVQAGYAGNIVVGFGRVEGRPVGIVANQPTQFAGCLDINASEKAARFIRTCDCFNIPIVLLVDVPGFLPGTDQEYNGIIRRGAKLLYAYGEATVAKVTVITRKSYGGAYCVMGSKDMGADVVVAWPTAQIAVMGASGAVGFVYRQQLKEAAKNGEDVDALRLELQQTYEDTLVNPYIAAERGYVDAVIPPSHTRGYVANALRLLERKIVQMPPKKHGNIPL

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5
分子量 formula_weight	10357.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E5a,E5b

MSGANDSTTVSGEVQADVTDEAKADHEAHIKVLRGEPTPEEMAALMAVLASAGGGPAEPVKKERNMWGHPVDKLRYSVFSWQRVTLLERTHMRR

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	5-(HEXAHYDRO-2-OXO-1H-THIENO[3,4-D]IMIDAZOL-6-YL)PENTANAL
分子量 formula_weight	228.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	propionyl Coenzyme A
分子量 formula_weight	823.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	380.800 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.40 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	52469

Cryo-EM structure of AccA3/AccD4/AccD5/AccE5 in complex with Propionyl-CoA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Propionyl-CoA carboxylase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Propionyl-CoA carboxylase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9tdm__assembly_1__model_1

9tdm__assembly_1__model_1 | I(q)

9tdm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of AccA3/AccD4/AccD5/AccE5 in complex with Propionyl-CoA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Biotin-dependent acyl-coenzyme A carboxylase alpha3 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Propionyl-CoA carboxylase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Propionyl-CoA carboxylase beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Acetyl-/propionyl-coenzyme A carboxylase AccE5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9tdm__assembly_1__model_1

9tdm__assembly_1__model_1 | I(q)

9tdm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)