9u9k

Cryo-EM structure of hemi-methylated DNA-bound Tetrahymena DNA methyltransferase complex MTA1c (MTA9-B)

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA m(6)A methyltransferase

Tetrahymena thermophila SB210

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	Methyltransferase MT, putative × 1 （Q22XT1） Myb-like DNA-binding domain protein × 1 （Q22VV9） Transmembrane protein, putative × 1 （I7M8B9） DNA (27-MER) × 1 DNA (27-MER) × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q22GC0_TETTS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–378； UniProt 57–428

Methyltransferase MT, putative

Tetrahymena thermophila SB210

UniProt Q22XT1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	mRNA m(6)A methyltransferase × 1 （Q22GC0） Myb-like DNA-binding domain protein × 1 （Q22VV9） Transmembrane protein, putative × 1 （I7M8B9） DNA (27-MER) × 1 DNA (27-MER) × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q22XT1_TETTS
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–329； UniProt 1–324

Myb-like DNA-binding domain protein

Tetrahymena thermophila SB210

UniProt Q22VV9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	mRNA m(6)A methyltransferase × 1 （Q22GC0） Methyltransferase MT, putative × 1 （Q22XT1） Transmembrane protein, putative × 1 （I7M8B9） DNA (27-MER) × 1 DNA (27-MER) × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q22VV9_TETTS
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 6–364； UniProt 2–360

Transmembrane protein, putative

Tetrahymena thermophila SB210

UniProt I7M8B9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 4 DNA 2	mRNA m(6)A methyltransferase × 1 （Q22GC0） Methyltransferase MT, putative × 1 （Q22XT1） Myb-like DNA-binding domain protein × 1 （Q22VV9） DNA (27-MER) × 1 DNA (27-MER) × 1 S-ADENOSYLMETHIONINE × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	I7M8B9_TETTS
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 5–146； UniProt 154–295

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9u9k
沉积日期 deposition_date	2025-03-28
最后修订 last_revision	2025-11-05
结构标题 title	Cryo-EM structure of hemi-methylated DNA-bound Tetrahymena DNA methyltransferase complex MTA1c (MTA9-B)
关键词 keywords	;DNA methyltransferase, DNA N6-methyladenine modification, protein-DNA complex, chromatin regulation, gene regulation, DNA BINDING PROTEIN/DNA, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9u9k__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9u9k__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9u9k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.85 Å
Rg（电子密度）	31.61 Å
总 Rg	32.12 Å
原子数	6205
残基数	696
排除体积	108350 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9u9k__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	mRNA m(6)A methyltransferase
分子量 formula_weight	43368.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.348
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6205

GPEFKLMSKAVNKKGLRPRKSDSILDHIKNKLDQEFLEDNENGEQSDEDYDQKSLNKAKKPYKKRQTQNGSELVISQQKTKAKASANNKKSAKNSQKLDEEEKIVEEEDLSPQKNGAVSEDDQQQEASTQEDDYLDRLPKSKKGLQGLLQDIEKRILHYKQLFFKEQNEIANGKRSMVPDNSIPICSDVTKLNFQALIDAQMRHAGKMFDVIMMDPPWQLSSSQPSRGVAIAYDSLSDEKIQNMPIQSLQQDGFIFVWAINAKYRVTIKMIENWGYKLVDEITWVKKTVNGKIAKGHGFYLQHAKESCLIGVKGDVDNGRFKKNIASDVIFSERRGQSQKPEEIYQYINQLCPNGNYLEIFARRNNLHDNWVSIGNEL

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Methyltransferase MT, putative
分子量 formula_weight	41270.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPGRPMSQETLAACQSLDKFAHPKKVSPVQKSQIIEEPPLQKKIKPTEPGEDQLSLLLKWRSSYIPPQKPTNEDEYKKIICKDISSEKLEQHAGDVSALFINIKWKLSEGQSGKSIEDLKKLAISDKLINNGIIFIWSEKEILSQIVDVLEAKGFNYIENFMINQLSADKALEMQRKNQNQQSKEKKITDFFKRLTPQKNIWSDITPEQCIEQEKFPPNNYVQDIFVNSEYSFFRKSKKILLMLRKFNKDAQLELRHQRTSDIFFDIFEQNKPNDVSKKGMEFVYKMIETLLPKANYSEENKGAFKMMELYADDKSQPRKGWISVYEQEWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Myb-like DNA-binding domain protein
分子量 formula_weight	41937.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GPGRPSLKKGKFQHNQSKSLWNYTLSPGWREEEVKILKSALQLFGIGKWKKIMESGCLPGKSIGQIYMQTQRLLGQQSLGDFMGLQIDLEAVFNQNMKKQDVLRKNNCIINTGDNPTKEERKRRIEQNRKIYGLSAKQIAEIKLPKVKKHAPQYMTLEDIENEKFTNLEILTHLYNLKAEIVRRLAEQGETIAQPSIIKSLNNLNHNLEQNQNSNSSTETKVTLEQSGKKKYKVLAIEETELQNGPIATNSQKKSINGKRKNNRKINSDSEGNEEDISLEDIDSQESEINSEEIVEDDEEDEQIEEPSKIKKRKKNPEQESEEDDIEEDQEEDELVVNEEEIFEDDDDDEDNQDSSEDDDDDED

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Transmembrane protein, putative
分子量 formula_weight	17043.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GPEFMKKNGKSQNQPLDFTQYAKNMRKDLSNQDICLEDGALNHSYFLTKKGQYWTPLNQKALQRGIELFGVGNWKEINYDEFSGKANIVELELRTCMILGINDITEYYGKKISEEEQEEIKKSNIAKGKKENKLKDNIYQKLQQMQ

来源 Source

来源生物 organism	Tetrahymena thermophila SB210
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	312017
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8426.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

AGTTAAAGTTAAGATGTTAAGAAAGTT

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA (27-MER)
分子量 formula_weight	8173.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AACTTTCTTAACATCTTAACTTTAACT

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	S-ADENOSYLMETHIONINE
分子量 formula_weight	398.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.96 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	335709

Cryo-EM structure of hemi-methylated DNA-bound Tetrahymena DNA methyltransferase complex MTA1c (MTA9-B)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

mRNA m(6)A methyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Methyltransferase MT, putative

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Myb-like DNA-binding domain protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transmembrane protein, putative

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9u9k__assembly_1__model_1

9u9k__assembly_1__model_1 | I(q)

9u9k__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)