9uco

Cryo-EM structure of ADGRE1-beta arrestin1-scFv30 complex

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 158.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Beta-arrestin-1

Mus musculus

UniProt P17870

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–376 链 C; UniProt 1–376 未记录 scFv30 × 4 Adhesion G protein-coupled receptor E1 × 2 (Q61549) Adhesion G protein-coupled receptor E1 × 2 (Q61549) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.58 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 23 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARRB1_BOVIN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376 作者链 C; PDB构建体 1–376; UniProt 1–376

Adhesion G protein-coupled receptor E1

Mus musculus

UniProt Q61549

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明:decameric(10) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 630–644 链 H; UniProt 645–931 链 L; UniProt 630–644 链 R; UniProt 645–931 未记录 Beta-arrestin-1 × 2 (P17870) scFv30 × 4 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.58 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AGRE1_MOUSE
Isoform
PDB实体 3, 4
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–15; UniProt 630–644 作者链 L; PDB构建体 1–15; UniProt 630–644 作者链 H; PDB构建体 1–287; UniProt 645–931 作者链 R; PDB构建体 1–287; UniProt 645–931

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9uco

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9uco
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9uco
沉积日期 deposition_date2025-04-04
结构标题 titleCryo-EM structure of ADGRE1-beta arrestin1-scFv30 complex
关键词 keywordscomplex, membrane protein, ADGRE1; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier46.81
回转半径 Rg (电子) rg_electron46.38
零角强度 I(0) i0394667000.00
分子量 molecular_weight171850.0 kDa
排除体积 excluded_volume218250 ų
包络体积 envelope_volume322470 ų
水化壳体积 shell_volume59253 ų
包络直径 envelope_diameter169.7
壳层 Rg shell_rg49.73
包络 Rg envelope_rg44.80
形状 Rg shape_rg46.37
总 Rg total_rg46.58
总原子数 total_atoms12144
残基数 n_residues1653
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax158.5
Rg (实空间) rg_real46.74
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.94
I(0) (实空间) i0_real3.9470e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.0570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal46.81
I(0) (倒空间) i0_reciprocal394700000.0000
解质量估计 total_estimate0.8169
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary55.9
偏度 Skewness skewness0.176
峰度 Kurtosis kurtosis-0.492
角度范围 angular_range— – 0.1700 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23240000.0000
实空间数据点数 n_real_points35
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.872; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)