SAXSdb — 9uxv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gasdermin-E, N-terminal,Gasdermin-D, N-terminal,Gasdermin-D, p40,Deafness, autosomal dominant 5

Danio rerio

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSDME_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–251； UniProt 1–245 作者链 B； PDB构建体 7–251； UniProt 1–245

Gasdermin-E, N-terminal,Gasdermin-D, N-terminal,Gasdermin-D, p40,Deafness, autosomal dominant 5

Danio rerio

UniProt Q6J2R6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6J2R6_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 267–474； UniProt 265–472 作者链 B； PDB构建体 267–474； UniProt 265–472

Gasdermin-E, N-terminal,Gasdermin-D, N-terminal,Gasdermin-D, p40,Deafness, autosomal dominant 5

Danio rerio

UniProt Q9D8T2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致
2	信息不足	单体	蛋白 1	无其他共同聚合物	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GSDMD_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 252–256； UniProt 243–247 作者链 A； PDB构建体 257–266； UniProt 274–283 作者链 B； PDB构建体 252–256； UniProt 243–247 作者链 B； PDB构建体 257–266； UniProt 274–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9uxv
沉积日期 deposition_date	2025-05-14
最后修订 last_revision	2026-05-27
结构标题 title	Crystal structure of GSDME
关键词 keywords	Cell Death, GSDME, Pyroptosis, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9uxv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9uxv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9uxv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.10 Å
Rg（电子密度）	24.23 Å
总 Rg	25.04 Å
原子数	3082
残基数	400
排除体积	55651 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9uxv__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9uxv__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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晶胞边长 a length_a	78.450 Å
晶胞边长 b length_b	78.450 Å
晶胞边长 c length_c	353.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	tetragonal

分辨率 resolution	2.950 Å
最低分辨率 resolution_low	46.990 Å
R 因子 r_factor	0.2379
R_work r_work	0.2359
R_free r_free	0.2743

描述 description	Gasdermin-E, N-terminal,Gasdermin-D, N-terminal,Gasdermin-D, p40,Deafness, autosomal dominant 5
分子量 formula_weight	51882.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5881

Crystal structure of GSDME

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gasdermin-E, N-terminal,Gasdermin-D, N-terminal,Gasdermin-D, p40,Deafness, autosomal dominant 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gasdermin-E, N-terminal,Gasdermin-D, N-terminal,Gasdermin-D, p40,Deafness, autosomal dominant 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Gasdermin-E, N-terminal,Gasdermin-D, N-terminal,Gasdermin-D, p40,Deafness, autosomal dominant 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9uxv__assembly_1__model_1

9uxv__assembly_1__model_1 | I(q)

9uxv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Danio rerio
通用名 common_name	zebrafish
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Crystal structure of GSDME

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gasdermin-E, N-terminal,Gasdermin-D, N-terminal,Gasdermin-D, p40,Deafness, autosomal dominant 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Gasdermin-E, N-terminal,Gasdermin-D, N-terminal,Gasdermin-D, p40,Deafness, autosomal dominant 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Gasdermin-E, N-terminal,Gasdermin-D, N-terminal,Gasdermin-D, p40,Deafness, autosomal dominant 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9uxv__assembly_1__model_1

9uxv__assembly_1__model_1 | I(q)

9uxv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)