9uy3

Anamorelin bound growth hormone secretagogue receptor in complex with Gq

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 121.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 2–340 未记录 Engineered G-alpha-q subunit × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) NB35 × 1 ;Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,human growth hormone secretagogue receptor ; × 1 (P0ABE7,Q92847) CLR CHOLESTEROL × 2 A1ESD 2-azanyl-N-[(2R)-1-[(3S)-3-[dimethylamino(methyl)carbamoyl]-3-(phenylmethyl)piperidin-1-yl]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-2-methyl-propanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 7–345; UniProt 2–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 1–71 未记录 Engineered G-alpha-q subunit × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) NB35 × 1 ;Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,human growth hormone secretagogue receptor ; × 1 (P0ABE7,Q92847) CLR CHOLESTEROL × 2 A1ESD 2-azanyl-N-[(2R)-1-[(3S)-3-[dimethylamino(methyl)carbamoyl]-3-(phenylmethyl)piperidin-1-yl]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-2-methyl-propanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 G; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

;Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,human growth hormone secretagogue receptor ;

Homo sapiens

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 23–128 未记录 Engineered G-alpha-q subunit × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) NB35 × 1 CLR CHOLESTEROL × 2 A1ESD 2-azanyl-N-[(2R)-1-[(3S)-3-[dimethylamino(methyl)carbamoyl]-3-(phenylmethyl)piperidin-1-yl]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-2-methyl-propanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 714 个其他 PDB 条目、822 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 42–147; UniProt 23–128

;Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,Soluble cytochrome b562,Growth hormone secretagogue receptor type 1,human growth hormone secretagogue receptor ;

Homo sapiens

UniProt Q92847

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 信息不足 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 R; UniProt 1–366 未记录 Engineered G-alpha-q subunit × 1 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 1 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 1 (P59768) NB35 × 1 CLR CHOLESTEROL × 2 A1ESD 2-azanyl-N-[(2R)-1-[(3S)-3-[dimethylamino(methyl)carbamoyl]-3-(phenylmethyl)piperidin-1-yl]-3-(1H-indol-3-yl)-1-oxidanylidene-propan-2-yl]-2-methyl-propanamide × 1 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.3 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 2.52 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GHSR_HUMAN
Isoform
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 R; PDB构建体 148–513; UniProt 1–366

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9uy3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9uy3
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id9uy3
沉积日期 deposition_date2025-05-14
结构标题 titleAnamorelin bound growth hormone secretagogue receptor in complex with Gq
关键词 keywordsgrowth hormone secretagogue receptor, GHSR, Anamorelin, ghrelin receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier35.24
回转半径 Rg (电子) rg_electron35.31
零角强度 I(0) i0405345000.00
分子量 molecular_weight108950.0 kDa
排除体积 excluded_volume105490 ų
包络体积 envelope_volume184560 ų
水化壳体积 shell_volume44735 ų
包络直径 envelope_diameter128.7
壳层 Rg shell_rg40.47
包络 Rg envelope_rg35.38
形状 Rg shape_rg35.33
总 Rg total_rg35.53
总原子数 total_atoms8245
残基数 n_residues1034
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax121.5
Rg (实空间) rg_real35.41
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.19
I(0) (实空间) i0_real4.0530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5340e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal35.31
I(0) (倒空间) i0_reciprocal405300000.0000
解质量估计 total_estimate0.8578
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.8
偏度 Skewness skewness0.497
峰度 Kurtosis kurtosis-0.197
角度范围 angular_range— – 0.2250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha47670000.0000
实空间数据点数 n_real_points46
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.801; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.812

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)