SAXSdb — 9uym

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor responder protein 2

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Nanobody 32 × 1 Single-chain fragment variable 30 (scFv30) × 1 Beta-arrestin-2,Beta-arrestin-1 × 1 （P32121,P49407） Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor × 1 （P30518,P46091） CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RARR2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 16–153； UniProt 20–157

Beta-arrestin-2,Beta-arrestin-1

Homo sapiens

UniProt P32121

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Retinoic acid receptor responder protein 2 × 1 （Q99969） Nanobody 32 × 1 Single-chain fragment variable 30 (scFv30) × 1 Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor × 1 （P30518,P46091） CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARRB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–349； UniProt 1–349

Beta-arrestin-2,Beta-arrestin-1

Homo sapiens

UniProt P49407

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Retinoic acid receptor responder protein 2 × 1 （Q99969） Nanobody 32 × 1 Single-chain fragment variable 30 (scFv30) × 1 Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor × 1 （P30518,P46091） CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARRB1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 350–369； UniProt 357–376

Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor

Homo sapiens

UniProt P30518

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Retinoic acid receptor responder protein 2 × 1 （Q99969） Nanobody 32 × 1 Single-chain fragment variable 30 (scFv30) × 1 Beta-arrestin-2,Beta-arrestin-1 × 1 （P32121,P49407） CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	V2R_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 386–414； UniProt 343–371

Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor

Homo sapiens

UniProt P46091

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	Retinoic acid receptor responder protein 2 × 1 （Q99969） Nanobody 32 × 1 Single-chain fragment variable 30 (scFv30) × 1 Beta-arrestin-2,Beta-arrestin-1 × 1 （P32121,P49407） CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CML2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 65–385； UniProt 2–322

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9uym
沉积日期 deposition_date	2025-05-15
结构标题 title	Composite map of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 2
关键词 keywords	;G protein-coupled receptor 1, chemerin, beta-arrestin 2, signaling protein, MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9uym__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9uym__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9uym__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.50 Å
Rg（电子密度）	42.19 Å
总 Rg	42.15 Å
原子数	7581
残基数	1008
排除体积	135890 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9uym__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Retinoic acid receptor responder protein 2
分子量 formula_weight	17720.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	7581

MKTIIALSYIFCLVFAELTEAQRRGLQVALEEFHKHPPVQWAFQETSVESAVDTPFPAGIFVRLEFKLQQTSCRKRDWKKPECKVRPNGRKRKCLACIKLGSEDKVLGRLVHCPIETQVLREAEEHQETQCLRVQRAGEDPHSFYFPGQFAFS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nanobody 32
分子量 formula_weight	13238.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCVVSGFFFDTVTMAWYRRAPGKHRELVASATAGGTTTYADSVKDRFTISRDNAKNTVYLQMNSLKPEDTAVYYCNTFVRSLSWGQGTQVTVSSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia phage EcSzw-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2419741
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Single-chain fragment variable 30 (scFv30)
分子量 formula_weight	26157.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

SDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSAVAWYQQKPGKAPKLLIYSASSLYSGVPSRFSGSRSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYKYVPVTFGQGTKVEIKGTTAASGSSGGSSSGAEVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFNVYSSSIHWVRQAPGKGLEWVASISSYYGYTYYADSVKGRFTISADTSKNTAYLQMNSLRAEDTAVYYCARSRQFWYSGLDYWGQGTLVTVSSA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Beta-arrestin-2,Beta-arrestin-1
分子量 formula_weight	41508.5 kDa
突变 mutation	C17G,C60V,C126S,C141L,C151V,C243V,C252V and C270S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGEKPGTRVFKKSSPNGKLTVYLGKRDFVDHLDKVDPVDGVVLVDPDYLKDRKVFVTLTVAFRYGREDLDVLGLSFRKDLFIATYQAFPPVPNPPRPPTRLQDRLLRKLGQHAHPFFFTIPQNLPSSVTLQPGPEDTGKALGVDFEIRAFVAKSLEEKSHKRNSVRLVIRKVQFAPEKPGPQPSAETTRHFLMSDRSLHLEASLDKELYYHGEPLNVNVHVTNNSTKTVKKIKVSVRQYADIVLFSTAQYKVPVAQLEQDDQVSPSSTFSKVYTITPLLSDNREKRGLALDGKLKHEDTNLASSTIVKEGANKEVLGILVSYRVKVKLVVSRGGDVSVELPFVLMHPKPKEEPPHREVPENETPVDTNL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor
分子量 formula_weight	48031.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MKTIIALSYIFCLVFAGSWSHPQFEKGSGAGASAGSWSHPQFEKGSDYKDDDDKEFLEVLFQGPEDLEETLFEEFENYSYDLDYYSLESDLEEKVQLGVVHWVSLVLYCLAFVLGIPGNAIVIWFTGFKWKKTVTTLWFLNLAIADFIFLLFLPLYISYVAMNFHWPFGIWLCKANSFTAQLNMFASVFFLTVISLDHYIHLIHPVLSHRHRTLKNSLIVIIFIWLLASLIGGPALYFRDTVEFNNHTLCYNNFQKHDPDLTLIRHHVLTWVKFIIGYLFPLLTMSICYLCLIFKVKKRSILISSRHFWTILVVVVAFVVCWTPYHLFSIWELTIHHNSYSHHVMQAGIPLSTGLAFLNSCLNPILYVLISKKFQARFRSSVAEIARGRTPPSLGPQDESCTTASSSLAKDTSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子量 formula_weight	486.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	123307

Composite map of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Retinoic acid receptor responder protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-arrestin-2,Beta-arrestin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-arrestin-2,Beta-arrestin-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Chemerin-like receptor 2,Vasopressin V2 receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9uym__assembly_1__model_1

9uym__assembly_1__model_1 | I(q)

9uym__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)