SAXSdb — 9v7j

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phycobiliprotein ApcE

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Allophycocyanin alpha subunit × 40 （Q7NL80） Allophycocyanin beta subunit × 40 （Q7NL79） Phycobilisome core component × 2 （Q7NJA2） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 6 （Q7NL78） PHYCOCYANOBILIN × 84	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7NL81_GLOVI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1155； UniProt 1–1155 作者链 C； PDB构建体 1–1155； UniProt 1–1155

Allophycocyanin alpha subunit

物种未注明

UniProt Q7NL80

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q7NL81） Allophycocyanin beta subunit × 40 （Q7NL79） Phycobilisome core component × 2 （Q7NJA2） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 6 （Q7NL78） PHYCOCYANOBILIN × 84	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7NL80_GLOVI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 3； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 5； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 7； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 9； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AA； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AC； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AE； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AG； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AI； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AK； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AM； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AO； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AQ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AS； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AU； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AW； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 E； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 G； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 I； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 K； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 M； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 O； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 Q； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 S； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 U； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 W； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 Y； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 a； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 c； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 e； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 g； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 i； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 k； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 m； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 o； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 r； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 t； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 w； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 y； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Allophycocyanin beta subunit

物种未注明

UniProt Q7NL79

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q7NL81） Allophycocyanin alpha subunit × 40 （Q7NL80） Phycobilisome core component × 2 （Q7NJA2） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 6 （Q7NL78） PHYCOCYANOBILIN × 84	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7NL79_GLOVI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 0； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 2； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 4； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 6； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 8； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AB； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AD； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AF； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AH； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AJ； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AL； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AN； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AP； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AR； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AT； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AV； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 AX； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 F； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 H； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 J； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 L； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 N； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 P； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 R； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 T； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 V； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 X； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 Z； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 b； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 d； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 f； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 h； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 j； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 l； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 n； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 p； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 q； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 v； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 x； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 z； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Phycobilisome core component

物种未注明

UniProt Q7NJA2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q7NL81） Allophycocyanin alpha subunit × 40 （Q7NL80） Allophycocyanin beta subunit × 40 （Q7NL79） Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core × 6 （Q7NL78） PHYCOCYANOBILIN × 84	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7NJA2_GLOVI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 s； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161 作者链 u； PDB构建体 1–161； UniProt 1–161

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

物种未注明

UniProt Q7NL78

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 90	Phycobiliprotein ApcE × 2 （Q7NL81） Allophycocyanin alpha subunit × 40 （Q7NL80） Allophycocyanin beta subunit × 40 （Q7NL79） Phycobilisome core component × 2 （Q7NJA2） PHYCOCYANOBILIN × 84	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7NL78_GLOVI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 AY； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 AZ； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 Aa； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 Ab； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 Ac； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69 作者链 Ad； PDB构建体 1–69； UniProt 1–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9v7j
沉积日期 deposition_date	2025-05-28
结构标题 title	Phycobilisome core from Gloeobacter violaceus PCC 7421
关键词 keywords	Phycobilisome, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9v7j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9v7j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9v7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	86.29 Å
Rg（电子密度）	86.05 Å
总 Rg	86.11 Å
原子数	123484
残基数	15644
排除体积	2213100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9v7j__assembly_1__model_1`	90-meric （90）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phycobiliprotein ApcE
分子量 formula_weight	130002.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	123484

MSIRGTSGSTVARPRLFRTVMTETINGINAEDRYPNSGEVSQLDQFFGDGQRRIAIVAKLTENAEMIVSRAANRIFVGGSPMAYSERQKAKAKSPLANDEFGNEPIVEDRGGFLESLKSIFSTRGGGGRASADFAVPPDFEPINIARYGPERMQKSIRDLDWFLRYTTYAILAGDPSILEANCLGLREILEKSCSISATIVALLEMRKNAARLFKDEADSKLVSSYISVVIRALDADRSDAPADIVRPSSEDRPGLTLPYIYKLSADSLTTFKMTAIYGADGRPKVNLSSDEKERVVRAAYRQVFERDLKAYGQSVSEAESKVKNGEISVREFVRRLGKSELYRREFYQPFINSRVLELAFKHFLGRAPESRAEVQKYFSIISSPIVRGQSSMPSGGLYALIDALIDSEEYTSIFGEDTVPYLRNLGVEAQPSWNWGAAYDLYNYAAPRRKVPQFITLFADYTQPLPNQHPYGAGNDPLEIQFGAIFKNSTINPAERAAPIGKDVKRILIRNGSPTSNERGNPTGMSEGATTLGPKIFKLTQNVGFRSKGMVQNAGVVTVEGSVQALITAAYQQIFGRQLYQGQRLKVAEIKLENGETTVKEFVRALGRSEIFRKLYWEPFYVCKAIEYIHRRLLGRPTYDRVENNRYFDIASKKGFYGVVDAMLNSNEYQEVFGEDVLPYERYLTPAGLSLRKGRFGSSDVLTTPGGITPRGDAARMMDKIQELGTPINERSIPEMYVNQGVPALKRQRKVFKQSQATDRESFDALVTAAYVQVFDKDIASYIRSEFSALESRLRNRETSVKEFVRLLGFSALYRKQFHDRYPNTKVVEFAFKHFLGRAVKNQAELIKYHGLLGRKGIKALIGALVDGEEYGRLYGEDTVPSWQFPTLPAANYPNSVELYNRFTRQDDSLVVPSFKPIRSKMDIASMPLVQAALKEQQATKTALDMSRPMFLELGRSFKGADGQSVEVGVGTLRRQLEHIYRIAPDATRSEKDVAINAIYRQVLDVFAGIPPSYLRLSEAESKLKNNEISVREFVRRLGRSENYRKRFFEPYSSPKVVELLTKHFLGRAPISQQEISTYVQILGTKGLAAAVDAIVESPEYLTIFNEDIVPYRRYPTLPAGNYRASVRVNDEELISQSWSSLSPTYTGYQYVTR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Allophycocyanin alpha subunit
分子量 formula_weight	17555.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,O,E,G,I,K,Q,S,U,W,Y,a,c,e,g,i,k,m,o,r,t,w,y,1,3,5,7,9,AA,AC,AE,AG,AI,AK,AM,AO,AQ,AS,AU,AW

MSVLTKAIVNADAEARYLSPGELDRIKSFVASGERRLRIAQTLTEARERIVKQAGDQLFQKRPDVVSPGGNAYGEKMTALCLRDLDYYLRLVTYGIVAGDVTPIEEIGIIGVKEMYNSLQTPIPAVAEGVRAMKNVATSLLSGDDAAEAGFYFDYLVGAMQ

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Allophycocyanin beta subunit
分子量 formula_weight	17241.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	40

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N,P,F,H,J,L,R,T,V,X,Z,b,d,f,h,j,l,n,p,q,v,x,z,2,4,6,8,0,AB,AD,AF,AH,AJ,AL,AN,AP,AR,AT,AV,AX

MQDAITAVINNYDVQGKYLDGAALDKLKAYFTTGAVRVRAAAVISSNATTIIKEAAAKALIYSDLTRPGGNMYTTRRYAACIRDMDYFLRYATYAMLAGDPSILDERVLNGLKETYNSLGVPIAATVGGIQAMKEVVGGLVGPDAAKEASIYFDYLSSGLS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Phycobilisome core component
分子量 formula_weight	17452.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	s,u

MKDAISTVIAKYDSQGKYFDNAAVDQLKAYFATGELRVRSAAAISANAQSIIKEATAKALLYSSLTRTGGNMYYARRFAACIRDMEYFLRYATFAMVAGDTSLLDEYVLNGLKETYTSLGVPIDATVKGINALREVVASVVGPEAAGEASKYFDHLAKGLQ

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
分子量 formula_weight	7765.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	AY,AZ,Aa,Ab,Ac,Ad

MSRYFKVTACIPSLKRVRTGRELQNTFFTKLVPYENWFTEQQRIQKAGGKVLSVKLFTGVQGANTGVGA

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	PHYCOCYANOBILIN
分子量 formula_weight	588.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	84

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.85 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	746972

Phycobilisome core from Gloeobacter violaceus PCC 7421

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phycobiliprotein ApcE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Allophycocyanin alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Allophycocyanin beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phycobilisome core component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9v7j__assembly_1__model_1

9v7j__assembly_1__model_1 | I(q)

9v7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

Phycobilisome core from Gloeobacter violaceus PCC 7421

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phycobiliprotein ApcE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Allophycocyanin alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Allophycocyanin beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome core component

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9v7j__assembly_1__model_1

9v7j__assembly_1__model_1 | I(q)

9v7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)