9vir

Crystal Structure of the NUAK1-MARK3 kinase domain chimera bound with small molecule inhibitor N-(5-((5-chloro-4-(((3aS,6R,6aR)-6-methoxy-3a,5,6,6a-tetrahydrofuro[3,2-b]furan-3-yl)oxy)pyrimidin-2-yl)amino)-2-(((2R,7aR)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl)methoxy)phenyl)-1-methyl-1H-pyrazole-4-carboxamide

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;~{N}-[5-[[4-[[(3~{R},3~{a}~{R},6~{a}~{S})-3-methoxy-2,3,3~{a},6~{a}-tetrahydrofuro[3,2-b]furan-6-yl]oxy]-5-chloranyl-pyrimidin-2-yl]amino]-2-[[(2~{R},8~{R})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]phenyl]-1-methyl-pyrazole-4-carboxamide ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MARK3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–326； UniProt 48–370

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vir
沉积日期 deposition_date	2025-06-18
最后修订 last_revision	2026-04-22
结构标题 title	Crystal Structure of the NUAK1-MARK3 kinase domain chimera bound with small molecule inhibitor N-(5-((5-chloro-4-(((3aS,6R,6aR)-6-methoxy-3a,5,6,6a-tetrahydrofuro[3,2-b]furan-3-yl)oxy)pyrimidin-2-yl)amino)-2-(((2R,7aR)-2-fluorotetrahydro-1H-pyrrolizin-7a(5H)-yl)methoxy)phenyl)-1-methyl-1H-pyrazole-4-carboxamide
关键词 keywords	protein kinase, complex, CYTOSOLIC PROTEIN; CYTOSOLIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vir__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vir__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vir__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.78 Å
Rg（电子密度）	20.75 Å
总 Rg	21.74 Å
原子数	2607
残基数	318
排除体积	46653 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vir__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9vir__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3
分子量 formula_weight	37744.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
突变 mutation	I62L/L72R/V116I/G137K/F141Y/A146E
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3232

MGSDEQPHIGNYRLLKTLGKGNFAKVKRARHILTGREVAIKIIDKTQLNPTSLQKLFREVRIMKILNHPNIIKLFEVIETEKTLYLIMEYASKGEVYDYLVEHGRMKEKEARSKFRQIVSAVQYCHQKRIVHRDLKAENLLLDADMNIKIADFGFSNEFTVGGKLDTFCGSPPYAAPELFQGKKYDGPEVDVWSLGVILYTLVSGSLPFDGQNLKELRERVLRGKYRIPFYMSTDCENLLKRFLVLNPIKRGTLEQIMKDRWINAGHEEDELKPFVEPELDISDQKRIDIMVGMGYSQEEIQESLSKMKYDEITATYLLLGRKSSE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3
分子量 formula_weight	27762.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;~{N}-[5-[[4-[[(3~{R},3~{a}~{R},6~{a}~{S})-3-methoxy-2,3,3~{a},6~{a}-tetrahydrofuro[3,2-b]furan-6-yl]oxy]-5-chloranyl-pyrimidin-2-yl]amino]-2-[[(2~{R},8~{R})-2-fluoranyl-1,2,3,5,6,7-hexahydropyrrolizin-8-yl]methoxy]phenyl]-1-methyl-pyrazole-4-carboxamide ;
分子量 formula_weight	642.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	84.360 Å
晶胞边长 b length_b	45.320 Å
晶胞边长 c length_c	165.677 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.30 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	I 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	46.314 Å
R 因子 r_factor	0.2694
R_work r_work	0.2672
R_free r_free	0.3158

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vir__assembly_1__model_1

9vir__assembly_1__model_1 | I(q)

9vir__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MAP/microtubule affinity-regulating kinase 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vir__assembly_1__model_1

9vir__assembly_1__model_1 | I(q)

9vir__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

7. 引用文献 (1)