SAXSdb — 9vnd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp3

Bacteroides fragilis NCTC 9343

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp2 × 4 （Q5LDT5） Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS V1 effector Bte1 × 1 （Q5LDT7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A380Z0E1_BACFN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135 作者链 E； PDB构建体 1–135； UniProt 1–135

Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp2

Bacteroides fragilis NCTC 9343

UniProt Q5LDT5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp3 × 2 （A0A380Z0E1） Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS V1 effector Bte1 × 1 （Q5LDT7）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5LDT5_BACFN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 C； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 D； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142 作者链 F； PDB构建体 1–142； UniProt 1–142

Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS V1 effector Bte1

Bacteroides fragilis NCTC 9343

UniProt Q5LDT7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 7	Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp3 × 2 （A0A380Z0E1） Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp2 × 4 （Q5LDT5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q5LDT7_BACFN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–288； UniProt 1–288

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vnd
沉积日期 deposition_date	2025-06-30
结构标题 title	Structure of the Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp2-Hcp3 Heterohexamer in Complex with the Effector Bte1
关键词 keywords	Bacteroides fragilis, T6SS, Hcp, effector, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vnd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vnd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vnd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.71 Å
Rg（电子密度）	26.06 Å
总 Rg	27.10 Å
原子数	3685
残基数	457
排除体积	66527 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vnd__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp3
分子量 formula_weight	15389.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E
原子数 atom_count	3685

MELFSFLQVDSDLTAWFILDGQEYEMSHFDINFAQSVDHKGQPQDEVRGGIMSITLSQTLPENIYRWGMTSIPKNGSVIFKSKTTNPPLKINFINAYCIRFNRSIANEGGLESQLVISPDEMLINGISFDNHWVK

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis NCTC 9343
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272559
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp2
分子量 formula_weight	16112.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,D,F

MFGHKSFLRIGALGDSSISGLYKDSYELENCHFSFNQGTNTDGKPQTDVRGGTLYLTYAGLPQDDMLRWILNSKKYEDGAIVICDDSDEPLEKILFEQAACTGLNIEYTQKGKAYIHTKIILQVRKIKVGETTFENRWTINE

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis NCTC 9343
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272559
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS V1 effector Bte1
分子量 formula_weight	32879.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MGKEIEIKKLPEFEAMVNAGNTTYTGLVEGIGYVYWTTETLYFIRTNPEQLWAIPKYQQIPFPYFQRKDAIIETKTLHTLHVLSKDELLKLDYDAYYAFYGIVEEMLKFIHRADAIKSYCEIPLPIIKSKGALKGNDARNGILSLGSQINDQIGAPLDAANMLMDNKHIGKIGDGLSLISIIDEVGNGEYWSAAGDILLFAAGKTKLSPYMTVISLGTWMYETDLMQWRLACINYSDYKKTLIKYRELQKKFESGDKSVEEKMNECHKILNSHYIEMQKNLGNLGVKF

来源 Source

来源生物 organism	Bacteroides fragilis NCTC 9343
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272559
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	3.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	60133

Structure of the Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp2-Hcp3 Heterohexamer in Complex with the Effector Bte1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS V1 effector Bte1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vnd__assembly_1__model_1

9vnd__assembly_1__model_1 | I(q)

9vnd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Structure of the Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp2-Hcp3 Heterohexamer in Complex with the Effector Bte1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS Hcp2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Bacteroides fragilis NCTC9343 T6SS V1 effector Bte1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vnd__assembly_1__model_1

9vnd__assembly_1__model_1 | I(q)

9vnd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)