SAXSdb — 9vuv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF1ab polyprotein

Swine acute diarrhea syndrome coronavirus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;(1~{R})-3,3-bis(fluoranyl)-~{N}-[(2~{R})-3-methoxy-1-oxidanylidene-1-[[(2~{R},3~{S})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-phenyl-4-(1,3-thiazol-2-ylmethylamino)butan-2-yl]amino]propan-2-yl]cyclohexane-1-carboxamide ; × 2 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL × 3 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A0A2P1G738_9ALPC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–301； UniProt 2943–3243 作者链 B； PDB构建体 1–301； UniProt 2943–3243

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9vuv
沉积日期 deposition_date	2025-07-14
结构标题 title	Crystal structure of SADS-CoV main protease (Lys35Val/Cys224Ser) in complex with SY110
关键词 keywords	swine acute diarrhea syndrome coronavirus, main protease, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9vuv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9vuv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9vuv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.45 Å
Rg（电子密度）	25.31 Å
总 Rg	26.07 Å
原子数	4707
残基数	601
排除体积	83586 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9vuv__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ORF1ab polyprotein
分子量 formula_weight	32367.6 kDa
突变 mutation	K35V,C224S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	5372

AGLKKMAQPSGLVEPCVVRVSYGNTVLNGVWLDDVVYCPRHVLASDTTVTIDYDAVYHSMRLHNFSISKGNVFLGVVGAVMQGANLVITVSQANVNTPSYSFRTLKAGECFNILACYDGTPAGVYGVNLRSTHTIKGSFVNGACGSPGFVMNGHKVEFVYMHQIELGNASHVGSDMFGNIYGGFEDQPSIQLEGVATLITENVIAFLYAALINGERWWCSNERSTIDSFNEWALGNGFTNLVSGDGFSMLAAKTGVDVCQLLSAIQRLATGLGGKTILGYASLTDEYTLSEVVRQMYGVNI

来源 Source

来源生物 organism	Swine acute diarrhea syndrome coronavirus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2032731
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;(1~{R})-3,3-bis(fluoranyl)-~{N}-[(2~{R})-3-methoxy-1-oxidanylidene-1-[[(2~{R},3~{S})-3-oxidanyl-4-oxidanylidene-1-phenyl-4-(1,3-thiazol-2-ylmethylamino)butan-2-yl]amino]propan-2-yl]cyclohexane-1-carboxamide ;
分子量 formula_weight	538.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL
分子量 formula_weight	326.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	566

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晶胞边长 a length_a	90.827 Å
晶胞边长 b length_b	184.746 Å
晶胞边长 c length_c	63.802 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	31.440 Å
R 因子 r_factor	0.1883
R_work r_work	0.1867
R_free r_free	0.2181

Crystal structure of SADS-CoV main protease (Lys35Val/Cys224Ser) in complex with SY110

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF1ab polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vuv__assembly_1__model_1

9vuv__assembly_1__model_1 | I(q)

9vuv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of SADS-CoV main protease (Lys35Val/Cys224Ser) in complex with SY110

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ORF1ab polyprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9vuv__assembly_1__model_1

9vuv__assembly_1__model_1 | I(q)

9vuv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 引用文献 (1)