9wbd

Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with SPR epitope and Q04 TCR

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 5	TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 5	TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TVA25_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–92； UniProt 19–109 作者链 F； PDB构建体 2–92； UniProt 19–109 作者链 K； PDB构建体 2–92； UniProt 19–109 作者链 P； PDB构建体 2–92； UniProt 19–109

T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant

Homo sapiens

UniProt P01848

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 5	TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 5	TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRAC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 114–206； UniProt 1–93 作者链 F； PDB构建体 114–206； UniProt 1–93 作者链 K； PDB构建体 114–206； UniProt 1–93 作者链 P； PDB构建体 114–206； UniProt 1–93

HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01889

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HLAB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–276； UniProt 25–299 作者链 H； PDB构建体 2–276； UniProt 25–299 作者链 M； PDB构建体 2–276； UniProt 25–299 作者链 R； PDB构建体 2–276； UniProt 25–299

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Nucleoprotein × 1 （P0DTC9） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119 作者链 I； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119 作者链 N； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119 作者链 S； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119

Nucleoprotein

物种未注明

UniProt P0DTC9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 1	与蛋白数一致
3	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致
4	信息不足	异源复合物	蛋白 5	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant × 1 （A0A0B4J276,P01848） TCR beta × 1 HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain × 1 （P01889） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） GLYCEROL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NCAP_SARS2
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–9； UniProt 105–113 作者链 J； PDB构建体 1–9； UniProt 105–113 作者链 O； PDB构建体 1–9； UniProt 105–113 作者链 T； PDB构建体 1–9； UniProt 105–113

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9wbd
沉积日期 deposition_date	2025-08-13
结构标题 title	Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with SPR epitope and Q04 TCR
关键词 keywords	pMHC-TCR complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

9wbd__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

9wbd__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

9wbd__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.25 Å
Rg（电子密度）	35.35 Å
总 Rg	35.61 Å
原子数	6139
残基数	782
排除体积	107300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`9wbd__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`9wbd__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`9wbd__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`9wbd__assembly_4__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant
分子量 formula_weight	23105.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,K,P
原子数 atom_count	25365

MGQQVMQIPQYQHVQEGEDFTTYCNSSTTLSNIQWYKQRPGGHPVFLIQLVKSGEVKKQKRLTFQFGEAKKNSSLHITATQTTDVGTYFCAGYTSGTYKYIFGTGTRLKVLANIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TCR beta
分子量 formula_weight	27205.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,L,Q

MGAGVSQSPRYKVAKRGQDVALRCDPISGHVSLFWYQQALGQGPEFLTYFQNEAQLDKSGLPSDRFFAERPEGSVSTLKIQRTQQEDSAVYLCASSLGQGHFTFGSGTRLTVVEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain
分子量 formula_weight	32093.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H,M,R

MGSHSMRYFYTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDSDAASPREEPRAPWIEQEGPEYWDRNTQIYKAQAQTDRESLRNLRGYYNQSEAGSHTLQSMYGCDVGPDGRLLRGHDQYAYDGKDYIALNEDLRSWTAADTAAQITQRKWEAAREAEQRRAYLEGECVEWLRRYLENGKDKLERADPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQRDGEDQTQDTELVETRPAGDRTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPKPLTLRWE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I,N,S

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Nucleoprotein
分子量 formula_weight	1295.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J,O,T

SPRWYFYYL

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

▶

晶胞边长 a length_a	88.786 Å
晶胞边长 b length_b	102.564 Å
晶胞边长 c length_c	120.701 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	84.14 °
晶胞夹角 β angle_beta	68.60 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	81.10 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	48.520 Å
R 因子 r_factor	0.2205
R_work r_work	0.2179
R_free r_free	0.2700

Crystal structure of HLA-B*07:02 in complex with SPR epitope and Q04 TCR

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

T cell receptor alpha variable 25,T cell receptor alpha chain constant

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nucleoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

9wbd__assembly_3__model_1

9wbd__assembly_3__model_1 | I(q)

9wbd__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 引用文献 (1)