SAXSdb — 9wbl

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric（20）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 545–988 链 B； UniProt 545–988 链 C； UniProt 545–988 链 D； UniProt 545–988 链 E； UniProt 545–988 链 F； UniProt 545–988 链 G； UniProt 545–988 链 H； UniProt 545–988 链 I； UniProt 545–988 链 J； UniProt 545–988 链 K； UniProt 545–988 链 L； UniProt 545–988 链 M； UniProt 545–988 链 N； UniProt 545–988 链 O； UniProt 545–988 链 P； UniProt 545–988 链 Q； UniProt 545–988 链 R； UniProt 545–988 链 S； UniProt 545–988 链 T； UniProt 545–988	未记录	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 20	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 3.41 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9WBL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9WBJ cryo-EM structure of RIBEYE SAM thick filament 提交 2025-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 34 PDB 声明：34-meric	链 A 280–375（96 aa）链 B 280–375（96 aa）链 C 280–375（96 aa）链 D 280–375（96 aa）链 E 280–375（96 aa）链 F 280–375（96 aa）链 G 280–375（96 aa）链 H 280–375（96 aa）链 I 280–375（96 aa）链 J 280–375（96 aa）链 K 280–375（96 aa）链 L 280–375（96 aa）链 M 280–375（96 aa）链 N 280–375（96 aa）链 O 280–375（96 aa）链 P 280–375（96 aa）链 Q 280–375（96 aa）链 R 280–375（96 aa）链 S 280–375（96 aa）链 T 280–375（96 aa）链 U 280–375（96 aa）链 V 280–375（96 aa）链 W 280–375（96 aa）链 X 280–375（96 aa）链 Y 280–375（96 aa）链 Z 280–375（96 aa）链 a 280–375（96 aa）链 b 280–375（96 aa）链 c 280–375（96 aa）链 d 280–375（96 aa）链 e 280–375（96 aa）链 f 280–375（96 aa）链 g 280–375（96 aa）链 h 280–375（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.37 Å
9WBK cryo-EM structure of RIBEYE SAM thin filament 提交 2025-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 B 280–375（96 aa）链 C 280–375（96 aa）链 D 280–375（96 aa）链 E 280–375（96 aa）链 F 280–375（96 aa）链 G 280–375（96 aa）链 H 280–375（96 aa）链 I 280–375（96 aa）链 J 280–375（96 aa）链 K 280–375（96 aa）链 L 280–375（96 aa）链 M 280–375（96 aa）链 N 280–375（96 aa）链 O 280–375（96 aa）链 P 280–375（96 aa）链 Q 280–375（96 aa）链 R 280–375（96 aa）链 S 280–375（96 aa）链 T 280–375（96 aa）链 U 280–375（96 aa）链 V 280–375（96 aa）链 W 280–375（96 aa）链 X 280–375（96 aa）链 Y 280–375（96 aa）链 Z 280–375（96 aa）链 a 280–375（96 aa）链 b 280–375（96 aa）链 c 280–375（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.39 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CTBP2_MOUSE
Isoform	P56546-2
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 B； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 C； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 D； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 E； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 F； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 G； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 H； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 I； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 J； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 K； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 L； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 M； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 N； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 O； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 P； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 Q； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 R； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 S； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988 作者链 T； PDB构建体 5–448； UniProt 545–988

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9wbl
沉积日期 deposition_date	2025-08-14
结构标题 title	cryo-EM structure of RIBEYE B' filament
关键词 keywords	RIBEYE, CTBP2, ribbon synapse, filament, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	84.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	85.69 Å
零角强度 I(0) i0	8932790000.00
分子量 molecular_weight	779550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	968290 Å³
包络体积 envelope_volume	1537800 Å³
水化壳体积 shell_volume	163390 Å³
包络直径 envelope_diameter	303.5 Å
壳层 Rg shell_rg	67.77 Å
包络 Rg envelope_rg	85.05 Å
形状 Rg shape_rg	85.69 Å
总 Rg total_rg	85.46 Å
总原子数 total_atoms	54720
残基数 n_residues	6936
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	254.4 Å
Rg (实空间) rg_real	81.87 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.51 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6810e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6170e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	79.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8814000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8521
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	67.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.569
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.463
角度范围 angular_range	— – 0.0950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	1.0920
最高正则化参数 α highest_alpha	4568000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	20
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.723; Stabil: 0.960; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.058

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2
分子量 formula_weight	49028.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	20

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,E,F,H,D,G,I,J,K,L,M,N,O,P,Q,R,S,T
原子数 atom_count	54720

HMGSARRTGAPIIVSTMLTPEPSIRPQIMNGPLHPRPLVALLDGRDCTVEMPILKDLATVAFCDAQSTQEIHEKVLNEAVGAMMYHTITLTREDLEKFKALRVIVRIGSGYDNVDIKAAGELGIAVCNIPSAAVEETADSTVCHILNLYRRNTWLYQALREGTRVQSVEQIREVASGAARIRGETLGLIGFGRTGQAVAVRAKAFGFSVIFYDPYLQDGIERSLGVQRVYTLQDLLYQSDCVSLHCNLNEHNHHLINDFTIKQMRQGAFLVNAARGGLVDEKALAQALKEGRIRGAALDVHESEPFSFAQGPLKDAPNLICTPHTAWYSEQASLEMREAAATEIRRAITGRIPESLRNCVNKEFFVTSAPWSVIDQQAIHPELNGATYRYPPGIVGVAPGGLPPAMEGIIPGGIPVTHNLPTVAHPSQAPSPNQPTKHGDNREHPNEQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.41 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	113042

fit	/app/data/saxs_computation/wb/9wbl/9wbl.fit
pddf	/app/data/pr_computation/wb/9wbl/9wbl.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wb/9wbl/9wbl.dat

cryo-EM structure of RIBEYE B' filament

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isoform 2 of C-terminal-binding protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)