9wz6

Full-length Caspase-1-CARD filament

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 82.5 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 8 PDB 声明：octameric（8）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–404 链 B； UniProt 1–404 链 C； UniProt 1–404 链 D； UniProt 1–404 链 E； UniProt 1–404 链 F； UniProt 1–404 链 G； UniProt 1–404 链 H； UniProt 1–404	未记录	无其他共同聚合物	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.66 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9WZ6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BMQ CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME (ICE) WITH A PEPTIDE BASED INHIBITOR, (3S )-N-METHANESULFONYL-3-({1-[N-(2-NAPHTOYL)-L-VALYL]-L-PROLYL }AMINO)-4-OXOBUTANAMIDE 提交 1998-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 131–297（167 aa）链 B 317–404（88 aa）	未记录	MNO (3S)-N-METHANESULFONYL-3-({1-[N-(2-NAPHTOYL)-L-VALYL]-L-PROLYL}AMINO)-4-OXOBUTANAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 10-15% PEG 6000, 100MM HEPES PH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.317
1BMQ CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME (ICE) WITH A PEPTIDE BASED INHIBITOR, (3S )-N-METHANESULFONYL-3-({1-[N-(2-NAPHTOYL)-L-VALYL]-L-PROLYL }AMINO)-4-OXOBUTANAMIDE 提交 1998-07-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 131–297（167 aa）链 B 317–404（88 aa）	未记录	MNO (3S)-N-METHANESULFONYL-3-({1-[N-(2-NAPHTOYL)-L-VALYL]-L-PROLYL}AMINO)-4-OXOBUTANAMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 10-15% PEG 6000, 100MM HEPES PH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.317
1IBC CRYSTAL STRUCTURE OF INHIBITED INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME 提交 1997-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 104–297（194 aa）链 B 317–404（88 aa）	突变：D381A 突变：D381A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；1.5 ML DROPS OF PROTEIN-INHIBITOR SOLUTION (5.0 MG/ML IN 10 MILLIMOLAR TRIS-HCL, PH 8.5, 10 MILLI-MOLAR DTT, 3 MILLIMOLAR SODIUM AZIDE) WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF RESERVOIR BUFFER (7.2% PEG-6000 (W:W), 0.10 M PIPES PH 5.8, 10 MILLIMOLAR DTT, 3 MILLIMOLAR SODIUM AZIDE) AND INCUBATED AT ROOM TEMPERATURE.	分辨率 2.73 Å R-free 0.285
1ICE STRUCTURE AND MECHANISM OF INTERLEUKIN-1BETA CONVERTING ENZYME 提交 1994-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 131–297（167 aa）链 B 317–404（88 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å
1RWK Crystal structure of human caspase-1 in complex with 3-(2-mercapto-acetylamino)-4-oxo-pentanoic acid 提交 2003-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–297（178 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P20 链 B 317–404（88 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P10	未记录	158 3-(2-MERCAPTO-ACETYLAMINO)-4-OXO-PENTANOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；274 K；0.1M HEPES, 2M (NH4)2SO4, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 274K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1RWM Crystal structure of human caspase-1 in complex with 4-oxo-3-[2-(5-{[4-(quinoxalin-2-ylamino)-benzoylamino]-methyl}-thiophen-2-yl)-acetylamino]-pentanoic acid 提交 2003-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–297（178 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P20 链 B 317–404（88 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P10	未记录	Q2Y 4-OXO-3-[2-(5-{[4-(QUINOXALIN-2-YLAMINO)-BENZOYLAMINO]-METHYL}-THIOPHEN-2-YL)-ACETYLAMINO]-PENTANOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；278 K；0.1M PIPES, 200mM Li2SO4, 25% PEG2K MME, 10mM DTT, 3mM NaN3, 2mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.70 Å R-free 0.254
1RWN Crystal structure of human caspase-1 in complex with 3-{2-ethyl-6-[4-(quinoxalin-2-ylamino)-benzoylamino]-hexanoylamino}-4-oxo-butyric acid 提交 2003-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–297（178 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P20 链 B 317–404（88 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P10	未记录	4QB 3-{2-ETHYL-6-[4-(QUINOXALIN-2-YLAMINO)-BENZOYLAMINO]-HEXANOYLAMINO}-4-OXO-BUTYRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；278 K；0.1M PIPES, 175mM (NH4)2SO4, 25% PEG2K MME, 10mM DTT, 3mM NaN3, 2mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
1RWO Crystal structure of human caspase-1 in complex with 4-oxo-3-{6-[4-(quinoxalin-2-ylamino)-benzoylamino]-2-thiophen-2-yl-hexanoylamino}-pentanoic acid 提交 2003-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–297（178 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P20 链 B 317–404（88 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P10	未记录	BTH 4-OXO-3-{6-[4-(QUINOXALIN-2-YLAMINO)-BENZOYLAMINO]-2-THIOPHEN-2-YL-HEXANOYLAMINO}-PENTANOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；278 K；0.1M PIPES, 200mM Li2SO4, 25% PEG2K MME, 10mM DTT, 3mM NaN3, 2mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.10 Å R-free 0.242
1RWP Crystal structure of human caspase-1 in complex with 3-{6-[(8-hydroxy-quinoline-2-carbonyl)-amino]-2-thiophen-2-yl-hexanoylamino}-4-oxo-butyric acid 提交 2003-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–297（178 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P20 链 B 317–404（88 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P10	未记录	HQC 3-{6-[(8-HYDROXY-QUINOLINE-2-CARBONYL)-AMINO]-2-THIOPHEN-2-YL-HEXANOYLAMINO}-4-OXO-BUTYRI ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；278 K；0.1M PIPES, 175mM (NH4)2SO4, 25% PEG2K MME, 10mM DTT, 3mM NaN3, 2mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
1RWV Crystal structure of human caspase-1 in complex with 5-[5-(1-carboxymethyl-2-oxo-propylcarbamoyl)-5-phenyl-pentylsulfamoyl]-2-hydroxy-benzoic acid 提交 2003-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–297（178 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P20 链 B 317–404（88 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P10	未记录	5PH 5-[5-(1-CARBOXYMETHYL-2-OXO-PROPYLCARBAMOYL)-5-PHENYL-PENTYLSULFAMOYL]-2-HYDROXY-BENZOIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；278 K；0.1M PIPES, 14% PEG 6000, 10mM DTT, 3mM NaN3, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.10 Å R-free 0.238
1RWW Crystal structure of human caspase-1 in complex with 4-oxo-3-[(6-{[4-(quinoxalin-2-ylamino)-benzoylamino]-methyl}-pyridine-3-carbonyl)-amino]-butyric acid 提交 2003-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–297（178 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P20 链 B 317–404（88 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P10	未记录	OQB 4-OXO-3-[(6-{[4-(QUINOXALIN-2-YLAMINO)-BENZOYLAMINO]-METHYL}-PYRIDINE-3-CARBONYL)-AMINO]-BUTYRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；278 K；0.1M PIPES, 192mM (NH4)2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10mM DTT, 3mM NaN3, 2mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.80 Å R-free 0.246
1RWX Crystal structure of human caspase-1 in complex with 4-oxo-3-{6-[4-(quinoxalin-2-yloxy)-benzoylamino]-2-thiophen-2-yl-hexanoylamino}-butyric acid 提交 2003-12-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–297（178 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P20 链 B 317–404（88 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P10	未记录	YBH 4-OXO-3-{6-[4-(QUINOXALIN-2-YLOXY)-BENZOYLAMINO]-2-THIOPHEN-2-YL-HEXANOYLAMINO}-BUTYRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；278 K；0.1M PIPES, 88mM (NH4)2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10mM DTT, 3mM NaN3, 2mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 1.85 Å R-free 0.242
1SC1 Crystal structure of an active-site ligand-free form of the human caspase-1 C285A mutant 提交 2004-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 120–297（178 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P20 链 B 317–404（88 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P10	突变：C285A	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；278 K；0.1 M HEPES, 2 M (NH4)2SO4, 25 mM DTT. 0.01% Triton-X was added to the drop to prevent the crystals from attaching themselves to the cover slips., pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K	分辨率 2.60 Å R-free 0.273
1SC3 Crystal structure of the human caspase-1 C285A mutant in complex with malonate 提交 2004-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–297（178 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P20 链 B 317–404（88 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P10	突变：C285A	MLI MALONATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；274 K；2 M sodium malonate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 274K	分辨率 1.80 Å R-free 0.238
1SC4 Crystal structure of the human caspase-1 C285A mutant after removal of malonate 提交 2004-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–297（178 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P20 链 B 317–404（88 aa）片段：INTERLEUKIN-1 BETA CONVERTASE P10	突变：C285A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；274 K；2 M sodium malonate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 274K. Malonate-bound enzyme crystals were transferred into mother liquor composed of 0.1 M PIPES pH 6, 88 mM (NH4)2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 mM DTT, 3 mM NaN3 and 2 mM MgCl2, and soaked for 2 days to remove malonate.	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
2FQQ Crystal structure of human caspase-1 (Cys285->Ala, Cys362->Ala, Cys364->Ala, Cys397->Ala) in complex with 1-methyl-3-trifluoromethyl-1H-thieno[2,3-c]pyrazole-5-carboxylic acid (2-mercapto-ethyl)-amide 提交 2006-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–297（178 aa）片段：p20 subunit, residues 120-297 链 B 317–404（88 aa）片段：p10 subunit, residues 317-404	突变：C285A 突变：C362A, C364A, C397A	F1G 1-METHYL-3-TRIFLUOROMETHYL-1H-THIENO[2,3-C]PYRAZOLE-5-CARBOXYLIC ACID (2-MERCAPTO-ETHYL)-AMIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；10 mM HEPES, 16.5% PEG 3350, 250 mM (NH4)2SO4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 3.30 Å R-free 0.280
2H48 Crystal structure of human caspase-1 (Cys362->Ala, Cys364->Ala, Cys397->Ala) in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2006-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：large subunit, residues, 120-297 链 B 317–404（88 aa）片段：small subunit, residues 317-404	突变：C362A, C364A, C397A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1M Pipes pH 6.0, 200 mM ammonium sulfate, 25% PEG 2000 MME, 10 mM DTT, 2 mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
2H4W Crystal structure of human caspase-1 (Glu390->Asp) in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2006-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：p20 subunit, residues 120-297 链 B 317–404（88 aa）片段：p10 subunit, residues 317-404	突变：E390D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M PIPES, 200 mM (NH4)2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 mM DTT, 3 mM NaN3, 2 mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
2H4Y Crystal structure of human caspase-1 (Arg286->Lys) in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2006-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：p20 subunit, residues 120-297 链 B 317–404（88 aa）片段：p10 subunit, residues 317-404	突变：R286K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M PIPES, 200 mM Li2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 mM DTT, 3 mM NaN3, 2 mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.235
2H51 Crystal structure of human caspase-1 (Glu390->Asp and Arg286->Lys) in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2006-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：p20 subunit, residues 120-297 链 B 317–404（88 aa）片段：p10 subunit, residues 317-404	突变：R286K 突变：E390D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M PIPES, 200 mM (NH4)2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 mM DTT, 3 mM NaN3, 2 mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
2H54 Crystal structure of human caspase-1 (Thr388->Ala) in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2006-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：p20 subunit, residues 120-297 链 B 317–404（88 aa）片段：p10 subunit, residues 317-404	突变：T388A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M PIPES, 200 mM (NH4)2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 mM DTT, 3 mM NaN3, 2 mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.246
2HBQ Crystal structure of wildtype human caspase-1 in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：P20 Subunit, residues 120-297 链 B 317–404（88 aa）片段：P10 Subunit, residues 317-404	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M Pipes, 200 MM LI2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 MM DTT, 3 MM NAN3, 2 MM MGCL2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.80 Å R-free 0.236
2HBR Crystal structure of human caspase-1 (Arg286->Ala) in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：P20 Subunit, residues 120-297 链 B 317–404（88 aa）片段：P10 Subunit, residues 317-404	突变：R286A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277 K；0.1 M HEPES, 2 M (NH4)2SO4, 25 MM DTT, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.270
2HBY Crystal structure of human caspase-1 (Glu390->Ala) in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：P20 Subunit, Residues 120-297 链 B 317–404（88 aa）片段：P10 Subunit, Residues 317-404	突变：E390A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M Pipes, 350 MM LI2SO4, 20% PEG 2000 MME, 10 MM DTT, 3 MM NAN3, 2 MM MGCL2, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.258
2HBZ Crystal structure of human caspase-1 (Arg286->Ala, Glu390->Ala) in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2006-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：P20 Subunit, Residues 120-297 链 B 317–404（88 aa）片段：P10 Subunit, Residues 317-404	突变：R286A 突变：E390A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M Pipes, 100 MM LI2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 MM DTT, 3 MM NAN3, 2 MM MGCL2, pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.249
3D6F Crystal structure of human caspase-1 with a naturally-occurring Arg240->Gln substitution in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2008-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：Caspase-1 subunit p20 链 B 317–404（88 aa）片段：Caspase-1 subunit p10	突变：R240Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystals obtained by hanging-drop vapor diffusion at 4 C (277K) against a reservoir of 0.1 M PIPES pH 6.0, 75-175 mM (NH4)2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 mM DTT, 3 mM NaN3, and 2 mM MgCl2. All crystals cryoprotected in mother liquors supplemented with 20% (v/v) glycerol for 30-90 sec and immersion in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.90 Å R-free 0.240
3D6H Crystal structure of human caspase-1 with a naturally-occurring Asn263->Ser substitution in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2008-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：Caspase-1 subunit p20 链 B 317–404（88 aa）片段：Caspase-1 subunit p10	突变：N263S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystals obtained by hanging-drop vapor diffusion at 4 C (277K) against a reservoir of 0.1 M PIPES pH 6.0, 75-175 mM (NH4)2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 mM DTT, 3 mM NaN3, and 2 mM MgCl2. All crystals cryoprotected in mother liquors supplemented with 20% (v/v) glycerol for 30-90 sec and immersion in liquid nitrogen. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.237
3D6M Crystal structure of human caspase-1 with a naturally-occurring Lys319->Arg substitution in complex with 3-[2-(2-benzyloxycarbonylamino-3-methyl-butyrylamino)-propionylamino]-4-oxo-pentanoic acid (z-VAD-FMK) 提交 2008-05-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 120–297（178 aa）片段：CASP1 p20 链 B 317–404（88 aa）片段：CASP1 p10	突变：K319R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；Crystals obtained by hanging-drop vapor diffusion at 4 C (277K) against a reservoir of 0.1 M PIPES pH 6.0, 75-175 mM (NH4)2SO4, 25% PEG 2000 MME, 10 mM DTT, 3 mM NaN3, and 2 mM MgCl2. All crystals cryoprotected in mother liquors supplemented with 20% (v/v) glycerol for 30-90 sec and immersion in liquid nitrogen., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.80 Å R-free 0.247
3E4C Procaspase-1 zymogen domain crystal structure 提交 2008-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 104–404（301 aa）片段：procaspase-1 zymogen domain (UNP residues 104-404) 链 B 104–404（301 aa）片段：procaspase-1 zymogen domain (UNP residues 104-404)	突变：C285A 突变：C285A	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7.5；277 K；0.2 M MgCl2 20% PEG 3350, pH 7.5, EVAPORATION, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.263
3NS7 Succinic Acid Amides as P2-P3 Replacements for Inhibitors of Interleukin-1beta Converting Enzyme (ICE or Caspase 1) 提交 2010-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 136–297（162 aa）片段：UNP residues 136-297 链 B 317–404（88 aa）片段：UNP residues 317-404	未记录	3NS (3S)-4-hydroxy-3-{[(2S)-4-{[2-(2-methyl-1H-benzimidazol-1-yl)ethyl]amino}-2-(1-methylethyl)-4-oxobutanoyl]amino}butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；276 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276K	分辨率 2.60 Å
3NS7 Succinic Acid Amides as P2-P3 Replacements for Inhibitors of Interleukin-1beta Converting Enzyme (ICE or Caspase 1) 提交 2010-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 136–297（162 aa）片段：UNP residues 136-297 链 B 317–404（88 aa）片段：UNP residues 317-404	未记录	3NS (3S)-4-hydroxy-3-{[(2S)-4-{[2-(2-methyl-1H-benzimidazol-1-yl)ethyl]amino}-2-(1-methylethyl)-4-oxobutanoyl]amino}butanoic acid × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；276 K；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 276K	分辨率 2.60 Å
5FNA Cryo-EM reconstruction of caspase-1 CARD 提交 2015-11-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 2–86（85 aa）片段：CARD DOMAIN 链 B 2–86（85 aa）片段：CARD DOMAIN 链 C 2–86（85 aa）片段：CARD DOMAIN 链 D 2–86（85 aa）片段：CARD DOMAIN 链 E 2–86（85 aa）片段：CARD DOMAIN 链 F 2–86（85 aa）片段：CARD DOMAIN 链 G 2–86（85 aa）片段：CARD DOMAIN 链 H 2–86（85 aa）片段：CARD DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20 MM SODIUM HEPES, 150 MM NACL, 2 MM DTT；pH 8；20 MM SODIUM HEPES, 150 MM NACL, 2 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE	分辨率 4.80 Å
5MMV Crystal structure of human Caspase-1 with 2-((2-naphthoyl)-L-valyl)-4-hydroxy-N-((3S)-2-hydroxy-5-oxotetrahydrofuran-3-yl)-2-azabicyclo[2.2.2]octane-3-carboxamide (Compound 1) 提交 2016-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 120–297（178 aa）链 B 317–404（88 aa）	未记录	WE0 (3~{S})-3-[[(3~{S})-2-[(2~{S})-3-methyl-2-(naphthalen-2-ylcarbonylamino)butanoyl]-4-oxidanyl-2-azabicyclo[2.2.2]octan-3-yl]carbonylamino]-4-oxidanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.4), 2 M (NH4)2SO4, and 25 mM DTT	分辨率 2.15 Å R-free 0.249
5MTK Crystal structure of human Caspase-1 with (3S,6S,10aS)-N-((2S,3S)-2-hydroxy-5-oxotetrahydrofuran-3-yl)-6-(isoquinoline-1-carboxamido)-5-oxodecahydropyrrolo[1,2-a]azocine-3-carboxamide (PGE-3935199) 提交 2017-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 120–297（178 aa）链 B 317–404（88 aa）	未记录	N7N (3~{S})-3-[[(3~{S},6~{S},10~{a}~{S})-6-(isoquinolin-1-ylcarbonylamino)-5-oxidanylidene-2,3,6,7,8,9,10,10~{a}-octahydro-1~{H}-pyrrolo[1,2-a]azocin-3-yl]carbonylamino]-4-oxidanyl-butanoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES (pH 7.4), 2 M (NH4)2SO4 and 25 mM DTT	分辨率 2.53 Å R-free 0.299
6BZ9 Crystal structure of human caspase-1 in complex with Ac-FLTD-CMK 提交 2017-12-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 120–297（178 aa）片段：UNP residues 120-297 链 B 317–404（88 aa）片段：UNP residues 317-404	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350	分辨率 1.80 Å R-free 0.210
6F6R Crystal structure of human Caspase-1 with N-{3-[1-((S)-2-Hydroxy-5-oxo-tetrahydro-furan-3-ylcarbamoyl)-ethyl]-1-methyl-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydro-pyrimidin-5-yl}-4-(quinoxalin-2-ylamino)-benzamide 提交 2017-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 118–297（180 aa）链 B 317–404（88 aa）	未记录	CVE (3~{S})-3-[[(2~{R})-2-[3-methyl-2,6-bis(oxidanylidene)-5-[[4-(quinoxalin-2-ylamino)phenyl]carbonylamino]pyrimidin-1-yl]propanoyl]amino]-4-oxidanyl-butanoic acid × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES (pH7.4), 2 M (NH4)2SO4 and 25 mM DTT	分辨率 1.80 Å R-free 0.205
6F6R Crystal structure of human Caspase-1 with N-{3-[1-((S)-2-Hydroxy-5-oxo-tetrahydro-furan-3-ylcarbamoyl)-ethyl]-1-methyl-2,4-dioxo-1,2,3,4-tetrahydro-pyrimidin-5-yl}-4-(quinoxalin-2-ylamino)-benzamide 提交 2017-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 118–297（180 aa）链 B 317–404（88 aa）	未记录	CVE (3~{S})-3-[[(2~{R})-2-[3-methyl-2,6-bis(oxidanylidene)-5-[[4-(quinoxalin-2-ylamino)phenyl]carbonylamino]pyrimidin-1-yl]propanoyl]amino]-4-oxidanyl-butanoic acid × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1 M HEPES (pH7.4), 2 M (NH4)2SO4 and 25 mM DTT	分辨率 1.80 Å R-free 0.205
6KN0 caspase-1 P20/P10 C285A in complex with human GSDMD-C domain 提交 2019-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 131–297（167 aa）链 B 317–404（88 aa）	突变：C285A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；150 mM KBr, 30% (w/v) polyethylene glycol mono-methyester 2000	分辨率 2.79 Å R-free 0.300
6KN0 caspase-1 P20/P10 C285A in complex with human GSDMD-C domain 提交 2019-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 131–297（167 aa）链 D 317–404（88 aa）	突变：C285A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；150 mM KBr, 30% (w/v) polyethylene glycol mono-methyester 2000	分辨率 2.79 Å R-free 0.300
6PZP Crystal structure of caspase-1 in complex with VX-765 提交 2019-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 120–297（178 aa）链 B 317–404（88 aa）	未记录	P7S N-(4-amino-3-chlorobenzene-1-carbonyl)-3-methyl-L-valyl-N-[(2S)-1-carboxy-3-oxopropan-2-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M sodium formate, 20% w/v PEG3350	分辨率 1.94 Å R-free 0.208
6VIE Structure of caspase-1 in complex with gasdermin D 提交 2020-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 120–303（184 aa）片段：residues 120-316 链 B 317–404（88 aa）片段：residues 317-404	突变：C285A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M Ammonium citrate tribasic pH 7.0, 20% PEG3350	分辨率 3.40 Å R-free 0.314
7KEU Cryo-EM structure of the Caspase-1-CARD:ASC-CARD octamer 提交 2020-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 2–86（85 aa）片段：UNP residues 2-86 链 F 2–86（85 aa）片段：UNP residues 2-86 链 G 2–86（85 aa）片段：UNP residues 2-86 链 H 2–86（85 aa）片段：UNP residues 2-86	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
8SV1 Caspase-1 complex with interleukin-18 提交 2023-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 150–297（148 aa）片段：subunit P20 (UNP residues 120-297) 链 B 317–404（88 aa）片段：subunit P10 (UNP residues 317-404) 链 a 150–297（148 aa）片段：subunit P20 (UNP residues 120-297) 链 b 317–404（88 aa）片段：subunit P10 (UNP residues 317-404)	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
8WRA The Crystal Structure of CASP1 from Biortus 提交 2023-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 120–404（285 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.15M Na formate, 14% PEG3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.213
8WRA The Crystal Structure of CASP1 from Biortus 提交 2023-10-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 120–404（285 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.15M Na formate, 14% PEG3350	分辨率 1.45 Å R-free 0.213
9WZI Full-length Caspase-1-CARD filament 提交 2025-09-29	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–404（404 aa）链 B 1–404（404 aa）链 C 1–404（404 aa）链 D 1–404（404 aa）链 E 1–404（404 aa）链 F 1–404（404 aa）链 G 1–404（404 aa）链 H 1–404（404 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 B； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 C； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 D； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 E； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 F； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 G； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404 作者链 H； PDB构建体 1–404； UniProt 1–404

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9wz6
沉积日期 deposition_date	2025-09-29
最后修订 last_revision	2025-12-10
结构标题 title	Full-length Caspase-1-CARD filament
关键词 keywords	filament, PYD, CARD, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.47 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.54 Å
零角强度 I(0) i0	103426000.00
分子量 molecular_weight	79790.0 kDa
排除体积 excluded_volume	100420 Å³
包络体积 envelope_volume	130020 Å³
水化壳体积 shell_volume	38364 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.2 Å
壳层 Rg shell_rg	35.74 Å
包络 Rg envelope_rg	27.06 Å
形状 Rg shape_rg	27.53 Å
总 Rg total_rg	28.46 Å
总原子数 total_atoms	5544
残基数 n_residues	712
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.5 Å
Rg (实空间) rg_real	28.23 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.35 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0340e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4160e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9112
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.069
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.561
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	89120000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.971; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.946

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.660 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	2.66 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	1565512

描述 description	Caspase-1
分子量 formula_weight	45213.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.36
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

Full-length Caspase-1-CARD filament

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	5544

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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pddf	/app/data/pr_computation/wz/9wz6/9wz6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/wz/9wz6/9wz6.dat