SAXSdb — 9x0x

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fimbrial assembly protein PilQ

Pseudomonas aeruginosa PAO1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–714 链 B； UniProt 1–714 链 C； UniProt 1–714 链 D； UniProt 1–714 链 E； UniProt 1–714 链 F； UniProt 1–714 链 G； UniProt 1–714 链 H； UniProt 1–714 链 I； UniProt 1–714 链 J； UniProt 1–714 链 K； UniProt 1–714 链 L； UniProt 1–714 链 M； UniProt 1–714 链 N； UniProt 1–714	未记录	Multidrug transporter × 14 （Q9I6D5） PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 14	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9X0X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6VE2 Tetradecameric PilQ bound by TsaP heptamer from Pseudomonas aeruginosa 提交 2019-12-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：21-meric	链 A 1–714（714 aa）链 B 1–714（714 aa）链 C 1–714（714 aa）链 D 1–714（714 aa）链 E 1–714（714 aa）链 F 1–714（714 aa）链 G 1–714（714 aa）链 H 1–714（714 aa）链 I 1–714（714 aa）链 J 1–714（714 aa）链 K 1–714（714 aa）链 L 1–714（714 aa）链 M 1–714（714 aa）链 N 1–714（714 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.30 Å
6VE3 Tetradecameric PilQ from Pseudomonas aeruginosa 提交 2019-12-28	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 A 1–714（714 aa）链 B 1–714（714 aa）链 C 1–714（714 aa）链 D 1–714（714 aa）链 E 1–714（714 aa）链 F 1–714（714 aa）链 G 1–714（714 aa）链 H 1–714（714 aa）链 I 1–714（714 aa）链 J 1–714（714 aa）链 K 1–714（714 aa）链 L 1–714（714 aa）链 M 1–714（714 aa）链 N 1–714（714 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 4.30 Å
6VE4 Pentadecameric PilQ from Pseudomonas aeruginosa 提交 2019-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–714（714 aa）链 B 1–714（714 aa）链 C 1–714（714 aa）链 D 1–714（714 aa）链 E 1–714（714 aa）链 F 1–714（714 aa）链 G 1–714（714 aa）链 H 1–714（714 aa）链 I 1–714（714 aa）链 J 1–714（714 aa）链 K 1–714（714 aa）链 L 1–714（714 aa）链 M 1–714（714 aa）链 N 1–714（714 aa）链 O 1–714（714 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 6.90 Å
9X0W Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) in C14 symmetry 提交 2025-09-30	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 A 1–714（714 aa）链 B 1–714（714 aa）链 C 1–714（714 aa）链 D 1–714（714 aa）链 E 1–714（714 aa）链 F 1–714（714 aa）链 G 1–714（714 aa）链 H 1–714（714 aa）链 I 1–714（714 aa）链 J 1–714（714 aa）链 K 1–714（714 aa）链 L 1–714（714 aa）链 M 1–714（714 aa）链 N 1–714（714 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.02 Å
9X0Y Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkA in C14 symmetry 提交 2025-09-30	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 A 1–714（714 aa）链 B 1–714（714 aa）链 C 1–714（714 aa）链 D 1–714（714 aa）链 E 1–714（714 aa）链 F 1–714（714 aa）链 G 1–714（714 aa）链 H 1–714（714 aa）链 I 1–714（714 aa）链 J 1–714（714 aa）链 K 1–714（714 aa）链 L 1–714（714 aa）链 M 1–714（714 aa）链 N 1–714（714 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.68 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PILQ_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 B； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 C； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 D； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 E； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 F； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 G； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 H； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 I； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 J； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 K； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 L； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 M； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714 作者链 N； PDB构建体 1–714； UniProt 1–714

Multidrug transporter

Pseudomonas aeruginosa PAO1

UniProt Q9I6D5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric（28）与蛋白拷贝数一致	链 O； UniProt 1–114 链 P； UniProt 1–114 链 Q； UniProt 1–114 链 R； UniProt 1–114 链 S； UniProt 1–114 链 T； UniProt 1–114 链 U； UniProt 1–114 链 V； UniProt 1–114 链 W； UniProt 1–114 链 X； UniProt 1–114 链 Y； UniProt 1–114 链 Z； UniProt 1–114 链 a； UniProt 1–114 链 b； UniProt 1–114	未记录	Fimbrial assembly protein PilQ × 14 （P34750） PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 14	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.45 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 9X0X	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9X0W Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) in C14 symmetry 提交 2025-09-30	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 O 1–114（114 aa）链 P 1–114（114 aa）链 Q 1–114（114 aa）链 R 1–114（114 aa）链 S 1–114（114 aa）链 T 1–114（114 aa）链 U 1–114（114 aa）链 V 1–114（114 aa）链 W 1–114（114 aa）链 X 1–114（114 aa）链 Y 1–114（114 aa）链 Z 1–114（114 aa）链 a 1–114（114 aa）链 b 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.02 Å
9X0Y Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkA in C14 symmetry 提交 2025-09-30	结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 28 PDB 声明：28-meric	链 O 1–114（114 aa）链 P 1–114（114 aa）链 Q 1–114（114 aa）链 R 1–114（114 aa）链 S 1–114（114 aa）链 T 1–114（114 aa）链 U 1–114（114 aa）链 V 1–114（114 aa）链 W 1–114（114 aa）链 X 1–114（114 aa）链 Y 1–114（114 aa）链 Z 1–114（114 aa）链 a 1–114（114 aa）链 b 1–114（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.68 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9I6D5_PSEAE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 P； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 Q； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 R； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 S； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 T； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 U； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 V； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 W； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 X； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 Y； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 Z； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 a； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114 作者链 b； PDB构建体 1–114； UniProt 1–114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	9x0x
沉积日期 deposition_date	2025-09-30
结构标题 title	Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkB in C14 symmetry
关键词 keywords	type IV pili, secretin, plug, outer membrane, permeability barrier, antibiotics, drug resistance, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	63.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.50 Å
零角强度 I(0) i0	4591190000.00
分子量 molecular_weight	589870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	746510 Å³
包络体积 envelope_volume	1259400 Å³
水化壳体积 shell_volume	163910 Å³
包络直径 envelope_diameter	172.8 Å
壳层 Rg shell_rg	72.41 Å
包络 Rg envelope_rg	57.50 Å
形状 Rg shape_rg	62.51 Å
总 Rg total_rg	62.68 Å
总原子数 total_atoms	41454
残基数 n_residues	5390
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	163.9 Å
Rg (实空间) rg_real	62.33 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.5910e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6630e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	63.60 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4601000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8394
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	91.8 Å
偏度 Skewness skewness	-0.189
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.585
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	541600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.970; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fimbrial assembly protein PilQ
分子量 formula_weight	77463.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N
原子数 atom_count	41454

MNSGLSRLGIALLAAMFAPALLAADLEKLDVAALPGDRVELKLQFDEPVAAPRGYTIEQPARIALDLPGVQNKLGTKNRELSVGNTRSVTVVEAKDRTRLIINLTALSSYTTRVEGNNLFVVVGNSPAGASVASAAPVKASPAPASYAQPIKPKPYVPAGRAIRNIDFQRGEKGEGNVVIDLSDPTLSPDIQEQGGKIRLDFAKTQLPDALRVRLDVKDFATPVQFVNASAQSDRTSITIEPSGLYDYLVYQTDNRLTVSIKPMTTEDAERRKKDNFAYTGEKLSLNFQDIDVRSVLQLIADFTDLNLVASDTVQGNITLRLQNVPWDQALDLVLKTKGLDKRKLGNVLLVAPADEIAARERQELEAQKQIAELAPLRRELIQVNYAKAADIAKLFQSVTSDGGQEGKEGGRGSITVDDRTNSIIAYQPQERLDELRRIVSQLDIPVRQVMIEARIVEANVGYDKSLGVRWGGAYHKGNWSGYGKDGNIGIKDEDGMNCGPIAGSCTFPTTGTSKSPSPFVDLGAKDATSGIGIGFITDNIILDLQLSAMEKTGNGEIVSQPKVVTSDKETAKILKGSEVPYQEASSSGATSTSFKEAALSLEVTPQITPDNRIIVEVKVTKDAPDYQNMLNGVPPINKNEVNAKILVNDGETIVIGGVFSNEQSKSVEKVPFLGELPYLGRLFRRDTVTDRKNELLVFLTPRIMNNQAIAIGR

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Multidrug transporter
分子量 formula_weight	11599.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O,S,P,Q,R,T,U,V,W,X,Y,Z,a,b

MNLFRTTALVLALTTGLSSMPALADAVQENASGDPMYTVEAPPAYAMIGDLLIARPFLIAATAVGAVAFVVSLPFTAASGSVGKAGQALVVDPGKEAFVRCLGCTTSGYNHDES

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	208964
宿主生物 host_organism	Pseudomonas aeruginosa PAO1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.45 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	111983

fit	/app/data/saxs_computation/x0/9x0x/9x0x.fit
pddf	/app/data/pr_computation/x0/9x0x/9x0x.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/x0/9x0x/9x0x.dat

Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkB in C14 symmetry

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fimbrial assembly protein PilQ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Multidrug transporter

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)